More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3222 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3222  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 132 aa  266  5.9999999999999995e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.012049 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2569  MerR family transcriptional regulator  93.75 
 
 		 133 aa  244  3e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2796  MerR family transcriptional regulator  89.39 
 
 		 132 aa  239  7e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1459  MerR family transcriptional regulator  92.19 
 
 		 132 aa  238  2.9999999999999997e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.425414 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1720  MerR family transcriptional regulator  88.46 
 
 		 134 aa  233  7e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2827  MerR family transcriptional regulator  88.46 
 
 		 135 aa  233  8e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1531  transcriptional regulator, MerR family  88.46 
 
 		 135 aa  233  8e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.152534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1673  MerR family transcriptional regulator  88.46 
 
 		 134 aa  233  9e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2321  MerR family transcriptional regulator  88.46 
 
 		 134 aa  233  9e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2393  MerR family transcriptional regulator  88.46 
 
 		 134 aa  233  9e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.790409 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1898  transcriptional regulator, putative  88.46 
 
 		 134 aa  232  1.0000000000000001e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2845  MerR family transcriptional regulator  87.69 
 
 		 135 aa  232  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2972  MerR family transcriptional regulator  87.69 
 
 		 135 aa  232  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.54764  normal  0.504684 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2726  transcriptional regulator, MerR family protein  85.5 
 
 		 136 aa  230  6e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.505695  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1363  MerR family transcriptional regulator  84.73 
 
 		 134 aa  226  7e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.381305 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2244  regulatory protein, MerR  85.94 
 
 		 135 aa  226  8e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1604  MerR family transcriptional regulator  65.38 
 
 		 132 aa  177  4.999999999999999e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.408044  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000376  predicted transcriptional regulator LiuR of leucine degradation pathway MerR family  66.1 
 
 		 128 aa  163  5.9999999999999996e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05481  hypothetical protein  63.33 
 
 		 127 aa  157  4e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38430  regulatory gene of gnyRDBHAL cluster, GnyR  61.98 
 
 		 134 aa  156  9e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.187805 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2120  MerR family transcriptional regulator  60.94 
 
 		 147 aa  155  1e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00663209  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02411  Transcriptional regulator, MerR family protein  58.33 
 
 		 151 aa  154  4e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3273  regulatory protein GnyR  61.16 
 
 		 134 aa  152  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001544  predicted transcriptional regulator LiuR of leucine degradation pathway MerR family  63.72 
 
 		 124 aa  152  1e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2924  MerR family transcriptional regulator  57.38 
 
 		 131 aa  152  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3653  MerR family transcriptional regulator  56.8 
 
 		 133 aa  150  4e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0576381 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2996  transcriptional regulator, MerR family  58.26 
 
 		 152 aa  147  3e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1944  MerR family transcriptional regulator  59.32 
 
 		 132 aa  147  6e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0920422  hitchhiker  0.000346668 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3539  transcriptional regulator, putative  59.32 
 
 		 132 aa  146  8e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2235  MerR family transcriptional regulator  59.32 
 
 		 132 aa  146  8e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2385  MerR family transcriptional regulator  59.32 
 
 		 132 aa  146  8e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.857198 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2472  regulatory protein, MerR  53.17 
 
 		 130 aa  143  9e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0886191 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49570  transcriptional regulatory protein, MerR family  55.93 
 
 		 133 aa  140  4e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0397848  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2034  MerR family transcriptional regulator  53.28 
 
 		 128 aa  140  5e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.327556  normal  0.554633 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2743  transcriptional regulator, MerR family  52.38 
 
 		 130 aa  139  9e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785681  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0133  MerR family transcriptional regulator  45.04 
 
 		 151 aa  132  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1994  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 135 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0102  MerR family transcriptional regulator  46.83 
 
 		 144 aa  127  4.0000000000000003e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0464  transcriptional regulator, MerR family  47.62 
 
 		 134 aa  127  6e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0102  regulatory protein, MerR  47.2 
 
 		 130 aa  127  7.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4252  MerR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 134 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.285942  normal  0.211109 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0280  putative transcription regulator protein  44.8 
 
 		 165 aa  124  5e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0843024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3843  MerR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 154 aa  123  7e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0138  transcriptional regulator, MerR family  44.53 
 
 		 165 aa  123  8.000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0130  transcriptional regulator, MerR family  44.53 
 
 		 165 aa  123  8.000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0181  MerR family transcriptional regulator  46.83 
 
