92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_2788 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_2788  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 		 169 aa  328  2e-89  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0561786  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6538  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  57.99 
 
 		 190 aa  167  8e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04710  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  57.4 
 
 		 190 aa  164  6.9999999999999995e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.76285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5787  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  56.86 
 
 		 197 aa  152  2e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5183  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  52.44 
 
 		 216 aa  143  1e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.866037  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4912  RNA polymerase sigma factor SigD  50.3 
 
 		 194 aa  141  5e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.231025  normal  0.668001 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1508  RNA polymerase sigma factor SigD  50 
 
 		 192 aa  141  5e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.642503 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13448  RNA polymerase sigma factor SigD  48.82 
 
 		 212 aa  137  7.999999999999999e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000273686  normal  0.0377693 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1164  RNA polymerase sigma factor SigD  49.69 
 
 		 192 aa  136  2e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1191  RNA polymerase sigma factor SigD  49.69 
 
 		 192 aa  136  2e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0709901 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1181  RNA polymerase sigma factor SigD  49.69 
 
 		 192 aa  136  2e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.741685 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0903  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.71 
 
 		 190 aa  133  1.9999999999999998e-30  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1723  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  44.1 
 
 		 195 aa  125  2.0000000000000002e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.83711  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4256  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.95 
 
 		 200 aa  124  5e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5123  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.09 
 
 		 243 aa  124  7e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1156  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.17 
 
 		 212 aa  119  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493631  normal  0.957952 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1211  transcriptional regulator, LuxR family  44.44 
 
 		 202 aa  110  1.0000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.308293  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0621  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  41.82 
 
 		 208 aa  107  8.000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.939664  normal  0.179191 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4024  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.63 
 
 		 198 aa  106  1e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0740  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.07 
 
 		 227 aa  99.4  2e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00362489  normal  0.246435 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2597  RNA polymerase sigma factor SigD  40.91 
 
 		 212 aa  99  3e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0669  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.44 
 
 		 183 aa  53.9  0.0000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.91 
 
 		 179 aa  51.2  0.000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000633899  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1601  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44 
 
 		 176 aa  51.2  0.000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8734  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.89 
 
 		 177 aa  50.8  0.000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.417481  normal  0.226807 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0309  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.59 
 
 		 197 aa  50.4  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0745731 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0238  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.4 
 
 		 197 aa  49.7  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6736  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.85 
 
 		 217 aa  48.9  0.00004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3810  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.12 
 
 		 188 aa  48.5  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.790094 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5692  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  30 
 
 		 266 aa  48.9  0.00004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.47008  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5519  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.74 
 
 		 241 aa  48.5  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.241519 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4437  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.45 
 
 		 170 aa  48.1  0.00005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.302453 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1591  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.44 
 
 		 203 aa  48.1  0.00006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0346  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.86 
 
 		 181 aa  47.8  0.00007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0528  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46 
 
 		 184 aa  46.6  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3046  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.18 
 
 		 166 aa  46.6  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.128399  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0994  RNA polymerase sigma factor  29.93 
 
 		 194 aa  45.8  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8764  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  52.08 
 
 		 179 aa  45.8  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.235133 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2062  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.35 
 
 		 176 aa  45.4  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000288363  hitchhiker  0.0000991557 
 
 
-
 
NC_002936  DET1348  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  23.38 
 
 		 179 aa  45.4  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0115454  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1159  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  22.84 
 
 		 179 aa  45.8  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.260495  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0379  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.08 
 
 		 215 aa  45.4  0.0003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2124  RNA polymerase sigma factor  39.29 
 
 		 226 aa  45.8  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3845  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.09 
 
 		 185 aa  45.4  0.0004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00095099  decreased coverage  0.00000359528 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0706  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.8 
 
 		 189 aa  45.1  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.727205  normal  0.0985674 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1130  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  23.87 
 
 		 179 aa  45.1  0.0005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.938596  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1576  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.65 
 
