248 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1898 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1898  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 		 290 aa  568  1e-161  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44520  extracellular solute-binding protein  47.79 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.541639  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5170  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  31.17 
 
 		 278 aa  99  8e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.256547  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1134  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.33 
 
 		 305 aa  97.8  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.276726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3166  extracellular solute-binding protein  32.64 
 
 		 279 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5765  extracellular solute-binding protein  34.39 
 
 		 286 aa  92.4  7e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000625971 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2627  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.43 
 
 		 280 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0539096  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1889  extracellular solute-binding protein family 3  31.41 
 
 		 268 aa  89  8e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5767  extracellular solute-binding protein  26.48 
 
 		 272 aa  86.7  5e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000244611 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21410  ABC transporter, substrate binding protein, family 3  29.2 
 
 		 292 aa  82.8  0.000000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.334752  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0117  extracellular solute-binding protein  28.9 
 
 		 272 aa  79.3  0.00000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5766  extracellular solute-binding protein  28.05 
 
 		 308 aa  78.6  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000645831 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1129  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.44 
 
 		 283 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3310  extracellular solute-binding protein  27.93 
 
 		 280 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2802  extracellular solute-binding protein  24.17 
 
 		 294 aa  71.2  0.00000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.228556  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5520  extracellular solute-binding protein  26.75 
 
 		 281 aa  67  0.0000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0222381  normal  0.174811 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3976  extracellular solute-binding protein  26.8 
 
 		 268 aa  66.2  0.0000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.108857  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1635  extracellular solute-binding protein family 3  25.1 
 
 		 290 aa  66.2  0.0000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07790  periplasmic component of amino acid ABC-type transporter/signal transduction system  29.39 
 
 		 278 aa  64.7  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2522  extracellular solute-binding protein family 3  24.78 
 
 		 295 aa  64.7  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000888885 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8012  extracellular solute-binding protein family 3  26.34 
 
 		 281 aa  62.8  0.000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36870  amino acid-binding protein  25.31 
 
 		 290 aa  62.4  0.000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.567657  normal  0.765232 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1429  extracellular solute-binding protein  27.04 
 
 		 271 aa  62  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4400  extracellular solute-binding protein family 3  29.85 
 
 		 281 aa  60.5  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.18197  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1470  extracellular solute-binding protein family 3  26.64 
 
 		 274 aa  60.1  0.00000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.506058  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1051  extracellular solute-binding protein family 3  23.23 
 
 		 274 aa  58.9  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3913  extracellular solute-binding protein family 3  26.23 
 
 		 296 aa  57.8  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2291  extracellular solute-binding protein family 3  25.77 
 
 		 260 aa  56.6  0.0000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000299609  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0338  extracellular solute-binding protein family 3  25.42 
 
 		 389 aa  56.6  0.0000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.000000810551  normal  0.021176 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1224  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 		 323 aa  56.2  0.0000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.228597 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1590  extracellular solute-binding protein family 3  24.72 
 
 		 282 aa  56.2  0.0000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000563013  normal  0.528565 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3520  extracellular solute-binding protein  22.87 
 
 		 296 aa  56.2  0.0000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0548658  normal  0.231474 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3152  extracellular solute-binding protein family 3  27.11 
 
 		 271 aa  55.5  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0865808 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3086  putative ABC transporter binding protein subunit  23.41 
 
 		 268 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1742  extracellular solute-binding protein  30.59 
 
 		 273 aa  53.9  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0917  extracellular solute-binding protein  25.33 
 
 		 270 aa  53.9  0.000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0814  extracellular solute-binding protein  24.6 
 
 		 268 aa  53.5  0.000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00687374  normal  0.141124 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3587  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 345 aa  53.5  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0949603 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1430  extracellular solute-binding protein  22.9 
 
 		 294 aa  53.5  0.000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0320804 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3978  extracellular solute-binding protein  26.36 
 
 		 260 aa  53.1  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1695  extracellular solute-binding protein  25.13 
 
 		 411 aa  53.1  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0207768  hitchhiker  0.000479364 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1767  extracellular solute-binding protein  36.64 
 
 		 276 aa  52.8  0.000006  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.99488  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36200  putative binding protein component of ABC transporter  22.06 
 
 		 268 aa  53.1  0.000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134748 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  28.67 
 
 		 266 aa  52.8  0.000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3988  extracellular solute-binding protein family 3  27.19 
 
 		 350 aa  52.8  0.000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  25.91 
 
 		 315 aa  52.8  0.000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3056  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  25.91 
 
 		 320 aa  52.8  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.114315  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2153  extracellular solute-binding protein family 3  24.46 
 
