More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_B0010 on replicon NC_011204
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011204  SeD_B0010  Mig5  100 
 
 
246 aa  506  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1001  carbonic anhydrase  61.32 
 
 
251 aa  309  2.9999999999999997e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.936543  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0950  putative carbonic anhydrase  64.76 
 
 
225 aa  296  1e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.430149  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3272  putative carbonic anhydrase  64.76 
 
 
225 aa  296  1e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000205018  hitchhiker  0.000000000568785 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3786  carbonic anhydrase  62.44 
 
 
248 aa  275  4e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3958  carbonic anhydrase  59.8 
 
 
250 aa  262  4.999999999999999e-69  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.222966  normal  0.366344 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0526  carbonic anhydrase  51.47 
 
 
235 aa  228  8e-59  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00212922 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2143  hypothetical protein  44.39 
 
 
208 aa  192  4e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2118  hypothetical protein  43.41 
 
 
208 aa  191  1e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1011  carbonic anhydrase  42.44 
 
 
215 aa  181  1e-44  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.956066 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2423  hypothetical protein  41.46 
 
 
245 aa  177  1e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2569  hypothetical protein  41.46 
 
 
246 aa  176  2e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0752  hypothetical protein  41.55 
 
 
768 aa  170  2e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0734  hypothetical protein  41.55 
 
 
768 aa  170  2e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0779  carbonic anhydrase  39.02 
 
 
226 aa  166  4e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0361  carbonic anhydrase  38.73 
 
 
236 aa  160  2e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.738606  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0800  carbonic anhydrase  39.3 
 
 
221 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000181873  normal  0.299491 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10408  Carbonic anhydrase  38.78 
 
 
188 aa  141  9.999999999999999e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.477644  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2396  carbonic anhydrase  34.86 
 
 
243 aa  137  1e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7305  carbonic anhydrase  38.38 
 
 
234 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1242  carbonic anhydrase  40.1 
 
 
233 aa  135  6.0000000000000005e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.6887  normal  0.056664 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1994  carbonic anhydrase  36.25 
 
 
234 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00658745  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4248  carbonic anhydrase  39.2 
 
 
232 aa  133  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4310  carbonic anhydrase  39.2 
 
 
232 aa  133  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.000873696  normal  0.0127245 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2488  carbonic anhydrase  35.83 
 
 
235 aa  133  3e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000357075  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0991  twin-arginine translocation pathway signal  36.15 
 
 
244 aa  132  5e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0388173  normal  0.219389 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4079  carbonic anhydrase  38.86 
 
 
236 aa  132  6e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5352  carbonic anhydrase  34.3 
 
 
245 aa  131  7.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.541632  normal  0.601447 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2003  carbonic anhydrase  34.62 
 
 
256 aa  131  1.0000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.000744018  normal  0.230248 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3601  carbonic anhydrase  35.95 
 
 
238 aa  130  1.0000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0990  twin-arginine translocation pathway signal  34.33 
 
 
243 aa  126  2.0000000000000002e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0151815  normal  0.34063 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1442  carbonic anhydrase family protein  37.31 
 
 
233 aa  125  6e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0231091  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2668  carbonic anhydrase  33.49 
 
 
245 aa  125  9e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0217  carbonic anhydrase  34.36 
 
 
212 aa  123  2e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0194382 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0790  carbonic anhydrase  36.18 
 
 
234 aa  123  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.518522 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3684  carbonic anhydrase  33.99 
 
 
232 aa  123  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000316532  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2753  carbonic anhydrase  36.51 
 
 
236 aa  124  2e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1700  carbonic anhydrase  33.17 
 
 
237 aa  122  6e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2454  carbonic anhydrase  36.92 
 
 
225 aa  122  7e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.117337  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1737  carbonic anhydrase  34.95 
 
 
252 aa  121  9e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0240  carbonic anhydrase  34.34 
 
 
212 aa  121  9.999999999999999e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0948086  normal  0.991169 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4750  carbonic anhydrase  33.33 
 
 
239 aa  120  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3696  carbonic anhydrase  33.2 
 
 
251 aa  120  1.9999999999999998e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1098  carbonic anhydrase  35.71 
 
 
245 aa  120  3e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0867  carbonic anhydrase  34.17 
 
 
235 aa  119  6e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0728812  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1607  carbonic anhydrase  32.02 
 
 
244 aa  118  7.999999999999999e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0250211 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4620  carbonic anhydrase  34.63 
 
 
234 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0405  carbonic anhydrase  32.67 
 
 
215 aa  115  6e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.481966  normal  0.0139247 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1257  putative carbonic anhydrase precursor  30.86 
 
 
242 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4062  carbonic anhydrase  29.46 
 
