More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2913 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2913  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 306 aa  603  1.0000000000000001e-171  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.268989  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3159  LysR family transcriptional regulator  51.03 
 
 		 299 aa  257  2e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.789389  normal  0.0875309 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  48.14 
 
 		 312 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  48.14 
 
 		 312 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0366  LysR family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.611699 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4588  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 314 aa  210  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.042937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0698  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 320 aa  200  1.9999999999999998e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 311 aa  192  8e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  38.21 
 
 		 305 aa  189  5e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  38.21 
 
 		 305 aa  189  5e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.21 
 
 		 305 aa  189  5e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.21 
 
 		 305 aa  189  5e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.21 
 
 		 305 aa  189  5e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.21 
 
 		 305 aa  189  5e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.21 
 
 		 305 aa  189  5e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  38.21 
 
 		 305 aa  189  5e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.21 
 
 		 305 aa  189  5e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.87 
 
 		 305 aa  189  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.87 
 
 		 305 aa  189  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.87 
 
 		 305 aa  189  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.87 
 
 		 305 aa  189  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.87 
 
 		 305 aa  189  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.33 
 
 		 303 aa  188  8e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.2 
 
 		 300 aa  188  8e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.33 
 
 		 303 aa  188  8e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.33 
 
 		 303 aa  188  8e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.33 
 
 		 303 aa  188  8e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0491  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.61 
 
 		 315 aa  188  1e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39 
 
 		 303 aa  188  1e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  41.44 
 
 		 287 aa  187  2e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.87 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39 
 
 		 303 aa  187  3e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  40.53 
 
 		 308 aa  186  3e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.51 
 
 		 303 aa  187  3e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1774  LysR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 314 aa  186  4e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.605757  normal  0.648056 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 		 303 aa  186  5e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.13 
 
 		 294 aa  186  5e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.67 
 
 		 303 aa  186  6e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.13 
 
 		 294 aa  185  7e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_003296  RS00893  transcription regulator protein  40.13 
 
 		 304 aa  185  7e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0257134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.33 
 
 		 303 aa  185  7e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.21 
 
 		 308 aa  185  8e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3327  transcriptional regulator, LysR family  40.67 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.8 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.33 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.8 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.18 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 309 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.54 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.54 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.54 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.52 
 
 		 303 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.87 
 
 		 308 aa  182  5.0000000000000004e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.46 
 
 		 294 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.67 
 
 		 306 aa  182  6e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 317 aa  182  8.000000000000001e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.67 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.46 
 
 		 294 aa  181  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.16 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.88 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 		 306 aa  181  2e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.21 
 
 		 307 aa  181  2e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.18 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.88 
 
 		 307 aa  179  5.999999999999999e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.33 
 
 		 294 aa  179  8e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 327 aa  178  8e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.98 
 
 		 314 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6398  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0481  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 292 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1431  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53118  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  36.66 
 
 		 315 aa  176  3e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1341  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 299 aa  177  3e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 290 aa  176  4e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4008  transcriptional regulator, LysR family  38.57 
 
 		 292 aa  176  5e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 300 aa  176  5e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  37.71 
 
 		 292 aa  176  5e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  37.5 
 
 		 306 aa  176  6e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3951  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 295 aa  174  9.999999999999999e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.73 
 
 		 312 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0106  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.33 
 
 		 293 aa  172  5e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.41 
 
 		 320 aa  172  5e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.67 
 
 		 303 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2979  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39 
 
 		 293 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.54 
 
 		 321 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39 
 
 		 293 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39 
 
 		 293 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0304  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.54 
 
 		 321 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.54 
 
 		 321 aa  170  3e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.54 
 
 		 321 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.54 
 
 		 321 aa  170  3e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.54 
 
 		 321 aa  170  3e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 311 aa  170  3e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>