More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0867 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0867  methionyl-tRNA formyltransferase  100 
 
 
306 aa  620  1e-177  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.049042  normal  0.204791 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1712  methionyl-tRNA formyltransferase  48.74 
 
 
318 aa  277  2e-73  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09900  methionyl-tRNA formyltransferase  46.91 
 
 
307 aa  270  2e-71  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00154618 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07970  methionyl-tRNA formyltransferase  44.76 
 
 
317 aa  262  6e-69  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.844993  normal  0.152933 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2844  methionyl-tRNA formyltransferase  43.73 
 
 
308 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0192  methionyl-tRNA formyltransferase  40.97 
 
 
312 aa  206  4e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0186  methionyl-tRNA formyltransferase  39.8 
 
 
308 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000823971 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2549  methionyl-tRNA formyltransferase  39.13 
 
 
320 aa  194  1e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.31631  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0196  methionyl-tRNA formyltransferase  40.47 
 
 
318 aa  192  6e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00869838  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3065  methionyl-tRNA formyltransferase  40.33 
 
 
314 aa  191  1e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.38579  normal  0.372111 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3852  methionyl-tRNA formyltransferase  39.94 
 
 
320 aa  191  1e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0858  methionyl-tRNA formyltransferase  38.46 
 
 
311 aa  190  2e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1321  methionyl-tRNA formyltransferase  39.13 
 
 
314 aa  182  4.0000000000000006e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.160366  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0898  methionyl-tRNA formyltransferase  40.13 
 
 
311 aa  182  4.0000000000000006e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.212157  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0642  methionyl-tRNA formyltransferase  39.93 
 
 
297 aa  182  7e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.183207  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3147  methionyl-tRNA formyltransferase  40.21 
 
 
313 aa  182  8.000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.222101  normal  0.377579 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03138  methionyl-tRNA formyltransferase  37.5 
 
 
315 aa  182  9.000000000000001e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.511897  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  37.5 
 
 
315 aa  182  9.000000000000001e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03089  hypothetical protein  37.5 
 
 
315 aa  182  9.000000000000001e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4610  methionyl-tRNA formyltransferase  37.5 
 
 
315 aa  181  9.000000000000001e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0267184  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3481  methionyl-tRNA formyltransferase  37.5 
 
 
315 aa  182  9.000000000000001e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000745387  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  37.5 
 
 
315 aa  182  9.000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00147266 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0568  methionyl-tRNA formyltransferase  36 
 
 
311 aa  181  1e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000116959  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3339  methionyl-tRNA formyltransferase  33.99 
 
 
311 aa  181  1e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.376602  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0090  methionyl-tRNA formyltransferase  37.46 
 
 
314 aa  180  2e-44  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0186427  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2096  methionyl-tRNA formyltransferase  37.46 
 
 
314 aa  180  2e-44  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.156857  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09900  methionyl-tRNA formyltransferase  34.09 
 
 
316 aa  181  2e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3770  methionyl-tRNA formyltransferase  36.82 
 
 
315 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0147386  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0674  methionyl-tRNA formyltransferase  38.33 
 
 
312 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0469  methionyl-tRNA formyltransferase  39.33 
 
 
301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.516302  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4228  methionyl-tRNA formyltransferase  37.5 
 
 
312 aa  179  4e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.47776 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1755  methionyl-tRNA formyltransferase  33.44 
 
 
310 aa  179  4.999999999999999e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2084  methionyl-tRNA formyltransferase  38.93 
 
 
311 aa  179  5.999999999999999e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.198796  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7336  methionyl-tRNA formyltransferase  38.21 
 
 
311 aa  179  7e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.685492  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1231  methionyl-tRNA formyltransferase  34.88 
 
 
314 aa  178  8e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000178496  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0864  methionyl-tRNA formyltransferase  38.06 
 
 
311 aa  178  9e-44  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000069502  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1368  methionyl-tRNA formyltransferase  36.72 
 
 
309 aa  177  1e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0580352 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0080  methionyl-tRNA formyltransferase  38 
 
 
310 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.450016  normal  0.0632026 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2322  methionyl-tRNA formyltransferase  38.93 
 
 
310 aa  177  2e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.103056  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2078  methionyl-tRNA formyltransferase  37.26 
 
 
332 aa  177  2e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1864  methionyl-tRNA formyltransferase  39.86 
 
 
307 aa  177  2e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1439  methionyl-tRNA formyltransferase  33.88 
 
 
314 aa  176  3e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1928  methionyl-tRNA formyltransferase  39.86 
 
 
307 aa  176  4e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0143  methionyl-tRNA formyltransferase  37.09 
 
 
312 aa  176  6e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0856282  normal  0.608581 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3694  methionyl-tRNA formyltransferase  39.07 
 
 
310 aa  175  7e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4239  methionyl-tRNA formyltransferase  39.1 
 
 
310 aa  175  8e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.856785  decreased coverage  0.00163892 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3672  methionyl-tRNA formyltransferase  36.49 
 
 
315 aa  175  8e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1635  methionyl-tRNA formyltransferase  39.33 
 
 
309 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.138536  normal  0.117912 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4748  methionyl-tRNA formyltransferase  38.44 
 
 
310 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.130868  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0626  methionyl-tRNA formyltransferase  38 
 
 
310 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.274146  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3607  methionyl-tRNA formyltransferase  34.44 
 
