More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5329 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5329  ABC transporter membrane spanning protein  100 
 
 
308 aa  613  9.999999999999999e-175  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3551  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.8 
 
 
301 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.963791  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0639  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.69 
 
 
305 aa  348  5e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.371496  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.65 
 
 
310 aa  270  2e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1182  sugar ABC transporter, permease protein, putative  48.26 
 
 
319 aa  262  4.999999999999999e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.547049  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1085  putative sugar ABC transporter, permease protein  47.92 
 
 
319 aa  260  2e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.589946  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0176  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.37 
 
 
314 aa  245  6.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7592  ABC transporter  45.36 
 
 
306 aa  244  9.999999999999999e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0131  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.67 
 
 
319 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.128042  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.1 
 
 
315 aa  236  4e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0566553  normal  0.330059 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1771  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.93 
 
 
307 aa  224  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.2153  normal  0.0141948 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
293 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.563461  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1606  ABC transporter sugar permease  36.46 
 
 
293 aa  176  4e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00881  ABC transporter sugar permease  38.27 
 
 
294 aa  173  3.9999999999999995e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0244413  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.52 
 
 
314 aa  172  5e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.59424  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2682  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.27 
 
 
293 aa  171  2e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.990678  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0477  ABC tranporter, permease protein  34.03 
 
 
315 aa  169  4e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0728  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.92 
 
 
313 aa  169  6e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000239391  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2365  sugar ABC transporter, permease protein  34.53 
 
 
288 aa  169  8e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.216835  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.47 
 
 
299 aa  168  1e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3848  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.12 
 
 
320 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0230008  normal  0.429544 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15550  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.69 
 
 
294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2523  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.24 
 
 
309 aa  163  3e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000325465  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1022  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
294 aa  163  4.0000000000000004e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.92 
 
 
317 aa  162  5.0000000000000005e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0359  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.13 
 
 
300 aa  162  8.000000000000001e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2047  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.03 
 
 
294 aa  161  1e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.550241  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1942  sugar ABC transporter, permease protein  38.95 
 
 
287 aa  160  2e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.46 
 
 
353 aa  161  2e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.500594  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7347  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  35.71 
 
 
320 aa  160  3e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1015  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.14 
 
 
292 aa  159  5e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4872  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.12 
 
 
310 aa  159  7e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.181942  normal  0.51159 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.2 
 
 
309 aa  157  1e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5336  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.89 
 
 
318 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.949955  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.67 
 
 
307 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.89 
 
 
318 aa  157  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0625824  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.65 
 
 
310 aa  157  3e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.1 
 
 
420 aa  157  3e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29020  carbohydrate ABC transporter membrane protein  37.07 
 
 
275 aa  156  4e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0339  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.1 
 
 
420 aa  155  6e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03080  permease component of ABC-type sugar transporter  36.43 
 
 
322 aa  155  6e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.151535  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3227  extracellular solute-binding protein family 1  35.42 
 
 
307 aa  154  2e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00159401  normal  0.987884 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3421  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.42 
 
 
307 aa  154  2e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.556907  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.66 
 
 
316 aa  154  2e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2292  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.56 
 
 
306 aa  153  4e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0382  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.43 
 
 
296 aa  152  8.999999999999999e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.76 
 
 
305 aa  151  1e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.661532 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.04 
 
 
293 aa  151  2e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0527  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.57 
 
 
296 aa  150  2e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000283647  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1390  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.52 
 
 
308 aa  151  2e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.62 
 
 
308 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84186  normal  0.48209 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.34 
 
 
315 aa  150  4e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.258357  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1523  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.17 
 
 
321 aa  149  4e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27700  permease component of ABC-type sugar transporter  32.76 
 
 
321 aa  149  5e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.479477 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.14 
 
 
297 aa  149  5e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.235569 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0229  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.55 
 
 
312 aa  149  6e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.772545  normal  0.492978 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0290  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.02 
 
 
297 aa  149  6e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2820  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.18 
 
 
305 aa  149  7e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3122  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.11 
 
 
305 aa  148  9e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.99861  hitchhiker  0.000381845 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4634  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.88 
 
 
292 aa  148  9e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.219562  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2532  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.86 
 
 
417 aa  148  1.0000000000000001e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.636087 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.16 
 
 
303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000249122  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2200  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.09 
 
 
299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.426381  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.34 
 
 
310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1549  MalF-type ABC sugar transport systems permease component  34.39 
 
 
317 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.649517  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.19 
 
 
306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0924232  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0691  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.69 
 
 
295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2817  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.6 
 
 
310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.822068  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2946  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.97 
 
 
316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.63 
 
 
300 aa  146  5e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00312349  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3558  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.24 
 
 
295 aa  145  7.0000000000000006e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.727517  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3074  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.98 
 
 
314 aa  145  7.0000000000000006e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0955  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.92 
 
 
291 aa  145  8.000000000000001e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0196347  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.1 
 
 
429 aa  145  8.000000000000001e-34  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.225919  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5305  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.99 
 
 
298 aa  145  9e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.688973 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1357  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.11 
 
 
316 aa  145  9e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.35 
 
 
312 aa  144  1e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.633875  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4319  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.7 
 
 
312 aa  144  2e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.778687  hitchhiker  0.00185272 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2264  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.93 
 
 
307 aa  144  2e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.277747  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3002  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.44 
 
 
320 aa  144  2e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2661  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.43 
 
 
320 aa  144  2e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2918  ABC-type sugar transport system, permease component  34.98 
 
 
305 aa  144  2e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.5 
 
 
291 aa  143  3e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.199241  normal  0.935882 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0526  ABC-type sugar transport systems permease components-like  35.66 
 
 
293 aa  144  3e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.88 
 
 
292 aa  143  3e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
415 aa  143  4e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.33288  normal  0.443347 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1315  ABC transporter, permease protein  33.9 
 
 
301 aa  143  4e-33  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.21 
 
 
305 aa  143  4e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.028536  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.05 
 
 
436 aa  143  4e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8235  ABC transporter, permease protein  36.09 
 
 
306 aa  143  5e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3305  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.63 
 
 
300 aa  142  6e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.980927  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.5 
 
 
293 aa  142  7e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21160  carbohydrate ABC transporter membrane protein  34.16 
 
 
314 aa  142  7e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.103465  normal  0.100515 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6091  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.09 
 
 
292 aa  142  7e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3323  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
317 aa  141  9.999999999999999e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0473972  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0698  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  31.05 
 
 
310 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.71 
 
 
307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000296099  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0295  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.05 
 
 
306 aa  141  1.9999999999999998e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0472746 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2833  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.39 
 
 
319 aa  140  1.9999999999999998e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0200859  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7038  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.75 
 
 
309 aa  140  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>