 		 144 aa  121  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.911706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4192  MerR family transcriptional regulator  45.6 
 
 		 141 aa  119  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4372  MerR family transcriptional regulator  46.72 
 
 		 137 aa  118  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5993  MerR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 140 aa  117  4.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000699442 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0453  MerR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 131 aa  115  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1034  MerR family transcriptional regulator  45.13 
 
 		 128 aa  114  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0151455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3780  MerR family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 136 aa  114  3.9999999999999997e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3058  transcriptional regulator, MerR family  46.34 
 
 		 136 aa  114  3.9999999999999997e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0132  MerR family transcriptional regulator  48.67 
 
 		 160 aa  114  5e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.159933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2012  MerR family transcriptional regulator  46.9 
 
 		 129 aa  113  8.999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.474573  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2617  transcriptional regulator MerR family  42.98 
 
 		 130 aa  112  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0874214  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1138  putative transcriptional regulator  46.02 
 
 		 128 aa  112  2.0000000000000002e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0775517  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1179  transcriptional regulator, putative  46.02 
 
 		 128 aa  112  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0654796  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4735  transcriptional regulator, MerR family  43.59 
 
 		 132 aa  111  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1259  MerR family transcriptional regulator  46.02 
 
 		 128 aa  111  3e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0004  MerR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 169 aa  111  4.0000000000000004e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1865  transcriptional regulator, MerR family  41.88 
 
 		 128 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.261396  normal  0.0420495 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1311  MerR family transcriptional regulator  44.17 
 
 		 132 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2068  transcriptional regulator, MerR family  41.88 
 
 		 128 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2851  transcriptional regulator, MerR family  44.54 
 
 		 135 aa  107  4.0000000000000004e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4201  MerR family transcriptional regulator  42.15 
 
 		 149 aa  105  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000952252 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1538  MerR family transcriptional regulator  47.66 
 
 		 153 aa  105  3e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.129222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0537  MerR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 160 aa  104  3e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.400616  normal  0.698337 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0461  MerR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 174 aa  100  4e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0313707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4442  MerR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 145 aa  101  4e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0160175 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0024  MerR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 156 aa  100  7e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2106  MerR family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 156 aa  99  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.63412  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0820  MerR family transcriptional regulator  41.74 
 
 		 131 aa  95.5  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.575513  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3063  MerR family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 142 aa  95.9  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.858131  normal  0.492052 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0770  MerR family transcriptional regulator  41.74 
 
 		 151 aa  95.9  2e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.744449  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0840  transcriptional regulator  43.36 
 
 		 133 aa  95.9  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.413569 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2867  MerR family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 169 aa  94.4  4e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.374801 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3791  MerR family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 149 aa  92.8  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.23211 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1556  MerR family transcriptional regulator  43.27 
 
 		 133 aa  92.8  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.659749  normal  0.641907 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5291  transcriptional regulator, MerR family  40.5 
 
 		 145 aa  92  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0253946  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2969  MerR family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 130 aa  91.3  4e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0979935  normal  0.0797223 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0091  MerR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 138 aa  90.5  6e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.266234  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2322  transcriptional regulator, MerR family  45.54 
 
 		 129 aa  90.1  9e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0576  MerR family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 134 aa  88.6  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0456359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2820  MerR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 176 aa  88.2  4e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.218132  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1094  MerR family transcriptional regulator  36 
 
 		 159 aa  86.7  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3099  MerR family transcriptional regulator  42.48 
 
 		 143 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00609185  decreased coverage  0.00847969 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2292  MerR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 131 aa  86.7  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2200  MerR family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 132 aa  85.5  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.515575  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4036  MerR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 155 aa  85.9  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.614609  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0875  MerR family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 131 aa  85.9  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.854449 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0266  transcriptional regulator, MerR family  34.92 
 
 		 161 aa  84.7  4e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00988584 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1554  MerR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 122 aa  79.3  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.890777 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2866  MerR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 138 aa  77.8  0.00000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.972531  normal  0.3601 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2201  MerR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 126 aa  75.5  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.811236  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0876  MerR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 126 aa  75.5  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2291  MerR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 126 aa  73.2  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2968  MerR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 121 aa  71.2  0.000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.151123  normal  0.0469101 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0842  transcriptional regulator  32.74 
 
 		 123 aa  70.9  0.000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.399496 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2841  zinc-responsive transcriptional regulator  32.76 
 
 		 139 aa  65.9  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0481985  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>