220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2188 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2188  transcriptional regulator Fur family  100 
 
 		 133 aa  276  5e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0800466  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2715  zinc uptake transcriptional regulator protein, Fur family  75.38 
 
 		 132 aa  213  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2381  putative ferric uptake regulator, Fur family  74.62 
 
 		 132 aa  209  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.972498  normal  0.534577 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1125  FUR family transcriptional regulator  68.8 
 
 		 145 aa  179  1e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.858412  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4003  ferric uptake regulator family protein  64.89 
 
 		 144 aa  179  1e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.162019  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1030  FUR family transcriptional regulator  68.8 
 
 		 145 aa  179  1e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.718199  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1694  ferric uptake regulator family protein  65.15 
 
 		 132 aa  178  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.924713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4179  ferric uptake regulator family protein  67.19 
 
 		 138 aa  176  5.999999999999999e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.458354  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1087  putative transcriptional regulator  49.22 
 
 		 128 aa  139  9.999999999999999e-33  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.751494  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3648  ferric uptake regulator family protein  52 
 
 		 133 aa  127  4.0000000000000003e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0129314  normal  0.497485 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0489  ferric uptake regulator family protein  45.83 
 
 		 167 aa  102  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.574052  normal  0.122535 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0319  zinc uptake regulator ZUR  43.31 
 
 		 162 aa  99  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1959  putative ferric uptake regulator, Fur family  44.27 
 
 		 161 aa  97.1  7e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0247  ferric uptake regulator family protein  42.52 
 
 		 143 aa  95.9  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.51  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0518  ferric uptake regulator, Fur family  41.73 
 
 		 165 aa  95.9  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0618  ferric uptake regulator family protein  41.73 
 
 		 163 aa  95.1  3e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1882  ferric uptake regulator family protein  43.7 
 
 		 149 aa  94  7e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.161499  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0493  ferric-uptake regulator  43.7 
 
 		 177 aa  93.6  8e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.592412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0524  ferric uptake regulator family protein  40.94 
 
 		 162 aa  92.8  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.912553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0313  ferric uptake regulator family protein  41.41 
 
 		 172 aa  92.8  1e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04819  transcriptional regulator, Fur family  38.81 
 
 		 168 aa  90.5  6e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7635  ferric uptake regulator family protein  42.62 
 
 		 163 aa  90.1  8e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.585134 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4496  ferric uptake regulator family protein  42.19 
 
 		 161 aa  88.2  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0134  ferric uptake regulator family protein  42.19 
 
 		 161 aa  87  7e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.74995  normal  0.745544 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3523  zinc uptake transcriptional repressor  38.28 
 
 		 169 aa  87  8e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1888  ferric uptake regulator family protein  37.8 
 
 		 175 aa  86.7  9e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0469325  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0119  FUR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 135 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.723813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0276  zinc uptake regulation protein, putative  42.97 
 
 		 160 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0734  zinc uptake transcriptional repressor  37.5 
 
 		 171 aa  85.9  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.660786  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3615  ferric uptake regulator family protein  37.8 
 
 		 156 aa  85.5  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0123339 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1210  ferric uptake regulator, Fur family  37.21 
 
 		 163 aa  85.5  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.427545  decreased coverage  0.00910774 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2029  FUR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 169 aa  85.5  2e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.653891  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3397  zinc uptake transcriptional repressor  38.28 
 
 		 169 aa  85.5  2e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1951  ferric uptake regulator family protein  34.88 
 
 		 169 aa  85.5  2e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0516  zinc uptake transcriptional repressor  38.28 
 
 		 171 aa  85.5  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5109  ferric uptake regulator family protein  42.19 
 
 		 161 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.143994 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3775  ferric uptake regulator family protein  37.8 
 
 		 163 aa  85.1  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0292  ferric uptake regulator family protein  39.37 
 
 		 174 aa  84.3  5e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0252498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3179  ferric uptake regulator, Fur family protein  37.82 
 
 		 149 aa  84  6e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0136  ferric uptake regulator family protein  40.62 
 
 		 161 aa  83.6  7e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4457  zinc uptake transcriptional repressor  37.5 
 
 		 170 aa  84  7e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5267  zinc uptake regulation protein, putative  42.19 
 
 		 160 aa  83.6  8e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1911  ferric uptake regulator family protein  39.55 
 
 		 177 aa  83.6  9e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2360  ferric uptake regulator family protein  41.41 
 
 		 156 aa  82.8  0.000000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.930624  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0593  ferric uptake regulator family protein  39.37 
 
 		 145 aa  82.4  0.000000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.687838  hitchhiker  0.00515693 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0488  zinc uptake regulation protein  36.72 
 
 		 147 aa  80.9  0.000000000000005  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.695603  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0184  ferric uptake regulator family protein  35.16 
 
 		 192 aa  81.3  0.000000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0654518  hitchhiker  0.00635481 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1301  zinc uptake transcriptional repressor  37.01 
 
 		 172 aa  80.9  0.000000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3769  zinc uptake transcriptional repressor  37.21 
 
 		 170 aa  80.5  0.000000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.352583  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0059  zinc uptake regulation protein, putative  35.38 
 
