83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2754 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2754  putative transmembrane anti-sigma factor  100 
 
 		 271 aa  541  1e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2549  putative transmembrane transcriptional regulator  58.03 
 
 		 272 aa  310  2e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2555  putative transmembrane anti-sigma factor  52.03 
 
 		 279 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00539506 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3001  putative transmembrane anti-sigma factor  52.63 
 
 		 279 aa  237  2e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.166986  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1253  putative transmembrane anti-sigma factor  50.18 
 
 		 279 aa  230  2e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0479785  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3377  putative transmembrane anti-sigma factor  48.73 
 
 		 294 aa  220  1.9999999999999999e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0522  hypothetical protein  41.91 
 
 		 264 aa  179  5.999999999999999e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2661  putative transmembrane anti-sigma factor  40.29 
 
 		 266 aa  178  7e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.260623  normal  0.584947 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0264  putative transmembrane anti-sigma factor  40.29 
 
 		 266 aa  178  7e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674824  normal  0.0227624 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1653  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  44.27 
 
 		 253 aa  178  7e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000000192348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0145  putative transmembrane anti-sigma factor  43.8 
 
 		 256 aa  177  2e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.617823  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0019  putative transmembrane anti-sigma factor  34.77 
 
 		 277 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.836012 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1708  putative transmembrane anti-sigma factor  41.34 
 
 		 264 aa  166  4e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1209  anti-sigma factor  39.7 
 
 		 256 aa  158  7e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.736755 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2782  putative transmembrane anti-sigma factor  38.24 
 
 		 260 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.826576  normal  0.798214 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3279  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  39.29 
 
 		 277 aa  157  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3142  transmembrane protein  39.29 
 
 		 277 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549132  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1672  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  35.66 
 
 		 275 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.314191 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4979  putative transmembrane anti-sigma factor  35.66 
 
 		 275 aa  157  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.0783383 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2913  putative transmembrane anti-sigma factor  38.46 
 
 		 286 aa  156  3e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0030577 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3260  putative transmembrane anti-sigma factor  37.99 
 
 		 286 aa  155  9e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.760903  normal  0.404575 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2783  putative transmembrane transcriptional regulator(anti-sigma factor) protein, PrtR  55.4 
 
 		 283 aa  152  5e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.32667 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1667  putative transmembrane anti-sigma factor  41.42 
 
 		 283 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.519316  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2523  putative transmembrane anti-sigma factor  37.27 
 
 		 260 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.690899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1998  putative transmembrane anti-sigma factor  37.74 
 
 		 269 aa  148  8e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.706225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1310  hypothetical protein  37.83 
 
 		 259 aa  148  9e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2754  putative transmembrane anti-sigma factor  36.5 
 
 		 268 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3398  putative transmembrane anti-sigma factor  36.23 
 
 		 260 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.745464  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3944  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  37.23 
 
 		 260 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00740335  normal  0.0369582 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2466  hypothetical protein  37.55 
 
 		 256 aa  141  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3785  putative transmembrane anti-sigma factor  44.44 
 
 		 274 aa  140  1.9999999999999998e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0853  putative transmembrane anti-sigma factor  41.7 
 
 		 274 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5261  putative transmembrane anti-sigma factor  37.88 
 
 		 268 aa  133  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.127786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2037  putative transmembrane anti-sigma factor  37.5 
 
 		 253 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000249253 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5734  putative transmembrane anti-sigma factor  38.13 
 
 		 266 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2982  hypothetical protein  35.89 
 
 		 286 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0855  putative transmembrane anti-sigma factor  36.26 
 
 		 260 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.366382  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0826  putative transmembrane anti-sigma factor  36.26 
 
 		 259 aa  126  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00528212  hitchhiker  0.000460261 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1501  hypothetical protein  36.6 
 
 		 274 aa  126  5e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.204589  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3793  hypothetical protein  30.77 
 
 		 265 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0670841  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1186  hypothetical protein  36.53 
 
