122 genes were found for organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



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Plasmid unclonability p-value
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Fosmid unclonability p-value
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PanDaTox homologs
Experimental validation
SeD_B0001  CDS  NC_011204  115  240  +  126  hypothetical protein  YP_002213853  normal  0.0986208  normal  0.762941  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0002    NC_011204  243  1115  +  873      normal  0.130592  normal  0.607345  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0003    NC_011204  1147  1713  -  567      normal  0.058957  normal  0.689367  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0004  CDS  NC_011204  1770  2171  -  402  hypothetical protein  YP_002213854  normal  0.104268  normal  0.622068  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0005  CDS  NC_011204  2158  2277  -  120  hypothetical protein  YP_002213855  normal  0.240109  normal  0.635062  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0006    NC_011204  2289  2798  -  510      normal  0.147882  normal  0.747355  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0007  CDS  NC_011204  2791  3906  -  1116  TlpA  YP_002213856  normal  0.21191  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0008    NC_011204  4165  4653  +  489      normal  1  normal  0.938242  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0009  CDS  NC_011204  4763  4897  -  135  hypothetical protein  YP_002213857  normal  0.948574  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0010  CDS  NC_011204  5308  6048  +  741  Mig5  YP_002213858  normal  1  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0011  CDS  NC_011204  6255  6815  +  561  RlgA  YP_002213859  normal  0.928686  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0013  CDS  NC_011204  6799  8463  +  1665  integrase, catalytic region  YP_002213860  normal  0.581466  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0014  CDS  NC_011204  8453  9421  +  969  type II secretion system protein  YP_002213861  normal  0.368313  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0015  CDS  NC_011204  9610  10647  -  1038  ransposase of  YP_002213862  normal  0.961245  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0016  CDS  NC_011204  10855  10992  -  138  hypothetical protein  YP_002213863  normal  1  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0017  CDS  NC_011204  11173  12147  +  975  virulence genes transcriptional activator  YP_002213864  normal  1  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0018  CDS  NC_011204  12104  12250  -  147  hypothetical protein  YP_002213865  normal  1  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0019    NC_011204  12321  12485  +  165      normal  0.937808  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0020  CDS  NC_011204  12659  13426  +  768  28.1 kDa virulence protein  YP_002213866  normal  0.949427  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0021  CDS  NC_011204  13380  13556  +  177  hypothetical protein  YP_002213867  normal  0.7637  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0022    NC_011204  13608  15389  +  1782      normal  0.79304  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0023  CDS  NC_011204  15511  15657  -  147  hypothetical protein  YP_002213868  normal  0.806812  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0024  CDS  NC_011204  15808  16395  +  588  phosphothreonine lyase OspF  YP_002213869  normal  0.942338  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0025  CDS  NC_011204  16449  16568  +  120  hypothetical protein  YP_002213870  normal  1  normal  0.96212  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0026  CDS  NC_011204  16656  17306  +  651  virulence protein VsdE  YP_002213871  normal  1  normal  0.898227  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0027  CDS  NC_011204  17433  17858  -  426  transposase  YP_002213872  normal  1  normal  0.922302  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0028    NC_011204  17915  18283  +  369      normal  0.471686  normal  0.817324  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0029    NC_011204  18350  18766  -  417      normal  1  normal  0.941891  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0030    NC_011204  18790  19458  -  669      normal  1  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0031  CDS  NC_011204  19452  19940  -  489  hypothetical protein  YP_002213873  normal  1  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0032  CDS  NC_011204  19965  20678  -  714  putative cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  YP_002213874  normal  1  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0033  CDS  NC_011204  20687  21469  -  783  Rsd  YP_002213875  normal  1  normal  0.945608  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0034  CDS  NC_011204  21504  22025  -  522  hypothetical protein  YP_002213876  normal  1  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0035  CDS  NC_011204  22022  22312  -  291  hypothetical protein  YP_002213877  normal  1  normal  0.905205  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0036  CDS  NC_011204  22314  22619  -  306  plasmid maintenance protein CcdB  YP_002213878  normal  1  normal  0.78995  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0037  CDS  NC_011204  22621  22839  -  219  plasmid maintenance protein CcdA  YP_002213879  normal  1  normal  0.842292  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0038  CDS  NC_011204  22916  23056  +  141  hypothetical protein  YP_002213880  normal  1  normal  0.917394  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0039  CDS  NC_011204  23166  23294  +  129  hypothetical protein  YP_002213882  normal  1  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0040  CDS  NC_011204  23061  23177  -  117  hypothetical protein  YP_002213881  normal  1  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0041  CDS  NC_011204  23287  23400  +  114  hypothetical protein  YP_002213883  normal  1  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0042  CDS  NC_011204  23553  24374  -  822  VagD  YP_002213884  normal  1  normal  0.832573  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0043  CDS  NC_011204  24447  24734  +  288  hypothetical protein  YP_002213885  normal  1  normal  0.565771  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0044  CDS  NC_011204  24809  25657  -  849  SrgB  YP_002213886  normal  1  normal  0.880775  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0045  CDS  NC_011204  25683  25829  -  147  hypothetical protein  YP_002213887  normal  1  normal  0.854899  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0046  CDS  NC_011204  25819  25938  -  120  hypothetical protein  YP_002213888  normal  1  normal  0.836641  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0047  CDS  NC_011204  26105  26317  -  213  hypothetical protein  YP_002213889  normal  1  normal  0.963555  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0048  CDS  NC_011204  26390  26974  -  585  hypothetical protein  YP_002213890  normal  1  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0049  CDS  NC_011204  27099  27812  -  714  K88 minor fimbrial subunit FaeJ  YP_002213891  normal  1  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0050  CDS  NC_011204  27812  28087  -  276  hypothetical protein  YP_002213892  normal  1  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0051  CDS  NC_011204  28074  28838  -  765  minor fimbrial subunit  YP_002213893  normal  1  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0052  CDS  NC_011204  28866  29663  -  798  minor fimbrial subunit  YP_002213894  normal  1  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0053  CDS  NC_011204  29899  30222  -  324  hypothetical protein  YP_002213895  normal  1  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0054  CDS  NC_011204  30313  30471  +  159  hypothetical protein  YP_002213896  normal  0.795215  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0055  CDS  NC_011204  30515  30658  +  144  hypothetical protein  YP_002213897  normal  0.573869  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0056  CDS  NC_011204  30802  30939  +  138  hypothetical protein  YP_002213898  normal  0.296521  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0057  CDS  NC_011204  31630  32289  +  660  hypothetical protein  YP_002213899  normal  0.0267858  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0058  CDS  NC_011204  32325  33119  +  795  hypothetical protein  YP_002213900  decreased coverage  0.00740198  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0059    NC_011204  33405  33769  +  365      decreased coverage  0.00206792  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0061    NC_011204  33766  33939  +  174      normal  0.0137502  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0062    NC_011204  34017  34193  +  177      decreased coverage  0.00586485  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0063  CDS  NC_011204  34454  34576  -  123  hypothetical protein  YP_002213901  decreased coverage  0.00921812  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0064  CDS  NC_011204  34604  34771  +  168  hypothetical protein  YP_002213902  normal  0.0401733  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0065  CDS  NC_011204  34746  34865  +  120  hypothetical protein  YP_002213903  normal  0.0623467  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0066  CDS  NC_011204  34931  35146  -  216  hypothetical protein  YP_002213904  normal  0.118998  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0067  CDS  NC_011204  35158  36027  -  870  replication protein  YP_002213905  normal  0.434095  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0068  ncRNA  NC_011204  36115  36202  +  88  CopA-like RNA    normal  1  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0069    NC_011204  36154  36267  -  114      normal  1  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0070  CDS  NC_011204  36345  36590  -  246  replication protein  YP_002213906  normal  0.856785  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0071    NC_011204  36722  36970  -  249      normal  1  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0072    NC_011204  36987  37103  -  117      normal  1  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0073  CDS  NC_011204  37317  37436  -  120  hypothetical protein  YP_002213907  normal  1  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0074  CDS  NC_011204  37399  37851  -  453  dsba oxidoreductase  YP_002213908  normal  1  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0075  CDS  NC_011204  37968  38531  -  564  conjugal transfer fertility inhibition protein FinO  YP_002213909  normal  1  normal  0.913477  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
