More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_2483 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009484  Acry_2483  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  100 
 
 
450 aa  828    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.318929  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3324  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  47.59 
 
 
402 aa  268  1e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0645  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  49.15 
 
 
459 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0741414 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2125  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.66 
 
 
453 aa  259  6e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.398562 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2341  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.67 
 
 
453 aa  259  9e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3127  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  48.86 
 
 
457 aa  258  1e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5019  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  49.15 
 
 
460 aa  258  1e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.646656  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1657  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.83 
 
 
404 aa  256  8e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.919998 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4015  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  47.62 
 
 
490 aa  255  1.0000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0773124  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7931  3-carboxy-cis,cis-muconate cyclo-isomerase  53.13 
 
 
452 aa  254  2.0000000000000002e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.46399  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5023  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  48.18 
 
 
462 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.261629  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3160  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  48.86 
 
 
457 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5286  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  50.14 
 
 
451 aa  253  6e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.335784  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5748  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  48.86 
 
 
452 aa  250  3e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.955684  normal  0.122503 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4314  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  49.29 
 
 
459 aa  250  4e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.417348  normal  0.728676 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4344  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  46.38 
 
 
450 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.339693  normal  0.0393048 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1379  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  46.38 
 
 
450 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.449914  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1555  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  49.15 
 
 
452 aa  248  1e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1273  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  47.11 
 
 
454 aa  248  2e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.281218  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1855  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.27 
 
 
419 aa  248  2e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.354329  normal  0.137347 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1019  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  46.67 
 
 
450 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00531997 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0056  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  48.58 
 
 
452 aa  246  8e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0457569  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0048  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  48.58 
 
 
452 aa  245  9e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1485  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  48.58 
 
 
452 aa  245  9e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1202  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  48.58 
 
 
452 aa  245  9e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0058  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  48.58 
 
 
452 aa  245  9e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.593603  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4475  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  49.43 
 
 
452 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0069  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  48.3 
 
 
452 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.675451  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4459  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  48.01 
 
 
476 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.484308 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0048  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  47.18 
 
 
465 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2456  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  48.72 
 
 
453 aa  238  2e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.786558  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4435  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  46.09 
 
 
450 aa  237  4e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.115184  normal  0.0129696 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5111  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  49.05 
 
 
406 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3852  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  50.73 
 
 
384 aa  230  3e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0767232  normal  0.573525 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4557  fumarate lyase  39.17 
 
 
449 aa  226  8e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1536  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42.32 
 
 
438 aa  225  1e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0157227  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3811  fumarate lyase  39.44 
 
 
449 aa  223  4e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.647921  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0316  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  49.57 
 
 
459 aa  223  7e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02908  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  47.95 
 
 
450 aa  221  9.999999999999999e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02830  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  48.41 
 
 
459 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00289129 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2251  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  51.41 
 
 
453 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.001838  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2063  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  48.43 
 
 
453 aa  220  5e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.146832  normal  0.884924 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2505  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.16 
 
 
452 aa  218  1e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2457  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  51.09 
 
 
383 aa  217  2.9999999999999998e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00336692  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38190  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  47.7 
 
 
450 aa  215  1.9999999999999998e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.569484  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2084  fumarate lyase  46.65 
 
 
451 aa  212  1e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.252524  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1483  fumarate lyase  40.29 
 
 
450 aa  209  7e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.151746  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1579  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  49.56 
 
 
448 aa  206  6e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.13236  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3622  fumarate lyase  39.66 
 
 
456 aa  203  4e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0741551  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0757  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  41.86 
 
 
457 aa  203  5e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3487  fumarate lyase  36.67 
 
 
450 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4654  fumarate lyase  45.11 
 
 
451 aa  199  6e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.179746  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2745  fumarate lyase  38.44 
 
 
473 aa  197  3e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.632463  normal  0.0578708 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2418  fumarate lyase  36.67 
 
 
448 aa  196  5.000000000000001e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.259458 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1439  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.53 
 
 
460 aa  196  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0014  fumarate lyase  38.66 
 
 
450 aa  192  1e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000353189  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4654  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.79 
 
 
464 aa  190  5e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0817649  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4598  fumarate lyase  39.24 
 
 
458 aa  189  1e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.604906  normal  0.691601 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1071  fumarate lyase  48.24 
 
 
381 aa  188  1e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.137268 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04011  conserved hypothetical protein  35.71 
 
 
476 aa  187  3e-46  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.981247  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4409  fumarate lyase  37.25 
 
 
446 aa  186  6e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.816365 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1072  adenylosuccinate lyase  40.52 
 
 
455 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1055  fumarate lyase  40.11 
 
 
488 aa  184  3e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2695  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.41 
 
 
453 aa  179  5.999999999999999e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0450627  normal  0.5058 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21250  adenylosuccinate lyase  35.07 
 
 
452 aa  178  2e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0991556  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0298  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.84 
 
 
444 aa  175  9.999999999999999e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2324  fumarate lyase  42.47 
 
 
500 aa  174  3.9999999999999995e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.387168  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4374  adenylosuccinate lyase  34.76 
 
 
451 aa  172  1e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  6.25048e-22 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2833  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  48.93 
 
 
464 aa  168  2e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.23357  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0005  adenylosuccinate lyase  34.1 
 
 
454 aa  167  4e-40  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0910  fumarate lyase  41.27 
 
 
458 aa  167  4e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13030  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.28 
 
 
462 aa  165  1.0000000000000001e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0280  adenylosuccinate lyase  33.81 
 
 
454 aa  162  1e-38  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1630  adenylosuccinate lyase  36.47 
 
 
477 aa  160  3e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4837  fumarate lyase  34.41 
 
 
450 aa  159  9e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.616525  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18830  adenylosuccinate lyase  34.41 
 
 
477 aa  159  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0801563 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0215  adenylosuccinate lyase  32.08 
 
 
454 aa  156  6e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.314002  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0170  adenylosuccinate lyase  32.08 
 
 
454 aa  155  2e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00265741  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2385  fumarate lyase  40.29 
 
 
463 aa  155  2e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.72571  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3997  adenylosuccinate lyase  32.08 
 
 
454 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00709346  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4188  adenylosuccinate lyase  32.08 
 
 
454 aa  154  4e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0617  fumarate lyase  43.36 
 
 
446 aa  153  5e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4076  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.72 
 
 
501 aa  152  1e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2188  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  47.6 
 
 
441 aa  151  2e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3729  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.49 
 
 
354 aa  150  5e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1906  putative lyase  32.19 
 
 
445 aa  150  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7081  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.83 
 
 
348 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1582  adenylosuccinate lyase  32.29 
 
 
455 aa  146  9e-34  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5943  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.16 
 
 
348 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0234266 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6130  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.48 
 
 
352 aa  144  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1393  adenylosuccinate lyase  32.29 
 
 
455 aa  144  5e-33  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00268576  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5054  fumarate lyase  35.08 
 
 
456 aa  143  6e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0605282  normal  0.269052 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1631  adenylosuccinate lyase  34.45 
 
 
483 aa  143  7e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18850  adenylosuccinate lyase  34.12 
 
 
483 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.110706 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2958  adenylosuccinate lyase  35.07 
 
 
471 aa  140  3.9999999999999997e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121926  hitchhiker  0.00625137 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3210  adenylosuccinate lyase  35.73 
 
 
452 aa  140  6e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.127423  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3852  fumarate lyase  42.58 
 
 
491 aa  139  7.999999999999999e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4818  fumarate lyase  33.62 
 
 
451 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.327057  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4210  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.98 
 
 
351 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2052  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.06 
 
 
354 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.493793  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>