More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4828 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4828  ABC transporter  100 
 
 		 707 aa  1424    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.336043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3292  inner-membrane translocator  76.49 
 
 		 706 aa  1069    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0638637  normal  0.743935 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3535  inner-membrane translocator  58.71 
 
 		 704 aa  792    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0805371  normal  0.99105 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0508  strictosidine synthase  38.4 
 
 		 363 aa  220  7.999999999999999e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1772  gluconolactonase  36.34 
 
 		 354 aa  207  4e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.338727  normal  0.409264 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4098  hypothetical protein  36.96 
 
 		 353 aa  207  6e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47490  hypothetical protein  36.34 
 
 		 353 aa  205  2e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3429  strictosidine synthase  34.95 
 
 		 358 aa  194  5e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01780  hypothetical protein  32.96 
 
 		 384 aa  184  6e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.748339  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4855  strictosidine synthase  36.15 
 
 		 599 aa  159  1e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000966412 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3130  strictosidine synthase  32.84 
 
 		 358 aa  153  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.25811 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2400  strictosidine synthase  34.93 
 
 		 363 aa  143  9.999999999999999e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.245998  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4863  strictosidine synthase  31.83 
 
 		 335 aa  142  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0592585 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1217  strictosidine synthase  32.6 
 
 		 337 aa  141  3e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.908718  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1234  strictosidine synthase  32.6 
 
 		 337 aa  141  3e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.36412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1568  strictosidine synthase  31.7 
 
 		 327 aa  142  3e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.603966 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1244  strictosidine synthase  32.6 
 
 		 337 aa  142  3e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.205985  normal  0.761623 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0115  ribose ABC transporter, permease protein  32.79 
 
 		 310 aa  135  1.9999999999999998e-30  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4097  sugar transport system permease  34.33 
 
 		 330 aa  132  2.0000000000000002e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4029  ribose ABC transporter, permease protein  34.33 
 
 		 330 aa  132  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1852  ribose ABC transporter, permease protein  33.12 
 
 		 353 aa  132  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0126  monosaccharide-transporting ATPase  34.33 
 
 		 330 aa  132  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1962  monosaccharide-transporting ATPase  33.12 
 
 		 353 aa  131  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0698409  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1030  monosaccharide-transporting ATPase  32.46 
 
 		 341 aa  131  5.0000000000000004e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608545 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0285  carbohydrate ABC transporter permease  36.54 
 
 		 344 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0196  carbohydrate ABC transporter permease  36.54 
 
 		 344 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06144  ribose ABC transporter permease protein  30.94 
 
 		 327 aa  129  2.0000000000000002e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2807  inner-membrane translocator  34.52 
 
 		 338 aa  129  2.0000000000000002e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2914  monosaccharide-transporting ATPase  32.47 
 
 		 346 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.366692  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0009  ribose ABC transporter permease protein  32.3 
 
 		 322 aa  129  2.0000000000000002e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000340  ribose ABC transport system permease protein RbsC  30.63 
 
 		 327 aa  128  3e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1792  sugar ABC transporter, permease protein  32.54 
 
 		 835 aa  128  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2860  strictosidine synthase  32.09 
 
 		 307 aa  128  4.0000000000000003e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4526  ribose ABC transporter permease protein  31.86 
 
 		 322 aa  127  6e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000584894  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0859  ribose ABC transporter, permease protein  32.79 
 
 		 346 aa  127  7e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.479908  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1826  inner-membrane translocator  34.11 
 
 		 336 aa  126  1e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0911886  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2278  inner-membrane translocator  34.38 
 
 		 309 aa  126  2e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.568654  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4849  inner-membrane translocator  34.87 
 
 		 325 aa  126  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.361402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1654  ABC transporter permease protein  36.21 
 
 		 344 aa  125  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4173  ribose ABC transporter permease protein  31.66 
 
 		 322 aa  125  3e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00211847  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0774  inner-membrane translocator  30.93 
 
 		 339 aa  124  4e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0308372 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3976  ribose ABC transporter permease protein  31.63 
 
 		 322 aa  124  7e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.144441  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5320  inner-membrane translocator  30.28 
 
 		 350 aa  124  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.306475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4899  ribose ABC transporter permease protein  31.35 
 
 		 321 aa  123  9.999999999999999e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0818131  hitchhiker  0.000000774907 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0880  Monosaccharide-transporting ATPase  29.84 
 
 		 335 aa  123  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0333312  normal  0.303688 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1087  inner-membrane translocator  31.65 
 
 		 339 aa  123  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.10708 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1652  inner-membrane translocator  35.76 
 
 		 340 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0718181  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0945  Monosaccharide-transporting ATPase  29.84 
 
 		 335 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.0035821  normal  0.067207 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4601  Monosaccharide-transporting ATPase  32.57 
 
 		 341 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.841849 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0342  ribose ABC transporter permease protein  31.06 
 
 		 324 aa  122  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2523  inner-membrane translocator  35 
 
