More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_03080 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_03080  permease component of ABC-type sugar transporter  100 
 
 
322 aa  640    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.151535  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1523  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.18 
 
 
321 aa  275  8e-73  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1549  MalF-type ABC sugar transport systems permease component  44.59 
 
 
317 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.649517  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
299 aa  228  7e-59  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1942  sugar ABC transporter, permease protein  44.44 
 
 
287 aa  220  3e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.19 
 
 
317 aa  219  7e-56  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.32 
 
 
318 aa  218  1e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal  0.0272583 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4319  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.55 
 
 
312 aa  217  2e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.778687  hitchhiker  0.00185272 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2365  sugar ABC transporter, permease protein  42.91 
 
 
288 aa  214  1.9999999999999998e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.216835  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2264  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.13 
 
 
307 aa  213  2.9999999999999995e-54  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.277747  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4634  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
292 aa  213  3.9999999999999995e-54  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.219562  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.82 
 
 
306 aa  212  9e-54  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0924232  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0016  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.3 
 
 
311 aa  209  4e-53  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.17058  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.25 
 
 
315 aa  205  7e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.258357  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7347  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  37.62 
 
 
320 aa  205  9e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.32 
 
 
309 aa  202  5e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5336  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.46 
 
 
318 aa  202  5e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.949955  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.46 
 
 
318 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0625824  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.99 
 
 
306 aa  200  3e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.739705  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0691  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.52 
 
 
295 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.28 
 
 
309 aa  196  4.0000000000000005e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
293 aa  196  6e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.563461  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.15 
 
 
295 aa  195  7e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000506379  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07100  carbohydrate ABC transporter membrane protein  40.88 
 
 
318 aa  195  9e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.790586  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2200  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.3 
 
 
299 aa  194  1e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.426381  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3421  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.8 
 
 
307 aa  195  1e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.556907  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3227  extracellular solute-binding protein family 1  38.8 
 
 
307 aa  195  1e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00159401  normal  0.987884 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1900  sugar ABC transporter, permease protein, putative  40.39 
 
 
314 aa  194  2e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1635  sugar ABC transporter, permease  40.39 
 
 
314 aa  194  2e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0563  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.61 
 
 
294 aa  194  2e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.22835  normal  0.0558608 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29410  carbohydrate ABC transporter membrane protein  37.89 
 
 
322 aa  193  3e-48  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.899558  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.27 
 
 
308 aa  193  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84186  normal  0.48209 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1357  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.38 
 
 
316 aa  192  7e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2817  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.48 
 
 
310 aa  192  8e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.822068  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3122  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.22 
 
 
305 aa  192  8e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.99861  hitchhiker  0.000381845 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1449  lactose transport system permease protein  40.07 
 
 
290 aa  192  9e-48  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0650773 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0359  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.41 
 
 
300 aa  192  9e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.78 
 
 
316 aa  191  1e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.57 
 
 
310 aa  190  2e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1051  lactose transport system permease protein  38.16 
 
 
306 aa  191  2e-47  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.390377  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1606  ABC transporter sugar permease  39.31 
 
 
293 aa  190  2e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2918  ABC-type sugar transport system, permease component  39.53 
 
 
305 aa  191  2e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3640  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.2 
 
 
298 aa  190  2e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2047  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.11 
 
 
294 aa  190  2.9999999999999997e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.550241  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3142  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.96 
 
 
325 aa  190  2.9999999999999997e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.406302  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2041  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.65 
 
 
305 aa  189  4e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00457854  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2682  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 
293 aa  189  4e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.990678  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2587  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.39 
 
 
314 aa  189  5.999999999999999e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.000137508  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2292  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.7 
 
 
306 aa  189  7e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2523  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.08 
 
 
309 aa  189  7e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000325465  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2978  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.75 
 
 
289 aa  188  9e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1637  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.77 
 
 
303 aa  188  1e-46  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0695484  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1290  ABC transporter, permease protein  35.81 
 
 
311 aa  188  1e-46  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2316  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38 
 
 
313 aa  188  1e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.81 
 
 
312 aa  187  2e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.308461  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00881  ABC transporter sugar permease  39.52 
 
 
294 aa  187  3e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0244413  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4622  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.14 
 
 
317 aa  187  3e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0944  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.75 
 
 
290 aa  186  4e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.120711  normal  0.307929 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.75 
 
 
315 aa  186  4e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.31256  normal  0.442716 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4882  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.69 
 
 
313 aa  186  4e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.115668  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2193  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.33 
 
 
306 aa  186  4e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.692762  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05430  carbohydrate ABC transporter membrane protein  37.76 
 
 
321 aa  186  4e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0550121  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3270  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.37 
 
 
321 aa  186  5e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0898  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.63 
 
 
319 aa  186  6e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.14469  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.73 
 
 
291 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.216687  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0526  ABC-type sugar transport systems permease components-like  38.41 
 
 
293 aa  185  1.0000000000000001e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.84 
 
 
319 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3848  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.14 
 
 
320 aa  185  1.0000000000000001e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0230008  normal  0.429544 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1315  ABC transporter, permease protein  36.49 
 
 
301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21160  carbohydrate ABC transporter membrane protein  40.21 
 
 
314 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.103465  normal  0.100515 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0176  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.08 
 
 
314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.56 
 
 
293 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.533828 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.59424  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0790  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.2 
 
 
293 aa  183  3e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0750  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
290 aa  183  3e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2314  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.81 
 
 
310 aa  183  3e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.498676  normal  0.350334 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6527  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.19 
 
 
307 aa  183  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0292278 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.55 
 
 
353 aa  183  4.0000000000000006e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.500594  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2302  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.82 
 
 
320 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.253823  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2145  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.3 
 
 
362 aa  183  4.0000000000000006e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2496  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.56 
 
 
311 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15550  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.89 
 
 
294 aa  183  4.0000000000000006e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0290  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.41 
 
 
297 aa  183  4.0000000000000006e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0532  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.91 
 
 
311 aa  182  6e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.49 
 
 
307 aa  182  8.000000000000001e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000296099  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0955  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.54 
 
 
291 aa  181  1e-44  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0196347  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.38 
 
 
296 aa  181  1e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00598191  normal  0.10352 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2734  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.37 
 
 
308 aa  180  2e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.172129  normal  0.124427 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0856  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.73 
 
 
293 aa  181  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.565462 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29330  permease component of ABC-type sugar transporter  36.19 
 
 
321 aa  180  2.9999999999999997e-44  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.17 
 
 
315 aa  179  4e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0566553  normal  0.330059 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1022  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.3 
 
 
294 aa  179  4e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1728  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.02 
 
 
299 aa  179  4e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6091  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.24 
 
 
292 aa  179  7e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.01 
 
 
283 aa  179  7e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0512  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.95 
 
 
318 aa  179  8e-44  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000473727  hitchhiker  0.00124128 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0941  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.33 
 
 
313 aa  178  9e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.737632 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.73 
 
 
308 aa  178  1e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.283214  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4983  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  33.89 
 
 
310 aa  178  1e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.300856  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3980  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.22 
 
 
299 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00655631 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>