 		 162 aa  80.9  0.000000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3859  zinc uptake transcriptional repressor  37.21 
 
 		 170 aa  80.5  0.000000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2432  ferric uptake regulator, Fur family  36.72 
 
 		 156 aa  80.5  0.000000000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00932127  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5738  ferric uptake regulator, Fur family  35.16 
 
 		 161 aa  80.1  0.000000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03918  DNA-binding transcriptional repressor, Zn(II)-binding  39.06 
 
 		 171 aa  78.6  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3947  ferric uptake regulator, Fur family  39.06 
 
 		 171 aa  78.6  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0975  putative ferric uptake regulator, Fur family  37.69 
 
 		 184 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2424  ferric-uptake regulator  37.01 
 
 		 163 aa  79.3  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.688654  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0060  zinc uptake regulation protein, putative  39.84 
 
 		 160 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0766  ferric uptake regulator family protein  38.28 
 
 		 160 aa  79.3  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.885762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3982  zinc uptake transcriptional repressor  39.06 
 
 		 171 aa  78.6  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.224982 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4599  zinc uptake transcriptional repressor  39.06 
 
 		 171 aa  78.6  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4551  zinc uptake transcriptional repressor  39.06 
 
 		 171 aa  79.3  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00840  zinc uptake transcriptional regulator, Fur family  39.84 
 
 		 161 aa  79  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4286  zinc uptake transcriptional repressor  39.06 
 
 		 171 aa  78.6  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4508  zinc uptake transcriptional repressor  39.06 
 
 		 171 aa  78.6  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03878  hypothetical protein  39.06 
 
 		 171 aa  78.6  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5385  ferric uptake regulator family protein  43.12 
 
 		 173 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.059102 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4894  ferric uptake regulator, Fur family  37.1 
 
 		 190 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.164543 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3503  ferric uptake regulator family protein  40.37 
 
 		 166 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.248398 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1776  ferric uptake regulator family protein  36.8 
 
 		 188 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000166629 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1195  ferric uptake regulator family protein  37.31 
 
 		 162 aa  78.6  0.00000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.534314  normal  0.113542 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5527  zinc uptake transcriptional repressor  39.06 
 
 		 171 aa  78.6  0.00000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.508187  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1172  Fe2+/Zn2+ uptake regulation protein-like protein  36.15 
 
 		 197 aa  77.8  0.00000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.842565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1045  Fe2+/Zn2+ uptake regulation protein-like protein  36.15 
 
 		 197 aa  77.8  0.00000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.806261  normal  0.0331742 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3054  ferric uptake regulator, Fur family  37.8 
 
 		 157 aa  77.8  0.00000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1729  ferric uptake regulator family protein  34.65 
 
 		 164 aa  77.8  0.00000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5586  ferric uptake regulator, Fur family  38.58 
 
 		 176 aa  77.8  0.00000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0827067  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0718  ferric uptake regulator  34.88 
 
 		 159 aa  77.4  0.00000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00407056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3010  ferric uptake regulator family protein  35.43 
 
 		 159 aa  77.4  0.00000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.184065 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0812  Fe2+/Zn2+ uptake regulation protein-like protein  33.86 
 
 		 167 aa  77.4  0.00000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.139641 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3128  ferric uptake regulator family protein  37.01 
 
 		 161 aa  77  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.289928  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0412  zinc uptake regulation protein  34.38 
 
 		 146 aa  77  0.00000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.338359  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06414  hypothetical protein  38.64 
 
 		 152 aa  76.3  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3248  transcriptional regulator, TrmB  35.66 
 
 		 164 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0836778  normal  0.597442 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002343  zinc uptake regulation protein ZUR  36.84 
 
 		 154 aa  75.9  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4584  zinc uptake transcriptional repressor  37.5 
 
 		 171 aa  75.5  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.735671  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4583  zinc uptake transcriptional repressor  37.5 
 
 		 171 aa  75.5  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4635  zinc uptake transcriptional repressor  37.5 
 
 		 171 aa  75.5  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.292781 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4433  zinc uptake transcriptional repressor  37.5 
 
 		 171 aa  75.5  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000291933 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4139  ferric uptake regulator family protein  33.86 
 
 		 164 aa  75.9  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0983423 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4498  zinc uptake transcriptional repressor  37.5 
 
 		 171 aa  75.5  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1703  putative zinc uptake regulation protein  39.84 
 
 		 165 aa  75.9  0.0000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0261954  normal  0.0208783 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6300  transcriptional regulator np20  37.5 
 
 		 167 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72560  transcriptional regulator np20  37.5 
 
 		 167 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.640017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3152  ABC-type uncharacterized transport systems ATPase components-like protein  42.2 
 
 		 163 aa  75.5  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.459101 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2788  putative zinc uptake regulation protein  37.21 
 
 		 155 aa  74.3  0.0000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00010  zinc uptake regulation protein  36.84 
 
 		 161 aa  74.3  0.0000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0376  ferric uptake regulator family protein  38.28 
 
 		 154 aa  74.3  0.0000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.872531 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0159  transcriptional regulator  36.92 
 
 		 156 aa  73.6  0.0000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0867  FUR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 154 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>