More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_3062 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_3062  DNA-binding transcriptional activator MhpR  100 
 
 		 255 aa  515  1.0000000000000001e-145  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.593485  normal  0.0344191 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3024  DNA-binding transcriptional activator MhpR  39.19 
 
 		 278 aa  157  1e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3751  DNA-binding transcriptional activator MhpR  39.19 
 
 		 278 aa  158  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0834  DNA-binding transcriptional activator MhpR  38.96 
 
 		 264 aa  156  4e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0839  IclR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 304 aa  135  6.0000000000000005e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199028 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3279  DNA-binding transcriptional activator MhpR  34.8 
 
 		 281 aa  128  7.000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000040145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0410  DNA-binding transcriptional activator MhpR  34.8 
 
 		 315 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000385619  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0370  DNA-binding transcriptional activator MhpR  34.8 
 
 		 315 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000653427  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0377  DNA-binding transcriptional activator MhpR  34.36 
 
 		 281 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000713598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0421  DNA-binding transcriptional activator MhpR  34.36 
 
 		 281 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.455857  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3260  transcriptional regulator, IclR family  33.92 
 
 		 281 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000124832  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00304  hypothetical protein  33.92 
 
 		 277 aa  125  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000752199  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00300  DNA-binding transcriptional activator, 3HPP-binding  33.92 
 
 		 315 aa  125  5e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000821038  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1978  DNA-binding transcriptional activator MhpR  33.94 
 
 		 273 aa  121  9e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.184195  normal  0.111389 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2330  DNA-binding transcriptional activator MhpR  30.31 
 
 		 270 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.497147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0897  DNA-binding transcriptional activator MhpR  28.4 
 
 		 278 aa  117  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000478423  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15090  DNA-binding transcriptional activator MhpR  31.08 
 
 		 273 aa  117  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.774699  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0269  DNA-binding transcriptional activator MhpR  31.37 
 
 		 260 aa  115  5e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.615423  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4534  DNA-binding transcriptional activator MhpR  29.53 
 
 		 296 aa  115  5e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1685  transcriptional regulator, IclR family  30.98 
 
 		 273 aa  115  6.9999999999999995e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.857691  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0926  DNA-binding transcriptional activator MhpR  32.51 
 
 		 270 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1863  IclR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 266 aa  105  7e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.020859  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7402  Transcriptional regulator  30.04 
 
 		 299 aa  102  5e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178146  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0931  DNA-binding transcriptional activator MhpR  33.16 
 
 		 266 aa  93.6  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.830414 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3992  transcriptional regulator, IclR family  31.89 
 
 		 272 aa  92.8  5e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0051  DNA-binding transcriptional activator MhpR  27.39 
 
 		 272 aa  89  6e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2678  transcriptional regulator for mhp operon  32.02 
 
 		 299 aa  89  7e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.712892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7409  Transcriptional regulator  25.68 
 
 		 285 aa  77.4  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2267  IclR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 288 aa  74.7  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.681093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0297  IclR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 263 aa  75.1  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3214  transcriptional regulator, IclR family  28.29 
 
 		 280 aa  73.6  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30950  transcriptional regulator, IclR family  26.4 
 
 		 277 aa  70.9  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.648334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1174  transcriptional regulator, IclR family  28.4 
 
 		 263 aa  70.5  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1042  IclR family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 261 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00956933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2112  IclR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 268 aa  67.4  0.0000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.455995  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1099  transcriptional regulator, IclR family  28.06 
 
 		 257 aa  66.6  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.544817  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01798  predicted DNA-binding transcriptional regulator  24.5 
 
 		 263 aa  65.1  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.440803  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2095  transcriptional regulator KdgR  24.5 
 
 		 263 aa  65.1  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000995956  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2559  transcriptional regulator KdgR  24.5 
 
 		 263 aa  65.1  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000361362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2056  transcriptional regulator KdgR  24.5 
 
 		 263 aa  64.7  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000211216  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2397  regulatory protein, IclR  23.69 
 
 		 263 aa  65.1  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.162621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1918  transcriptional regulator KdgR  24.5 
 
 		 263 aa  65.1  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000201259  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1805  IclR family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 263 aa  65.1  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.954449  normal  0.233357 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1360  transcriptional regulator KdgR  24.5 
 
 		 263 aa  65.1  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000169219  normal  0.0136372 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01786  hypothetical protein  24.5 
 
 		 263 aa  65.1  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1985  transcriptional regulator KdgR  24.5 
 
 		 263 aa  63.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.364862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1289  transcriptional regulator KdgR  24.5 
 