 
233 aa  114  1.0000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.54316  normal  0.613582 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2939  carbonic anhydrase  31.56 
 
 
269 aa  112  5e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.10436e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0301  carbonic anhydrase  30.96 
 
 
325 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.00000000471687  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3323  carbonic anhydrase  31.97 
 
 
243 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2193  carbonic anhydrase  32.16 
 
 
239 aa  109  5e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0405981  normal  0.318261 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1340  carbonic anhydrase  31.56 
 
 
258 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0634  carbonic anhydrase  33.17 
 
 
238 aa  108  1e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1487  carbonic anhydrase  31.71 
 
 
247 aa  107  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6172  putative carbonic anhydrase  32.84 
 
 
246 aa  107  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.114722 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1171  carbonic anhydrase family protein  34.6 
 
 
240 aa  107  2e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.133462  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2696  carbonic anhydrase  31.5 
 
 
272 aa  106  3e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3139  carbonic anhydrase  31.75 
 
 
217 aa  105  7e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.213297  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2979  carbonic anhydrase-like  34.47 
 
 
399 aa  105  8e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.095103  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1408  carbonic anhydrase  31.19 
 
 
227 aa  105  9e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3600  carbonic anhydrase  33.33 
 
 
212 aa  104  1e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.672815  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5131  carbonic anhydrase  31.82 
 
 
206 aa  102  8e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20500  carbonic anhydrase  31.16 
 
 
204 aa  102  8e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.196424  normal  0.646859 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4831  carbonic anhydrase  31.82 
 
 
206 aa  102  8e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.7634 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31420  carbonic anhydrase  32.47 
 
 
220 aa  101  9e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3303  carbonic anhydrase  32.86 
 
 
243 aa  101  9e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.015811  normal  0.554874 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05180  carbonic anhydrase  31.25 
 
 
223 aa  101  1e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.110377  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1148  carbonic anhydrase  36.32 
 
 
230 aa  101  1e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0878  carbonic anhydrase  34.3 
 
 
257 aa  100  2e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4745  carbonic anhydrase  32.63 
 
 
200 aa  100  2e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4065  carbonic anhydrase  31.94 
 
 
232 aa  100  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13621  carbonic anhydrase  33.16 
 
 
207 aa  99.8  3e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  4.80194e-33  normal  0.0391144 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0066  carbonic anhydrase  34.67 
 
 
275 aa  99.8  4e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0530  carbonic anhydrase  31.63 
 
 
246 aa  99.4  5e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.153181  normal  0.0507934 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1253  carbonic anhydrase  28.64 
 
 
204 aa  99  6e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000175923 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4087  carbonic anhydrase  29.63 
 
 
216 aa  98.6  8e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00019736  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6116  carbonic anhydrase  34.21 
 
 
246 aa  98.2  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.445243  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0442  carbonic anhydrase  31.1 
 
 
236 aa  97.8  2e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5345  carbonic anhydrase  32.47 
 
 
206 aa  97.1  3e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1182  carbonic anhydrase  28.14 
 
 
204 aa  96.3  4e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0271788  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0596  carbonic anhydrase  29.8 
 
 
217 aa  95.9  5e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.179386  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1094  carbonic anhydrase  30.95 
 
 
236 aa  95.9  5e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0137152  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3139  carbonic anhydrase  35.82 
 
 
230 aa  95.9  6e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0936  carbonic anhydrase  28.95 
 
 
244 aa  94.4  1e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0743  carbonic anhydrase  29.21 
 
 
210 aa  94.4  1e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.576778  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1439  carbonic anhydrase  32.99 
 
 
206 aa  92.8  4e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.932931  normal  0.291569 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0964  carbonic anhydrase  27.36 
 
 
216 aa  89.7  3e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0890219  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1911  carbonic anhydrase  30.39 
 
 
203 aa  90.1  3e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0884493  normal  0.586468 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26460  carbonic anhydrase  29.21 
 
 
216 aa  88.6  9e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.111686  normal  0.310613 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0017  carbonate dehydratase  28.5 
 
 
219 aa  87.8  1e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00361281 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2007  carbonic anhydrase-like  30.48 
 
 
215 aa  86.7  4e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.224132  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4468  carbonic anhydrase  33.33 
 
 
246 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.873511  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4100  carbonic anhydrase  33.33 
 
 
246 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.325478 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2345  carbonic anhydrase  30.43 
 
 
232 aa  84  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0965  carbonic anhydrase  30.85 
 
 
230 aa  84.3  0.000000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000253307 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2275  carbonic anhydrase  32.28 
 
 
231 aa  81.6  0.00000000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02854  carbonic anhydrase  30.81 
 
 
217 aa  80.1  0.00000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>