More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2034 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2034  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 128 aa  256  9e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.327556  normal  0.554633 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3273  regulatory protein GnyR  82.03 
 
 		 134 aa  210  5.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38430  regulatory gene of gnyRDBHAL cluster, GnyR  82.54 
 
 		 134 aa  208  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.187805 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3653  MerR family transcriptional regulator  79.67 
 
 		 133 aa  204  3e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0576381 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3539  transcriptional regulator, putative  79.34 
 
 		 132 aa  198  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2385  MerR family transcriptional regulator  79.34 
 
 		 132 aa  198  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.857198 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2235  MerR family transcriptional regulator  79.34 
 
 		 132 aa  198  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49570  transcriptional regulatory protein, MerR family  81.15 
 
 		 133 aa  197  3e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0397848  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2472  regulatory protein, MerR  78.86 
 
 		 130 aa  196  9e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0886191 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1944  MerR family transcriptional regulator  78.51 
 
 		 132 aa  195  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0920422  hitchhiker  0.000346668 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2743  transcriptional regulator, MerR family  78.05 
 
 		 130 aa  194  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785681  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2120  MerR family transcriptional regulator  61.11 
 
 		 147 aa  151  4e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00663209  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2796  MerR family transcriptional regulator  54.1 
 
 		 132 aa  142  1e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2726  transcriptional regulator, MerR family protein  52.46 
 
 		 136 aa  141  2e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.505695  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2996  transcriptional regulator, MerR family  57.02 
 
 		 152 aa  141  3e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3222  MerR family transcriptional regulator  53.28 
 
 		 132 aa  140  5e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.012049 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1720  MerR family transcriptional regulator  52.8 
 
 		 134 aa  140  6e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2569  MerR family transcriptional regulator  53.72 
 
 		 133 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1459  MerR family transcriptional regulator  53.78 
 
 		 132 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.425414 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1898  transcriptional regulator, putative  51.97 
 
 		 134 aa  138  1.9999999999999998e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2244  regulatory protein, MerR  50 
 
 		 135 aa  138  1.9999999999999998e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02411  Transcriptional regulator, MerR family protein  55.37 
 
 		 151 aa  138  1.9999999999999998e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2321  MerR family transcriptional regulator  52.8 
 
 		 134 aa  138  3e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2393  MerR family transcriptional regulator  52.8 
 
 		 134 aa  138  3e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.790409 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1673  MerR family transcriptional regulator  52.8 
 
 		 134 aa  138  3e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2827  MerR family transcriptional regulator  52 
 
 		 135 aa  137  7e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1531  transcriptional regulator, MerR family  52 
 
 		 135 aa  137  7e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.152534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2845  MerR family transcriptional regulator  52 
 
 		 135 aa  136  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2972  MerR family transcriptional regulator  52 
 
 		 135 aa  136  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.54764  normal  0.504684 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1363  MerR family transcriptional regulator  54.62 
 
 		 134 aa  134  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.381305 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2924  MerR family transcriptional regulator  53.98 
 
 		 131 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1604  MerR family transcriptional regulator  52.14 
 
 		 132 aa  127  4.0000000000000003e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.408044  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05481  hypothetical protein  51.67 
 
 		 127 aa  122  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0133  MerR family transcriptional regulator  50.41 
 
 		 151 aa  121  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0102  MerR family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 144 aa  120  9e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1994  MerR family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 135 aa  118  1.9999999999999998e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000376  predicted transcriptional regulator LiuR of leucine degradation pathway MerR family  49.58 
 
 		 128 aa  119  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001544  predicted transcriptional regulator LiuR of leucine degradation pathway MerR family  51.28 
 
 		 124 aa  118  3e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0102  regulatory protein, MerR  50.41 
 
 		 130 aa  115  3e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0138  transcriptional regulator, MerR family  49.57 
 
 		 165 aa  115  3e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0130  transcriptional regulator, MerR family  49.57 
 
 		 165 aa  115  3e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1034  MerR family transcriptional regulator  44.72 
 
 		 128 aa  113  7.999999999999999e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0151455  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0280  putative transcription regulator protein  48.72 
 
 		 165 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0843024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4252  MerR family transcriptional regulator  50.94 
 
 		 134 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.285942  normal  0.211109 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5993  MerR family transcriptional regulator  53.77 
 
 		 140 aa  112  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000699442 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0464  transcriptional regulator, MerR family  50.94 
 
