More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_0603 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013124  Afer_0603  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
373 aa  717    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11166  alpha-methylacyl-CoA racemase mcr  52.31 
 
 
395 aa  348  9e-95  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.151416 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23620  predicted acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  56.38 
 
 
358 aa  346  3e-94  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.274717 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2089  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.09 
 
 
363 aa  340  2.9999999999999998e-92  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.339791  normal  0.326041 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2231  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.72 
 
 
384 aa  339  5e-92  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4578  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.14 
 
 
364 aa  328  1.0000000000000001e-88  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.176118 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4144  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.32 
 
 
363 aa  325  6e-88  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4069  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.32 
 
 
363 aa  325  6e-88  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4298  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.32 
 
 
363 aa  325  6e-88  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1859  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.93 
 
 
384 aa  325  7e-88  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000680398  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3898  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.68 
 
 
380 aa  323  3e-87  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.159455  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0993  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.93 
 
 
362 aa  323  4e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5437  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.68 
 
 
377 aa  322  6e-87  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2126  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.85 
 
 
364 aa  317  1e-85  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.181463 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10872  fatty-acid-CoA racemase far  52.24 
 
 
359 aa  315  7e-85  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0374561 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5435  Alpha-methylacyl-CoA racemase  51.47 
 
 
370 aa  315  8e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.512968  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2948  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.05 
 
 
387 aa  312  4.999999999999999e-84  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3255  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.06 
 
 
340 aa  312  4.999999999999999e-84  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.449136  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0969  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.11 
 
 
385 aa  312  6.999999999999999e-84  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3775  Alpha-methylacyl-CoA racemase  47.73 
 
 
370 aa  312  6.999999999999999e-84  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5665  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.47 
 
 
373 aa  310  2e-83  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5150  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.24 
 
 
371 aa  311  2e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5227  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.7 
 
 
364 aa  309  6.999999999999999e-83  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.012301 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7154  hypothetical protein  48.94 
 
 
377 aa  308  1.0000000000000001e-82  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.967227  decreased coverage  0.00611319 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2456  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51 
 
 
408 aa  306  5.0000000000000004e-82  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1959  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.56 
 
 
369 aa  305  7e-82  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.166829  normal  0.79155 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0891  hypothetical protein  45.48 
 
 
388 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.566516  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7292  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.9 
 
 
388 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.581936 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1606  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.15 
 
 
372 aa  304  2.0000000000000002e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.99 
 
 
360 aa  303  3.0000000000000004e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.200809  normal  0.754262 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3918  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.28 
 
 
393 aa  302  6.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.89 
 
 
376 aa  302  7.000000000000001e-81  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.472994  normal  0.691516 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3181  fatty-acyl-CoA racemase  50.58 
 
 
393 aa  302  8.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5535  Alpha-methylacyl-CoA racemase  47.9 
 
 
373 aa  301  1e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3441  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.31 
 
 
364 aa  299  5e-80  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7892  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.63 
 
 
389 aa  298  1e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1550  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.31 
 
 
383 aa  296  5e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1734  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.18 
 
 
368 aa  295  7e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5525  Alpha-methylacyl-CoA racemase  44.66 
 
 
378 aa  295  9e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.67 
 
 
388 aa  293  2e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7493  Alpha-methylacyl-CoA racemase  44.44 
 
 
384 aa  293  2e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.346602 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1242  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.01 
 
 
376 aa  294  2e-78  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.508284  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0910  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.99 
 
 
371 aa  293  3e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2045  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.51 
 
 
355 aa  293  3e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2707  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.43 
 
 
375 aa  293  3e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.497661  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7120  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.86 
 
 
369 aa  292  7e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2731  Alpha-methylacyl-CoA racemase  47.46 
 
 
389 aa  292  8e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3088  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.01 
 
 
376 aa  291  9e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.135357 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7158  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.89 
 
 
386 aa  291  1e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0399  putative fatty acid-CoA racemase  47.14 
 
 
372 aa  291  2e-77  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4104  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.25 
 
 
353 aa  290  2e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.516786 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1043  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.63 
 
