More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_II0882 on replicon NC_011313
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011313  VSAL_II0882  HTH-type transcriptional activator, LysR-family  100 
 
 		 290 aa  598  1e-170  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.070631  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06296  transcriptional regulator  66.78 
 
 		 295 aa  429  1e-119  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001430  transcriptional regulator  64.71 
 
 		 295 aa  416  9.999999999999999e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000301248  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0058  LysR family transcriptional regulator  61.25 
 
 		 295 aa  394  1e-108  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0206813  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2800  LysR, substrate-binding  32.99 
 
 		 294 aa  185  6e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4804  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 289 aa  179  7e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0414707 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.53 
 
 		 290 aa  147  3e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 313 aa  144  1e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3680  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.92 
 
 		 308 aa  144  1e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 298 aa  144  1e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03103  predicted DNA-binding transcriptional regulator, efflux system  36.23 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0463  transcriptional regulator, LysR family  36.23 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3432  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.23 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3539  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.23 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0463  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.23 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03054  hypothetical protein  36.23 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4560  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.23 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.550103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3726  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.23 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3275  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.23 
 
 		 309 aa  143  3e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3559  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.87 
 
 		 309 aa  143  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3665  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.87 
 
 		 309 aa  143  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.99326 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3630  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.87 
 
 		 309 aa  143  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.75458  normal  0.0429881 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3558  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.87 
 
 		 309 aa  143  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3727  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.87 
 
 		 309 aa  143  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.107486 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4393  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.13 
 
 		 303 aa  142  6e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 313 aa  142  6e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0418  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.45 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3828  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.45 
 
 		 314 aa  140  3e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 296 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  30.89 
 
 		 335 aa  139  4.999999999999999e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 298 aa  139  6e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 313 aa  139  6e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 292 aa  138  7.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1224  carbonate dehydratase  30.23 
 
 		 313 aa  138  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000421173  normal  0.31799 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  32.31 
 
 		 307 aa  136  3.0000000000000003e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 312 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0261  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.74 
 
 		 311 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 292 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 293 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  29.25 
 
 		 300 aa  136  3.0000000000000003e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  31.02 
 
 		 297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 292 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 301 aa  136  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 313 aa  136  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 313 aa  136  4e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 313 aa  136  5e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 313 aa  135  5e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 292 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3670  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.45 
 
 		 314 aa  135  6.0000000000000005e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0482  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.76 
 
 		 303 aa  135  7.000000000000001e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 302 aa  135  8e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  31.1 
 
 		 302 aa  135  9e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3034  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 313 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 309 aa  134  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2695  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 337 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.933352  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3191  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0504852  normal  0.2192 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0270  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.43 
 
 		 314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1178  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.42 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.237766  hitchhiker  0.000914509 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3048  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0118588  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1330  transcriptional regulator, LysR family  29.9 
 
 		 313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00626709  hitchhiker  0.000619665 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2868  transcriptional regulator, LysR family protein  30.46 
 
 		 313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0376307  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 292 aa  134  3e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  30.23 
 
 		 313 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 291 aa  132  6e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 304 aa  132  6.999999999999999e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 289 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  28.72 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  32.67 
 
 		 289 aa  130  3e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3066  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 313 aa  129  4.0000000000000003e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 298 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 314 aa  129  5.0000000000000004e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  29.13 
 
 		 298 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 298 aa  129  6e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 303 aa  129  6e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  31.77 
 
 		 299 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 298 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 289 aa  127  3e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  31.08 
 
 		 289 aa  127  3e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 298 aa  126  3e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 298 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3681  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 290 aa  126  4.0000000000000003e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0791735  normal  0.203208 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2115  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 302 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.477701  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 301 aa  126  4.0000000000000003e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4019  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 295 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4120  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 323 aa  126  5e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  29.97 
 
 		 292 aa  125  6e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 298 aa  125  6e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 301 aa  125  6e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  28.97 
 
 		 289 aa  125  7e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 298 aa  125  9e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1305  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 322 aa  125  9e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.565063 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5764  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 322 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  29.07 
 
 		 289 aa  124  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>