 		 134 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0453  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 131 aa  112  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2012  MerR family transcriptional regulator  46.22 
 
 		 129 aa  111  4.0000000000000004e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.474573  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1179  transcriptional regulator, putative  44.72 
 
 		 128 aa  110  5e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0654796  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4192  MerR family transcriptional regulator  46.46 
 
 		 141 aa  110  5e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1138  putative transcriptional regulator  44.72 
 
 		 128 aa  110  5e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0775517  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3843  MerR family transcriptional regulator  47.24 
 
 		 154 aa  110  6e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4372  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 137 aa  110  9e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0181  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 144 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.911706  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3058  transcriptional regulator, MerR family  52.17 
 
 		 136 aa  109  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3780  MerR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 136 aa  109  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1865  transcriptional regulator, MerR family  43.9 
 
 		 128 aa  107  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.261396  normal  0.0420495 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0461  MerR family transcriptional regulator  46.61 
 
 		 174 aa  106  1e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0313707  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4735  transcriptional regulator, MerR family  48.54 
 
 		 132 aa  105  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2617  transcriptional regulator MerR family  42.4 
 
 		 130 aa  105  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0874214  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2068  transcriptional regulator, MerR family  43.9 
 
 		 128 aa  105  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4201  MerR family transcriptional regulator  46.61 
 
 		 149 aa  103  6e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000952252 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4442  MerR family transcriptional regulator  43.7 
 
 		 145 aa  102  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0160175 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0132  MerR family transcriptional regulator  46.36 
 
 		 160 aa  99  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.159933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1311  MerR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 132 aa  99  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1538  MerR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 153 aa  98.2  4e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.129222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0004  MerR family transcriptional regulator  43.7 
 
 		 169 aa  98.2  4e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1259  MerR family transcriptional regulator  39.84 
 
 		 128 aa  96.7  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0537  MerR family transcriptional regulator  42.2 
 
 		 160 aa  95.1  3e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.400616  normal  0.698337 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0024  MerR family transcriptional regulator  43.27 
 
 		 156 aa  91.3  4e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2106  MerR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 156 aa  90.9  5e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.63412  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2851  transcriptional regulator, MerR family  42.73 
 
 		 135 aa  90.9  6e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0091  MerR family transcriptional regulator  41.74 
 
 		 138 aa  90.1  9e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.266234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3791  MerR family transcriptional regulator  44.54 
 
 		 149 aa  89.7  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.23211 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0840  transcriptional regulator  45.54 
 
 		 133 aa  88.6  3e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.413569 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2322  transcriptional regulator, MerR family  41.67 
 
 		 129 aa  88.6  3e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0576  MerR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 134 aa  88.2  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0456359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1556  MerR family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 133 aa  84.7  4e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.659749  normal  0.641907 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2969  MerR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 130 aa  83.6  9e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0979935  normal  0.0797223 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2292  MerR family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 131 aa  83.6  9e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2200  MerR family transcriptional regulator  43.56 
 
 		 132 aa  82  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.515575  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2867  MerR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 169 aa  81.6  0.000000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.374801 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0875  MerR family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 131 aa  80.9  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.854449 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0770  MerR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 151 aa  80.9  0.000000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.744449  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3063  MerR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 142 aa  80.5  0.000000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.858131  normal  0.492052 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0820  MerR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 131 aa  80.5  0.000000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.575513  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3099  MerR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 143 aa  77  0.00000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00609185  decreased coverage  0.00847969 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2201  MerR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 126 aa  76.6  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.811236  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0876  MerR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 126 aa  76.6  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2968  MerR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 121 aa  75.9  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.151123  normal  0.0469101 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1094  MerR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 159 aa  74.7  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4036  MerR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 155 aa  75.1  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.614609  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2820  MerR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 176 aa  75.1  0.0000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.218132  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1554  MerR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 122 aa  74.7  0.0000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.890777 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0842  transcriptional regulator  35.45 
 
 		 123 aa  74.7  0.0000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.399496 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5291  transcriptional regulator, MerR family  37.29 
 
 		 145 aa  73.6  0.0000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0253946  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2291  MerR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 126 aa  72.8  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2866  MerR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 138 aa  72  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.972531  normal  0.3601 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0266  transcriptional regulator, MerR family  44.12 
 
 		 161 aa  69.7  0.00000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00988584 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0963  DNA-binding transcriptional regulator CueR  33.04 
 
 		 136 aa  68.6  0.00000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.55262  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>