More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2314 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2314  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
310 aa  614  1e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.498676  normal  0.350334 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.05 
 
 
315 aa  320  9.999999999999999e-87  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.258357  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3122  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.99 
 
 
305 aa  300  3e-80  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.99861  hitchhiker  0.000381845 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3421  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.33 
 
 
307 aa  209  4e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.556907  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3227  extracellular solute-binding protein family 1  39.33 
 
 
307 aa  209  4e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00159401  normal  0.987884 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2523  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.66 
 
 
309 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000325465  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2217  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.15 
 
 
305 aa  199  5e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1357  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
316 aa  191  1e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.17 
 
 
309 aa  188  8e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
309 aa  187  1e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3982  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.34 
 
 
316 aa  184  2.0000000000000003e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05430  carbohydrate ABC transporter membrane protein  36 
 
 
321 aa  182  5.0000000000000004e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0550121  normal 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2918  ABC-type sugar transport system, permease component  35.76 
 
 
305 aa  182  7e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.64 
 
 
317 aa  180  2e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2817  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.92 
 
 
310 aa  181  2e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.822068  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0290  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.33 
 
 
297 aa  180  2e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4634  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.67 
 
 
292 aa  179  4e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.219562  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2365  sugar ABC transporter, permease protein  38.44 
 
 
288 aa  179  7e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.216835  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.17 
 
 
326 aa  178  8e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.979447  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.99 
 
 
316 aa  177  1e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.96 
 
 
299 aa  177  2e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.53 
 
 
316 aa  176  3e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.264329 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.22 
 
 
291 aa  176  6e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0750  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35 
 
 
290 aa  175  7e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1549  MalF-type ABC sugar transport systems permease component  33.44 
 
 
317 aa  174  9.999999999999999e-43  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.649517  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0477  ABC tranporter, permease protein  31.15 
 
 
315 aa  175  9.999999999999999e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.66 
 
 
321 aa  174  9.999999999999999e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0498  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.92 
 
 
317 aa  174  1.9999999999999998e-42  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000449996 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1606  ABC transporter sugar permease  36.77 
 
 
293 aa  170  2e-41  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0359  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.02 
 
 
300 aa  171  2e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1637  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.02 
 
 
303 aa  170  2e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0695484  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4735  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  34.6 
 
 
310 aa  170  3e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0630  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein, putative  34.6 
 
 
310 aa  169  4e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0604  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  34.26 
 
 
310 aa  169  4e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0698  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  34.6 
 
 
310 aa  169  4e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03080  permease component of ABC-type sugar transporter  37 
 
 
322 aa  169  5e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.151535  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2833  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.11 
 
 
319 aa  169  8e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0200859  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4319  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.84 
 
 
312 aa  168  9e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.778687  hitchhiker  0.00185272 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1942  sugar ABC transporter, permease protein  39.55 
 
 
287 aa  167  1e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0478  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease  34.26 
 
 
310 aa  168  1e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1775  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.1 
 
 
309 aa  168  1e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.114297  normal  0.0929805 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2511  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
317 aa  168  1e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.10809  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2080  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.55 
 
 
308 aa  168  1e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.136718  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0480  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease  34.26 
 
 
310 aa  167  2e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.98 
 
 
291 aa  167  2e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.199241  normal  0.935882 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.54 
 
 
319 aa  167  2e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.836257  decreased coverage  0.00115511 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0623  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  34.26 
 
 
310 aa  167  2e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.26 
 
 
310 aa  167  2e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.08 
 
 
293 aa  167  2e-40  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.563461  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1900  sugar ABC transporter, permease protein, putative  32.85 
 
 
314 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1635  sugar ABC transporter, permease  32.85 
 
 
314 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.76 
 
 
306 aa  166  4e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.739705  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0382  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.48 
 
 
296 aa  166  4e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1656  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.53 
 
 
318 aa  166  4e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.152531  normal  0.26367 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0536  glycerol-3-phosphate ABC transporter permease  33.91 
 
 
310 aa  166  5e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0567  glycerol-3-phosphate ABC transporter permease protein  33.91 
 
 
310 aa  166  5e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4987  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
292 aa  166  5e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.753078  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.43 
 
 
317 aa  166  5e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.81 
 
 
314 aa  166  5.9999999999999996e-40  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0898  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.99 
 
 
319 aa  165  6.9999999999999995e-40  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.14469  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0117  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.68 
 
 
300 aa  165  8e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.89 
 
 
322 aa  165  8e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0414899  normal  0.0385996 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.68 
 
 
300 aa  165  8e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4638  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.73 
 
 
308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000461706  normal  0.23331 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2193  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.39 
 
 
306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.692762  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0461  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.23 
 
 
301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0667876 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.5 
 
 
307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000296099  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00881  ABC transporter sugar permease  36.77 
 
 
294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0244413  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0295  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  35.52 
 
 
300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
318 aa  162  6e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2506  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.74 
 
 
306 aa  162  7e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000185658  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.74 
 
 
315 aa  162  7e-39  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.604604  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
300 aa  162  8.000000000000001e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.74 
 
 
308 aa  162  8.000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84186  normal  0.48209 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4983  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  30.79 
 
 
310 aa  161  1e-38  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.300856  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0728  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.22 
 
 
313 aa  161  1e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000239391  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3328  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.38 
 
 
318 aa  161  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.670475  normal  0.953703 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07470  carbohydrate ABC transporter membrane protein  35.48 
 
 
304 aa  161  1e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3980  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.04 
 
 
299 aa  160  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00655631 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0905  transmembrane permease MsmF  37.15 
 
 
289 aa  160  2e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0122469  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2819  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.11 
 
 
315 aa  160  2e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0308401  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0955  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.24 
 
 
291 aa  161  2e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0196347  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3848  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.78 
 
 
320 aa  160  2e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0230008  normal  0.429544 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0920  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.78 
 
 
319 aa  160  3e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6585  lactose transport system (permease)  37.04 
 
 
306 aa  160  3e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.24 
 
 
315 aa  160  4e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0566553  normal  0.330059 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.61 
 
 
291 aa  159  4e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.65 
 
 
312 aa  160  4e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.633875  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3074  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.66 
 
 
314 aa  159  4e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2316  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
313 aa  159  6e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2545  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
316 aa  159  6e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.637107  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0176  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.34 
 
 
314 aa  159  7e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2484  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.68 
 
 
318 aa  159  7e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.575298  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27700  permease component of ABC-type sugar transporter  34.03 
 
 
321 aa  159  8e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.479477 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2034  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.77 
 
 
323 aa  159  8e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.059557  normal  0.598754 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12339  sugar-transport integral membrane protein ABC transporter uspA  36.82 
 
 
290 aa  158  9e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0769  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.27 
 
 
313 aa  158  9e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0559  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.33 
 
 
305 aa  158  9e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2496  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.15 
 
 
311 aa  158  1e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.63 
 
 
307 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>