 		 313 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4607  Monosaccharide-transporting ATPase  33.87 
 
 		 348 aa  121  3e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0362  inner-membrane translocator  29.97 
 
 		 383 aa  122  3e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2853  inner-membrane translocator  35.05 
 
 		 317 aa  122  3e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.654587 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1518  monosaccharide-transporting ATPase  34.63 
 
 		 345 aa  122  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0853941  normal  0.0193721 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1062  inner-membrane translocator  34.63 
 
 		 345 aa  121  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.379015  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1542  inner-membrane translocator  34.63 
 
 		 345 aa  121  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6163  inner-membrane translocator  31.35 
 
 		 334 aa  120  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000865468 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1712  monosaccharide-transporting ATPase  34.63 
 
 		 345 aa  120  6e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0294222 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4682  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  34.3 
 
 		 345 aa  120  7e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.377068  normal  0.145685 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7476  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  31.62 
 
 		 334 aa  120  7e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.202333  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0210  ribose ABC transporter, permease protein  35.67 
 
 		 339 aa  120  7.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01060  monosaccharide ABC transporter membrane protein  31.96 
 
 		 336 aa  120  9e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1987  monosaccharide-transporting ATPase  29.64 
 
 		 312 aa  119  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589517  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1370  ribose ABC transporter permease protein  30.96 
 
 		 323 aa  119  1.9999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.512196  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0718  inner-membrane translocator  32 
 
 		 341 aa  119  1.9999999999999998e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.303584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3108  monosaccharide-transporting ATPase  33.82 
 
 		 313 aa  119  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0985733  hitchhiker  0.000124889 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1464  monosaccharide-transporting ATPase  33.23 
 
 		 345 aa  118  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.987014  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1642  Monosaccharide-transporting ATPase  31.17 
 
 		 317 aa  118  3e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000622557  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1424  inner-membrane translocator  33.66 
 
 		 345 aa  118  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3600  monosaccharide-transporting ATPase  30.28 
 
 		 345 aa  119  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0147335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0288  inner-membrane translocator  32.66 
 
 		 331 aa  118  3.9999999999999997e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.247958 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1965  inner-membrane translocator  32.53 
 
 		 341 aa  118  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.389843  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2491  inner-membrane translocator  28.06 
 
 		 405 aa  118  5e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6207  inner-membrane translocator  32.53 
 
 		 341 aa  117  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.729739 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4236  ribose ABC transporter permease protein  31.86 
 
 		 322 aa  117  6e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000913636  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4114  ribose ABC transporter permease protein  30.91 
 
 		 321 aa  117  6.9999999999999995e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.32727  normal  0.0391743 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03636  ribose ABC transporter permease protein  30.79 
 
 		 321 aa  117  7.999999999999999e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0321266  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4217  Monosaccharide-transporting ATPase  30.79 
 
 		 321 aa  117  7.999999999999999e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3966  ribose ABC transporter permease protein  30.79 
 
 		 321 aa  117  7.999999999999999e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.878402  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4244  ribose ABC transporter permease protein  30.79 
 
 		 321 aa  117  7.999999999999999e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00281805 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4118  ribose ABC transporter permease protein  30.79 
 
 		 321 aa  117  7.999999999999999e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.129793 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5186  ribose ABC transporter permease protein  30.79 
 
 		 321 aa  117  7.999999999999999e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0679383  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03581  hypothetical protein  30.79 
 
 		 321 aa  117  7.999999999999999e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0415585  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4266  ribose ABC transporter permease protein  30.79 
 
 		 321 aa  117  7.999999999999999e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00636427  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4275  ribose ABC transporter permease protein  31.19 
 
 		 321 aa  117  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4216  ribose ABC transporter permease protein  31.19 
 
 		 321 aa  117  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.064291  normal  0.774246 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4110  ribose ABC transporter permease protein  31.19 
 
 		 321 aa  117  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.401971  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4166  ribose ABC transporter permease protein  31.19 
 
 		 321 aa  117  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4095  ribose ABC transporter permease protein  31.19 
 
 		 321 aa  117  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0412  Monosaccharide-transporting ATPase  30.93 
 
 		 328 aa  116  1.0000000000000001e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00266655  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0625  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  30.87 
 
 		 345 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.983884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0614  inner-membrane translocator  31.21 
 
 		 331 aa  116  2.0000000000000002e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1874  monosaccharide-transporting ATPase  28.84 
 
 		 354 aa  116  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.273612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4446  inner-membrane translocator  31.51 
 
 		 345 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000908606 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2883  inner-membrane translocator  30.45 
 
 		 348 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.797919 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0456  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  33.88 
 
 		 310 aa  116  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1858  monosaccharide-transporting ATPase  29.94 
 
 		 324 aa  115  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.413944  hitchhiker  0.0026052 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4966  monosaccharide-transporting ATPase  31.8 
 
 		 347 aa  115  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4767  monosaccharide-transporting ATPase  32.56 
 
 		 320 aa  115  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.424997 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>