 		 220 aa  45.1  0.0005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000134885  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2867  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.41 
 
 		 167 aa  45.1  0.0005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.208215 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1031  RNA polymerase sigma factor  29.93 
 
 		 194 aa  45.1  0.0005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.92184 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4104  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.24 
 
 		 171 aa  45.1  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.495485  normal  0.0202864 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2149  RNA polymerase factor sigma-70  34.41 
 
 		 188 aa  44.7  0.0006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2776  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.33 
 
 		 182 aa  44.7  0.0006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.835774  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2069  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  48.08 
 
 		 166 aa  44.3  0.0007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.557214  normal  0.6921 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3555  RNA polymerase sigma factor  27.67 
 
 		 181 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0937754  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0935  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.46 
 
 		 180 aa  43.9  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000150168  normal  0.204616 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8788  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  49.06 
 
 		 183 aa  43.9  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.808008 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8330  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.67 
 
 		 282 aa  43.9  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00407021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2213  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.21 
 
 		 158 aa  43.9  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.191743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1025  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.99 
 
 		 168 aa  43.9  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000320969  normal  0.488495 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1623  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.97 
 
 		 327 aa  44.3  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7979  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 		 173 aa  43.1  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.262256  normal  0.180906 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2526  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.29 
 
 		 198 aa  43.1  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.195305  normal  0.396303 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0419  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.88 
 
 		 191 aa  43.1  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.829788 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2666  RNA polymerase sigma factor  29.7 
 
 		 188 aa  43.1  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.782226  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0147  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.59 
 
 		 170 aa  42.7  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2270  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.21 
 
 		 158 aa  42.7  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9032  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.33 
 
 		 173 aa  43.5  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.562592  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2224  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.21 
 
 		 158 aa  42.7  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.181299  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4938  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.4 
 
 		 191 aa  43.5  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0281  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.47 
 
 		 203 aa  42.4  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0787  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.46 
 
 		 179 aa  42  0.004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.678164  normal  0.0288483 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3513  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.38 
 
 		 187 aa  42  0.004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0116912 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1740  RNA polymerase sigma factor  35.06 
 
 		 181 aa  42  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0463014 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0420  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.11 
 
 		 310 aa  42  0.004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.512317  hitchhiker  0.00742101 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1095  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.43 
 
 		 202 aa  42  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0980  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.94 
 
 		 167 aa  42  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.142363  normal  0.0113176 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3007  RNA polymerase sigma factor  28 
 
 		 170 aa  41.6  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2179  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.19 
 
 		 190 aa  41.6  0.005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.127268 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5776  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.83 
 
 		 188 aa  41.6  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0350  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.29 
 
 		 311 aa  41.6  0.005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1762  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.84 
 
 		 181 aa  41.6  0.005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.263056  normal  0.143334 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3792  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  47.06 
 
 		 185 aa  41.2  0.006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2970  RNA polymerase sigma factor  20.42 
 
 		 192 aa  41.6  0.006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000801574  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2758  RNA polymerase sigma factor  20.42 
 
 		 192 aa  41.6  0.006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000734686  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2250  sigma-24 (FecI-like)  31.97 
 
 		 327 aa  41.6  0.006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.840992  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2966  RNA polymerase sigma factor  20.42 
 
 		 192 aa  41.2  0.006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000101714 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2200  RNA polymerase sigma factor SigX  36.23 
 
 		 182 aa  41.6  0.006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.262386  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2327  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.09 
 
 		 177 aa  41.2  0.007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0036405  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0765  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45 
 
 		 167 aa  40.8  0.008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.288723 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1092  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.5 
 
 		 187 aa  40.8  0.009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1062  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  45.76 
 
 		 194 aa  40.8  0.01  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.602875  normal  0.18502 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00950  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family/RNA polymerase sigma-70 factor, sigma-E family  43.14 
 
 		 197 aa  40.8  0.01  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>