 		 263 aa  63.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000107384  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1537  regulatory protein, IclR  26.21 
 
 		 315 aa  63.9  0.000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1981  transcriptional regulator KdgR  24.5 
 
 		 263 aa  63.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.364283  normal  0.0913734 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2043  transcriptional regulator KdgR  24.5 
 
 		 263 aa  63.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1473  transcriptional regulator KdgR  24.5 
 
 		 263 aa  63.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115946  normal  0.370857 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 276 aa  63.9  0.000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3702  transcriptional regulator, IclR family  24.8 
 
 		 252 aa  64.3  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.8457  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4506  transcriptional regulator, IclR family  28.71 
 
 		 275 aa  63.5  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0945557  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4638  transcriptional regulator, IclR family  28.71 
 
 		 275 aa  63.5  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.214771  normal  0.0505557 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2122  IclR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 263 aa  62.8  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000124752  decreased coverage  0.000111832 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2055  transcriptional regulator, IclR family  24.31 
 
 		 263 aa  62.8  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0903474  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0758  IclR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 262 aa  63.2  0.000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00765311  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7315  IclR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 262 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3689  IclR family transcriptional regulator  28 
 
 		 278 aa  62.8  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.230342  normal  0.909085 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2653  transcriptional regulator  23.39 
 
 		 263 aa  62.8  0.000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.618751  normal  0.01576 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1793  IclR family transcriptional regulator  23.39 
 
 		 263 aa  62.4  0.000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1683  transcriptional regulator  23.39 
 
 		 263 aa  62.4  0.000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5758  IclR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 292 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6262  IclR family transcriptional regulator  22.86 
 
 		 260 aa  61.6  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3045  transcriptional regulator IclR  24.39 
 
 		 266 aa  60.8  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.761462 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3598  IclR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 274 aa  60.8  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.213229  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3333  transcriptional regulator, IclR family  27.34 
 
 		 252 aa  60.1  0.00000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.950577  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2527  transcriptional regulator, IclR family  26.7 
 
 		 265 aa  59.7  0.00000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00648168  normal  0.235147 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3411  transcription regulator protein  26.1 
 
 		 262 aa  59.3  0.00000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.531114 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1583  IclR-type transcriptional regulator  28.08 
 
 		 291 aa  59.3  0.00000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2208  transcriptional regulator, IclR family  25 
 
 		 290 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1072  IclR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 256 aa  58.9  0.00000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0478344  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5157  IclR family transcriptional regulator family  28.03 
 
 		 270 aa  58.9  0.00000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.178895 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2608  regulatory protein, IclR  29.66 
 
 		 257 aa  58.9  0.00000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.460452 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6032  IclR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 279 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2967  IclR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 276 aa  58.5  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3169  transcriptional regulator, IclR family  25.87 
 
 		 278 aa  58.2  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669044  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0136  transcriptional regulator, IclR family  25 
 
 		 282 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2690  transcriptional regulator, IclR family  26.48 
 
 		 267 aa  57.4  0.0000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000551158  normal  0.164594 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2133  IclR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 258 aa  57.4  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3778  IclR family transcriptional regulator  25 
 
 		 270 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0140  IclR family transcriptional regulator  25 
 
 		 282 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0349  IclR family transcriptional regulator  27 
 
 		 265 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000127041  hitchhiker  0.00000770433 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03426  predicted DNA-binding transcriptional repressor  25 
 
 		 282 aa  56.6  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3897  IclR family transcriptional regulator  25 
 
 		 282 aa  57  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3360  IclR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 261 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.233757  normal  0.0607813 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3948  transcriptional regulator, IclR family  25 
 
 		 270 aa  57  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2906  IclR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 278 aa  57  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.102633  normal  0.6854 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0957  IclR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 295 aa  57  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03377  hypothetical protein  25 
 
 		 282 aa  56.6  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1018  transcriptional regulator, IclR family  25.11 
 
 		 257 aa  57  0.0000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.142974  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1311  IclR family transcriptional regulator  24.11 
 
 		 284 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512593  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0315  IclR family transcriptional regulator  24.11 
 
 		 284 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.301467  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2498  IclR family transcriptional regulator  24.11 
 
 		 284 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1238  IclR family transcriptional regulator  24.11 
 
 		 284 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.159312  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  27.52 
 
 		 277 aa  56.6  0.0000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3928  IclR family transcriptional regulator  22.66 
 
 		 272 aa  56.6  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0976  IclR family transcriptional regulator  24.11 
 
 		 284 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1081  IclR family transcriptional regulator  28 
 
 		 274 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.176938  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>