More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0131 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_0131  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
319 aa  638    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.128042  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0176  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  80.83 
 
 
314 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  85.71 
 
 
315 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0566553  normal  0.330059 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.16 
 
 
310 aa  318  7e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1182  sugar ABC transporter, permease protein, putative  53.36 
 
 
319 aa  305  5.0000000000000004e-82  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.547049  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1085  putative sugar ABC transporter, permease protein  53.36 
 
 
319 aa  304  1.0000000000000001e-81  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.589946  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0639  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.5 
 
 
305 aa  285  5.999999999999999e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.371496  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1771  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.72 
 
 
307 aa  270  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.2153  normal  0.0141948 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3551  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.92 
 
 
301 aa  259  3e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.963791  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5329  ABC transporter membrane spanning protein  50.38 
 
 
308 aa  242  6e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7592  ABC transporter  39.54 
 
 
306 aa  228  9e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.65 
 
 
299 aa  222  7e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4319  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.73 
 
 
312 aa  205  6e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.778687  hitchhiker  0.00185272 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3848  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.07 
 
 
320 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0230008  normal  0.429544 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7347  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  38.22 
 
 
320 aa  200  3e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3421  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.04 
 
 
307 aa  200  3e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.556907  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3227  extracellular solute-binding protein family 1  39.04 
 
 
307 aa  200  3e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00159401  normal  0.987884 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0477  ABC tranporter, permease protein  33.54 
 
 
315 aa  199  7e-50  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2523  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.2 
 
 
309 aa  194  1e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000325465  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1357  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.61 
 
 
316 aa  194  1e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1523  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.1 
 
 
321 aa  194  2e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.53 
 
 
309 aa  194  2e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0382  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.04 
 
 
296 aa  192  7e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2365  sugar ABC transporter, permease protein  35.77 
 
 
288 aa  191  1e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.216835  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.38 
 
 
309 aa  191  1e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5336  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.41 
 
 
318 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.949955  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15550  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.71 
 
 
294 aa  190  2e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1942  sugar ABC transporter, permease protein  40.42 
 
 
287 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.78 
 
 
317 aa  189  4e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.75 
 
 
318 aa  189  4e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0625824  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2047  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.02 
 
 
294 aa  187  2e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.550241  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.84 
 
 
314 aa  187  2e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.59424  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.15 
 
 
293 aa  186  5e-46  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.563461  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4872  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.35 
 
 
310 aa  186  5e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.181942  normal  0.51159 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.36 
 
 
316 aa  185  8e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0016  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.27 
 
 
311 aa  185  8e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.17058  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.92 
 
 
307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0691  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.15 
 
 
295 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.739705  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2918  ABC-type sugar transport system, permease component  40.52 
 
 
305 aa  183  3e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1022  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.73 
 
 
294 aa  182  5.0000000000000004e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0955  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.88 
 
 
291 aa  182  7e-45  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0196347  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1606  ABC transporter sugar permease  40.4 
 
 
293 aa  182  9.000000000000001e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0527  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.29 
 
 
296 aa  182  9.000000000000001e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000283647  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2200  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.78 
 
 
299 aa  182  9.000000000000001e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.426381  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.86 
 
 
317 aa  181  1e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.68 
 
 
353 aa  180  2.9999999999999997e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.500594  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.83 
 
 
316 aa  180  2.9999999999999997e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.264329 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2217  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
305 aa  179  4e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3980  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.6 
 
 
299 aa  180  4e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00655631 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.16 
 
 
314 aa  179  4.999999999999999e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000200699  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.67 
 
 
312 aa  179  5.999999999999999e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.633875  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3982  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.88 
 
 
316 aa  179  7e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2682  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.6 
 
 
293 aa  178  9e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.990678  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0728  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.66 
 
 
313 aa  178  1e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000239391  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.68 
 
 
288 aa  177  1e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.254018  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5199  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.11 
 
 
312 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0867066 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4987  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.35 
 
 
292 aa  177  2e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.753078  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29020  carbohydrate ABC transporter membrane protein  38.49 
 
 
275 aa  177  2e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.34 
 
 
319 aa  177  2e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.35 
 
 
321 aa  177  2e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.4 
 
 
307 aa  177  2e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000296099  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2316  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.96 
 
 
313 aa  177  3e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00881  ABC transporter sugar permease  38.75 
 
 
294 aa  177  3e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0244413  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5305  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.36 
 
 
298 aa  177  3e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.688973 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4882  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.04 
 
 
313 aa  176  4e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.115668  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1315  ABC transporter, permease protein  37.2 
 
 
301 aa  176  4e-43  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27700  permease component of ABC-type sugar transporter  35.69 
 
 
321 aa  176  4e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.479477 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.15 
 
 
308 aa  176  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84186  normal  0.48209 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4634  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.59 
 
 
292 aa  176  4e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.219562  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.82 
 
 
307 aa  176  6e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0229  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.77 
 
 
312 aa  176  7e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.772545  normal  0.492978 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1390  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.49 
 
 
308 aa  176  7e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0377  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.24 
 
 
294 aa  176  7e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2264  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.79 
 
 
307 aa  174  9.999999999999999e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.277747  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0362  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.06 
 
 
312 aa  175  9.999999999999999e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.541424  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.14 
 
 
305 aa  174  9.999999999999999e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.661532 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1549  MalF-type ABC sugar transport systems permease component  37.13 
 
 
317 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.649517  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0295  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.33 
 
 
306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0472746 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.54 
 
 
309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2292  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.6 
 
 
306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
313 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.394829 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0526  ABC-type sugar transport systems permease components-like  35.69 
 
 
293 aa  173  3.9999999999999995e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.07 
 
 
305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000205165  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20510  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.56 
 
 
290 aa  172  5.999999999999999e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0790749  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2465  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.23 
 
 
296 aa  172  7.999999999999999e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.603266  normal  0.170133 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2511  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.43 
 
 
317 aa  172  9e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.10809  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1755  ABC transporter permease  34.29 
 
 
312 aa  172  9e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.576454  normal  0.392142 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1728  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.33 
 
 
299 aa  171  1e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3305  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.12 
 
 
300 aa  171  1e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.980927  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.74 
 
 
300 aa  171  1e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00312349  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03080  permease component of ABC-type sugar transporter  34.39 
 
 
322 aa  171  2e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.151535  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0905  transmembrane permease MsmF  32.41 
 
 
289 aa  170  2e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0122469  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2484  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.25 
 
 
318 aa  171  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.575298  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3640  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.68 
 
 
298 aa  171  2e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29330  permease component of ABC-type sugar transporter  38.58 
 
 
321 aa  171  2e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2193  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.53 
 
 
306 aa  170  3e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.692762  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35 
 
 
318 aa  170  4e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal  0.0272583 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2863  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.07 
 
 
356 aa  169  4e-41  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.84 
 
 
295 aa  169  5e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000506379  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>