 
386 aa  290  3e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.129255 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4571  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.61 
 
 
385 aa  290  3e-77  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.193846  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5556  Alpha-methylacyl-CoA racemase  45.78 
 
 
369 aa  290  3e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3636  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.55 
 
 
367 aa  290  4e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1483  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.08 
 
 
363 aa  289  7e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.166224  normal  0.574161 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0282  Alpha-methylacyl-CoA racemase  45.83 
 
 
384 aa  288  8e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1021  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.88 
 
 
371 aa  287  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.751913  normal  0.624995 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3400  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.85 
 
 
393 aa  286  2.9999999999999996e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0361519 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5019  Alpha-methylacyl-CoA racemase  45.85 
 
 
388 aa  286  4e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.116039  normal  0.184714 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1599  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.7 
 
 
423 aa  286  4e-76  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.618886  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2372  Alpha-methylacyl-CoA racemase  46.39 
 
 
364 aa  286  5e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.216792  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1974  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.15 
 
 
363 aa  286  5.999999999999999e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2645  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.72 
 
 
388 aa  285  8e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2266  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.47 
 
 
388 aa  285  9e-76  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.302931  normal  0.0363552 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4572  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.27 
 
 
379 aa  283  2.0000000000000002e-75  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.417277 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3876  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.01 
 
 
375 aa  283  4.0000000000000003e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2122  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.19 
 
 
388 aa  281  1e-74  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469817  normal  0.0155235 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6850  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.14 
 
 
380 aa  281  2e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.441483  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3539  Alpha-methylacyl-CoA racemase  45.35 
 
 
368 aa  280  3e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.634398  normal  0.106078 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3935  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.71 
 
 
366 aa  280  4e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.763325  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3283  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.99 
 
 
378 aa  279  4e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4521  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.07 
 
 
389 aa  278  1e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.461003  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3575  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.35 
 
 
389 aa  277  2e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0910  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.92 
 
 
372 aa  277  2e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0571  putative Alpha-methylacyl-CoA racemase (2-methylacyl-CoA racemase) (2-arylpropionyl-CoA epimerase)  46.61 
 
 
370 aa  274  2.0000000000000002e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.552249  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2536  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.64 
 
 
373 aa  273  3e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.12317 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0433  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.74 
 
 
384 aa  270  2.9999999999999997e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0112  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.78 
 
 
370 aa  266  4e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.924023 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0812  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.28 
 
 
379 aa  264  2e-69  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0064  alpha-methylacyl-CoA racemase  42.93 
 
 
377 aa  263  3e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.23 
 
 
370 aa  263  4.999999999999999e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.773202  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2731  alpha-methylacyl-CoA racemase  42.51 
 
 
377 aa  261  1e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0288  alpha-methylacyl-CoA racemase  42.51 
 
 
377 aa  261  1e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0076  alpha-methylacyl-CoA racemase  42.51 
 
 
377 aa  261  1e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3486  alpha-methylacyl-CoA racemase  42.51 
 
 
377 aa  261  1e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0075  CAIB/BAIF family protein  42.51 
 
 
377 aa  261  1e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1821  amacr protein  43.17 
 
 
431 aa  261  1e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.866292  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5109  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.58 
 
 
383 aa  258  1e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0257  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.57 
 
 
392 aa  257  3e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2527  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.9 
 
 
373 aa  252  6e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0692  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.61 
 
 
374 aa  248  1e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_09522  isopenicillin N-CoA epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G03740)  43.94 
 
 
380 aa  247  2e-64  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.00143546  normal  0.0131697 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4126  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.28 
 
 
381 aa  236  4e-61  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2692  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.83 
 
 
344 aa  235  1.0000000000000001e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2631  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.65 
 
 
349 aa  230  4e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0153  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.36 
 
 
350 aa  228  9e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.238129 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3346  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.88 
 
 
352 aa  227  3e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.491307  normal  0.979605 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4838  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.94 
 
 
350 aa  225  8e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.270191  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2037  Alpha-methylacyl-CoA racemase  39.17 
 
 
350 aa  222  8e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.180097  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>