 		 273 aa  52.4  0.000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0684055 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3461  extracellular solute-binding protein  29.96 
 
 		 285 aa  52.4  0.000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.564747  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4179  extracellular solute-binding protein family 3  26.37 
 
 		 350 aa  52.4  0.000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3091  ABC transporter, substrate binding component  25.91 
 
 		 266 aa  52  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0847  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 367 aa  51.6  0.00001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3984  extracellular solute-binding protein family 3  23.57 
 
 		 323 aa  51.6  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4525  extracellular solute-binding protein  25.37 
 
 		 289 aa  52  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.335654  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1569  extracellular solute-binding protein  25.51 
 
 		 264 aa  51.6  0.00001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.313836 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2218  extracellular solute-binding protein  21.85 
 
 		 275 aa  52  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.120709  normal  0.459989 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1779  extracellular solute-binding protein  25.26 
 
 		 276 aa  52  0.00001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00778  glutamine ABC transporter periplasmic protein  25.55 
 
 		 248 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0880  glutamine ABC transporter periplasmic protein  25.55 
 
 		 248 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000245333  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2831  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  25.55 
 
 		 248 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0546212  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00795  hypothetical protein  25.55 
 
 		 248 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3508  extracellular solute-binding protein family 3  26.92 
 
 		 319 aa  51.2  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0960  glutamine ABC transporter periplasmic protein  25.55 
 
 		 248 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000163371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3070  extracellular solute-binding protein  25.43 
 
 		 273 aa  51.2  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.966648  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1549  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.91 
 
 		 266 aa  51.2  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.356902  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0867  glutamine ABC transporter periplasmic protein  25.55 
 
 		 248 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000156347  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1118  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.19 
 
 		 277 aa  51.2  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0733835  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0835  glutamine ABC transporter periplasmic protein  25.55 
 
 		 248 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000431676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2832  glutamine ABC transporter periplasmic protein  25.55 
 
 		 248 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.220182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3481  extracellular solute-binding protein  30.86 
 
 		 274 aa  50.8  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.742913  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1057  extracellular solute-binding protein  26.51 
 
 		 261 aa  51.2  0.00002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.898657  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  28.47 
 
 		 247 aa  50.4  0.00003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.39 
 
 		 264 aa  50.4  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1420  extracellular solute-binding protein  24.14 
 
 		 415 aa  50.4  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000217844  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1531  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  23.19 
 
 		 262 aa  50.4  0.00003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.0000000230414  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0357  extracellular solute-binding protein  29.8 
 
 		 270 aa  50.4  0.00003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  27.81 
 
 		 250 aa  50.4  0.00003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3673  extracellular solute-binding protein family 3  28.82 
 
 		 275 aa  50.1  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  23.44 
 
 		 264 aa  50.4  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  25 
 
 		 264 aa  49.7  0.00005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1624  extracellular solute-binding protein family 3  24.27 
 
 		 344 aa  49.7  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.467611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2537  glutamine ABC transporter periplasmic protein  25.55 
 
 		 248 aa  50.1  0.00005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000279663  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1148  extracellular solute-binding protein  30.83 
 
 		 270 aa  50.1  0.00005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.614659 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1328  extracellular solute-binding protein  33.08 
 
 		 249 aa  49.7  0.00005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.313303  normal  0.666491 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2051  extracellular solute-binding protein  31.02 
 
 		 347 aa  49.7  0.00006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  23.64 
 
 		 264 aa  49.3  0.00007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1497  extracellular solute-binding protein family 3  25.79 
 
 		 305 aa  49.3  0.00008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.165825 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3995  extracellular solute-binding protein  26.12 
 
 		 259 aa  49.3  0.00008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0155411  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.35 
 
 		 264 aa  49.3  0.00008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2969  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 262 aa  49.3  0.00008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87246  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  22.91 
 
 		 264 aa  49.3  0.00008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  22.91 
 
 		 264 aa  49.3  0.00008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  22.91 
 
 		 264 aa  49.3  0.00008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4947  extracellular solute-binding protein family 3  26.19 
 
 		 345 aa  49.3  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0229057  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4264  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  28.45 
 
 		 259 aa  49.3  0.00008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000272293  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1539  extracellular solute-binding protein family 3  22.38 
 
 		 283 aa  48.9  0.00009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000136922  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0948  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.83 
 
 		 339 aa  48.9  0.0001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31768  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4039  extracellular solute-binding protein family 3  27.27 
 
 		 295 aa  48.1  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0890  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.83 
 
 		 339 aa  48.9  0.0001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3397  hypothetical protein  26.59 
 
 		 345 aa  48.1  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.167886  normal  0.231083 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>