 		 274 aa  116  3e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.128596  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0745  putative transmembrane anti-sigma factor  36.08 
 
 		 259 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0155499 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0015  hypothetical protein  36.4 
 
 		 495 aa  113  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.689839  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1414  hypothetical protein  37.36 
 
 		 274 aa  113  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142705  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1386  hypothetical protein  35.93 
 
 		 270 aa  113  3e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0048642  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0424  hypothetical protein  36.53 
 
 		 274 aa  112  6e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.365685  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0145  hypothetical protein  36.53 
 
 		 274 aa  112  6e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.261228  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1155  hypothetical protein  36.53 
 
 		 274 aa  112  6e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0728  putative transmembrane anti-sigma factor  36.33 
 
 		 261 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.48642  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0229  hypothetical protein  35.27 
 
 		 255 aa  109  5e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0173  putative transmembrane anti-sigma factor  34.5 
 
 		 255 aa  106  4e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.365386  normal  0.0709192 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2533  putative transmembrane anti-sigma factor  36.47 
 
 		 260 aa  105  8e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.420248  normal  0.0303873 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0298  putative transmembrane anti-sigma factor  33.72 
 
 		 257 aa  104  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5401  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  29.06 
 
 		 271 aa  103  4e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3667  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma-factor)  28.69 
 
 		 250 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000130088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0373  putative transmembrane anti-sigma factor  37.82 
 
 		 126 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0070  transmembrane regulator PrtR  28.4 
 
 		 250 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0083  transmembrane regulator PrtR  31.35 
 
 		 252 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.273948  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2889  putative transmembrane anti-sigma factor  32.61 
 
 		 250 aa  79  0.00000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00655403  normal  0.801415 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0293  transmembrane regulator PrtR  31.35 
 
 		 252 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000206398  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0083  transmembrane regulator PrtR  31.35 
 
 		 252 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2801  putative transmembrane anti-sigma factor  32.61 
 
 		 250 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.261643 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3067  putative transmembrane anti-sigma factor  27.01 
 
 		 281 aa  76.6  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0599961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3198  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  31.75 
 
 		 252 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000206133  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0033  putative transmembrane anti-sigma factor  30.4 
 
 		 252 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00163217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0008  putative transmembrane anti-sigma factor  29.15 
 
 		 253 aa  72  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0328629 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2803  putative transmembrane anti-sigma factor  24.91 
 
 		 280 aa  68.9  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0342001 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0012  putative transmembrane anti-sigma factor  29.6 
 
 		 252 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.237975  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0059  putative transmembrane anti-sigma factor  29.6 
 
 		 252 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.13724  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0009  putative transmembrane anti-sigma factor  29.15 
 
 		 253 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343688  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2893  putative transmembrane anti-sigma factor  32.18 
 
 		 250 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.138399  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0017  putative transmembrane anti-sigma factor  28.34 
 
 		 253 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00133889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4250  putative transmembrane protein  31.18 
 
 		 266 aa  62.4  0.000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.939456  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2392  putative transmembrane anti-sigma factor  37.04 
 
 		 250 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2285  putative transmembrane anti-sigma factor  26.79 
 
 		 275 aa  57.8  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.15965 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1105  putative transmembrane anti-sigma factor  25.95 
 
 		 283 aa  57  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.144794  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1005  putative transmembrane anti-sigma factor  44.78 
 
 		 307 aa  52  0.00001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00368006 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3927  putative transmembrane anti-sigma factor  39.42 
 
 		 255 aa  45.4  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.771731 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2675  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  28.33 
 
 		 253 aa  45.4  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.178183  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4483  putative transmembrane anti-sigma factor  38.18 
 
 		 259 aa  44.3  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.662421  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2976  hypothetical protein  25.99 
 
 		 260 aa  43.1  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.458686  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4551  putative transmembrane anti-sigma factor  39.09 
 
 		 257 aa  43.5  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  decreased coverage  0.00125777 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0596  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  31.88 
 
 		 266 aa  42.4  0.009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.690424 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>