 
314 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3583  methionyl-tRNA formyltransferase  36.82 
 
 
315 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.291651  normal  0.0987748 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2150  methionyl-tRNA formyltransferase  34.59 
 
 
323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3584  methionyl-tRNA formyltransferase  38.85 
 
 
307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1592  methionyl-tRNA formyltransferase  37.67 
 
 
359 aa  173  3.9999999999999995e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1917  methionyl-tRNA formyltransferase  39.33 
 
 
309 aa  172  5e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.741308  normal  0.233989 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4512  methionyl-tRNA formyltransferase  36.03 
 
 
314 aa  172  5e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.017466  hitchhiker  0.000185831 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3719  methionyl-tRNA formyltransferase  36.36 
 
 
315 aa  172  5e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.236435  hitchhiker  0.00730816 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0244  methionyl-tRNA formyltransferase  36.45 
 
 
315 aa  172  5.999999999999999e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1334  methionyl-tRNA formyltransferase  32.24 
 
 
313 aa  172  5.999999999999999e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0783821  normal  0.599523 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3717  methionyl-tRNA formyltransferase  34.11 
 
 
314 aa  172  6.999999999999999e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00223065  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3625  methionyl-tRNA formyltransferase  34.11 
 
 
314 aa  172  6.999999999999999e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000492096  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4004  methionyl-tRNA formyltransferase  34.11 
 
 
314 aa  172  6.999999999999999e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1678  methionyl-tRNA formyltransferase  36.45 
 
 
318 aa  172  6.999999999999999e-42  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3880  methionyl-tRNA formyltransferase  34.11 
 
 
314 aa  172  6.999999999999999e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.43125e-17 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0192  methionyl-tRNA formyltransferase  35 
 
 
309 aa  172  7.999999999999999e-42  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0547193  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3914  methionyl-tRNA formyltransferase  34.11 
 
 
314 aa  172  9e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00718662  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0819  methionyl-tRNA formyltransferase  36.63 
 
 
313 aa  172  9e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0130  methionyl-tRNA formyltransferase  33.77 
 
 
317 aa  171  1e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3217  methionyl-tRNA formyltransferase  34.65 
 
 
316 aa  171  1e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163749  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16130  methionyl-tRNA formyltransferase  36.54 
 
 
317 aa  171  1e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.452628  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0806  methionyl-tRNA formyltransferase  38.74 
 
 
310 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.283838 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0148  methionyl-tRNA formyltransferase  42.62 
 
 
305 aa  171  1e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.576123 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0513  methionyl-tRNA formyltransferase  36.36 
 
 
319 aa  171  1e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.690355  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1599  methionyl-tRNA formyltransferase  38.67 
 
 
309 aa  171  2e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0493449 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1505  methionyl-tRNA formyltransferase  33.22 
 
 
302 aa  170  2e-41  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.337969  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1278  methionyl-tRNA formyltransferase  33.44 
 
 
314 aa  170  2e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.289128 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0497  methionyl-tRNA formyltransferase  39.07 
 
 
317 aa  170  3e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.12463  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1472  methionyl-tRNA formyltransferase  36.81 
 
 
314 aa  170  3e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2518  methionyl-tRNA formyltransferase  33.33 
 
 
314 aa  170  3e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000107655  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3965  methionyl-tRNA formyltransferase  33.44 
 
 
314 aa  170  3e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12770  methionyl-tRNA formyltransferase  35.71 
 
 
336 aa  170  3e-41  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.348945  normal  0.0208178 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3015  methionyl-tRNA formyltransferase  37.84 
 
 
323 aa  169  4e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0151  methionyl-tRNA formyltransferase  38.26 
 
 
302 aa  169  5e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.338305  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0943  methionyl-tRNA formyltransferase  33.99 
 
 
326 aa  169  6e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1966  methionyl-tRNA formyltransferase  34.67 
 
 
328 aa  169  7e-41  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.417449  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3603  methionyl-tRNA formyltransferase  35.81 
 
 
315 aa  169  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.109792  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3604  methionyl-tRNA formyltransferase  35.81 
 
 
315 aa  169  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3774  methionyl-tRNA formyltransferase  35.81 
 
 
315 aa  169  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2577  methionyl-tRNA formyltransferase  37.38 
 
 
308 aa  169  7e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.4212  hitchhiker  0.000000800769 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3711  methionyl-tRNA formyltransferase  35.81 
 
 
315 aa  169  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.734888  normal  0.143925 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3676  methionyl-tRNA formyltransferase  35.81 
 
 
315 aa  169  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0649  methionyl-tRNA formyltransferase  34.88 
 
 
318 aa  169  8e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.95229e-24 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1467  methionyl-tRNA formyltransferase  37.54 
 
 
306 aa  168  9e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0397972  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04056  methionyl-tRNA formyltransferase  36.75 
 
 
307 aa  168  9e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1063  methionyl-tRNA formyltransferase  34.33 
 
 
318 aa  168  1e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0014  methionyl-tRNA formyltransferase  38.56 
 
 
329 aa  168  1e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3790  methionyl-tRNA formyltransferase  36.15 
 
 
315 aa  168  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.243321  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2825  methionyl-tRNA formyltransferase  35.53 
 
 
309 aa  168  1e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.612911  normal  0.129861 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1300  methionyl-tRNA formyltransferase  30.79 
 
 
311 aa  167  2e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.247026  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>