-
 
SeD_B0076  CDS  NC_011204  38586  39326  -  741  conjugal transfer pilus acetylation protein TraX  YP_002213910  normal  1  normal  0.941243  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
-
 
SeD_B0077  CDS  NC_011204  39346  43632  -  4287  conjugative transfer relaxase protein TraI  YP_002213911  normal  1  normal  0.850506  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0078  CDS  NC_011204  43658  44320  +  663  TnpR  YP_002213912  normal  1  normal  0.569126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0079  CDS  NC_011204  44971  45099  +  129  hypothetical protein  YP_002213913  normal  1  normal  0.618366  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0080  CDS  NC_011204  45176  45292  +  117  hypothetical protein  YP_002213914  normal  1  normal  0.61739  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0081  CDS  NC_011204  45398  46525  +  1128  hypothetical protein  YP_002213915  normal  0.367991  normal  0.652875  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0082  CDS  NC_011204  46541  46696  +  156  hypothetical protein  YP_002213916  normal  0.130218  normal  0.469075  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0083    NC_011204  46684  47169  -  486      normal  0.23205  normal  0.450447  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0084  CDS  NC_011204  47373  47489  -  117  hypothetical protein  YP_002213917  normal  0.176488  normal  0.461993  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0085    NC_011204  47832  48266  -  435      normal  0.175074  normal  0.326854  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0086  CDS  NC_011204  48282  48488  -  207  hypothetical protein  YP_002213918  normal  0.518666  normal  0.316924  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0087  CDS  NC_011204  48485  50638  -  2154  DNA topoisomerase III  YP_002213919  normal  1  normal  0.451504  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0088  CDS  NC_011204  50643  51218  -  576  hypothetical protein  YP_002213920  normal  0.948002  normal  0.424397  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0089  CDS  NC_011204  51222  51368  -  147  hypothetical protein  YP_002213921  normal  0.887235  normal  0.419518  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0090  CDS  NC_011204  51529  51831  -  303  killer protein  YP_002213922  normal  1  normal  0.276399  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0091  CDS  NC_011204  51828  52241  -  414  hypothetical protein  YP_002213923  normal  1  normal  0.299551  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0092  CDS  NC_011204  52238  54073  -  1836  TaxB  YP_002213924  normal  1  normal  0.393332  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0094    NC_011204  54076  55106  -  1031      normal  1  normal  0.479892  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0095  CDS  NC_011204  55108  56313  -  1206  pilx10 protein  YP_002213925  normal  0.264804  normal  0.564962  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0096  CDS  NC_011204  56310  57239  -  930  pilx9 protein  YP_002213926  normal  0.164234  normal  0.522922  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0097  CDS  NC_011204  57244  57957  -  714  pilx8 protein  YP_002213927  normal  0.0330769  normal  0.561395  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0098  CDS  NC_011204  58117  58233  -  117  hypothetical protein  YP_002213928  normal  0.0278427  normal  0.516194  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0099  CDS  NC_011204  58202  59335  -  1134  pilx6 protein  YP_002213929  normal  0.0519524  normal  0.478  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0100  CDS  NC_011204  59345  59572  -  228  Eex protein  YP_002213930  normal  0.213874  normal  0.739102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0101  CDS  NC_011204  59573  60331  -  759  pilx5 protein  YP_002213931  normal  0.265496  normal  1  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0102  CDS  NC_011204  60342  62972  -  2631  pilx4 protein  YP_002213932  normal  1  normal  0.894843  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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SeD_B0103  CDS  NC_011204  63114  63410  -  297  pilx2 protein  YP_002213933  normal  0.683328  normal  0.72145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria 
 
 
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