More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5377 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5377  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 304 aa  616  1e-175  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2897  LysR family transcriptional regulator  80.67 
 
 		 329 aa  501  1e-141  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0508899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1770  LysR family transcriptional regulator  76.24 
 
 		 304 aa  479  1e-134  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0955  LysR family transcriptional regulator  74.67 
 
 		 304 aa  469  1.0000000000000001e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6326  transcriptional regulator, LysR family  72.01 
 
 		 304 aa  435  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4924  LysR family transcriptional regulator  67 
 
 		 306 aa  409  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1014  LysR family transcriptional regulator  65.08 
 
 		 347 aa  385  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.131098  normal  0.240236 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3934  LysR family transcriptional regulator  64.09 
 
 		 305 aa  386  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10390  malonate utilisation transciptional regulator, LysR family  53.54 
 
 		 305 aa  332  7.000000000000001e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5293  LysR family transcriptional regulator  53.22 
 
 		 305 aa  331  9e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.143312  normal  0.444279 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0301  malonate utilization transcriptional regulator  53.22 
 
 		 309 aa  324  9e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.477196  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5078  malonate utilization transcriptional regulator  52.53 
 
 		 308 aa  323  2e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2874  LysR family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 303 aa  323  3e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0140369  normal  0.789599 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0451  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  51.85 
 
 		 308 aa  322  4e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2743  LysR family transcriptional regulator  51.86 
 
 		 303 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02650  putative malonate utilization transcriptional regulator  52.2 
 
 		 309 aa  318  9e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0883739  normal  0.518056 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4938  transcriptional regulator, LysR family  52.86 
 
 		 301 aa  305  8.000000000000001e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.182259 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3862  transcriptional regulator, LysR family  52.86 
 
 		 301 aa  305  8.000000000000001e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.484372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0626  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 302 aa  292  4e-78  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000742904  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2604  transcriptional regulator, LysR family  51.86 
 
 		 310 aa  292  6e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3771  LysR family transcriptional regulator  49 
 
 		 312 aa  288  6e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.368263  normal  0.0120548 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1239  transcriptional regulator, LysR family  50.34 
 
 		 310 aa  288  6e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.538859  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3660  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  40 
 
 		 306 aa  224  1e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1230  transcriptional regulator, LysR family  44.95 
 
 		 222 aa  176  6e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  30.08 
 
 		 298 aa  103  3e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04720  Transcriptional regulator, LysR family  28.1 
 
 		 299 aa  102  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.245931  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  28.63 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3273  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 293 aa  100  4e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.215219 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  28.33 
 
 		 301 aa  99  9e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4029  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 299 aa  98.6  1e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.185534  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  26.45 
 
 		 302 aa  97.8  2e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  25.28 
 
 		 300 aa  97.8  2e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4044  transcriptional regulator, LysR family  28.34 
 
 		 307 aa  97.8  2e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.180327  normal  0.114171 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  27.21 
 
 		 297 aa  97.1  3e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  26.72 
 
 		 302 aa  96.3  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 307 aa  96.3  6e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 296 aa  95.9  7e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 320 aa  95.5  9e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0629  putative transcriptional regulator  26.34 
 
 		 292 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.641371  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06880  LysR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 292 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0196299  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 300 aa  94.4  2e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  23.46 
 
 		 300 aa  94.4  2e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.17 
 
 		 292 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 300 aa  94.4  2e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06400  transcriptional regulator  31.14 
 
 		 305 aa  94.7  2e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.450023  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7050  transcriptional regulator, LysR family  25.31 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  26.06 
 
 		 316 aa  94.4  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5919  transcriptional regulator, LysR family  25.31 
 
 		 296 aa  93.6  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  22.78 
 
 		 300 aa  92.8  6e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5881  transcriptional regulator, LysR family  28.73 
 
 		 304 aa  92.8  7e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.67 
 
 		 304 aa  92.4  8e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 300 aa  92  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.32 
 
 		 299 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  22.78 
 
 		 300 aa  92  1e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02429  DNA-binding transcriptional activator of 3-phenylpropionic acid catabolism  29.27 
 
 		 296 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2822  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  29.27 
 
 		 296 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.922303  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 309 aa  91.3  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 301 aa  91.3  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4972  transcriptional regulator, LysR family  24.9 
 
 		 296 aa  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0380  transcriptional regulator LysR family  28.79 
 
 		 309 aa  90.9  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02393  hypothetical protein  29.27 
 
 		 296 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2690  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  29.27 
 
 		 297 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2689  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  29.27 
 
 		 296 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00584589  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1140  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  29.27 
 
 		 296 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3769  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  29.27 
 
 		 296 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1131  transcriptional regulator, LysR family  29.27 
 
 		 296 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 300 aa  90.5  3e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0401  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 307 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.709145 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5722  transcriptional regulator, LysR family  24.02 
 
 		 296 aa  90.9  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.437697  normal  0.903757 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.34 
 
 		 295 aa  90.5  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.95 
 
 		 295 aa  90.1  4e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4970  transcriptional regulator, LysR family  24.48 
 
 		 296 aa  90.1  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2423  LysR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 320 aa  90.1  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.757155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4831  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 307 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.496731  normal  0.988121 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  29.03 
 
 		 296 aa  89.7  5e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7065  transcriptional regulator, LysR family  24.48 
 
 		 296 aa  89.7  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000862794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1375  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 311 aa  89.7  5e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.58375  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 303 aa  89.7  6e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0569  transcriptional regulator, LysR family  26.35 
 
 		 324 aa  89.7  6e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.104836  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1381  transcriptional regulator, LysR family  27.78 
 
 		 300 aa  89.4  7e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0155943  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  30.24 
 
 		 295 aa  89.4  7e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  22.31 
 
 		 300 aa  89.4  7e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0371  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 307 aa  89  8e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.45787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2830  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 303 aa  89.4  8e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0397  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 307 aa  89  8e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.7885  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  22.39 
 
 		 300 aa  89  8e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1620  transcriptional regulator, LysR family  25.47 
 
 		 299 aa  89  9e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  27.16 
 
 		 316 aa  89  9e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0048  transcriptional regulator, LysR family  26.75 
 
 		 298 aa  89  9e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.968768  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3664  transcriptional regulator, LysR family  25.84 
 
 		 308 aa  88.6  1e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5392  transcriptional regulator, LysR family  25.27 
 
 		 294 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0020  LysR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 330 aa  88.6  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4923  LysR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 299 aa  88.6  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 300 aa  88.2  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 300 aa  88.2  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 300 aa  88.2  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 300 aa  88.2  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5454  LysR family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 294 aa  87.4  2e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.533779  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5341  transcriptional regulator, LysR family  25.11 
 
 		 294 aa  87.4  2e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 300 aa  88.2  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>