More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_004436 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_00961  hypothetical protein  95.5 
 
 
444 aa  883    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0196  sigma-54 dependent transcriptional regulator  78.28 
 
 
444 aa  750    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0400471  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004436  transcriptional regulator VpsR  100 
 
 
444 aa  919    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0567  sigma-54 interacting regulatory protein  66.89 
 
 
445 aa  618  1e-176  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.27911  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1043  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.03 
 
 
465 aa  280  3e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.332951  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0605  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.03 
 
 
465 aa  280  3e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.180483  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1084  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.03 
 
 
465 aa  280  3e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4198  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.56 
 
 
465 aa  279  8e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1911  two component sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.36 
 
 
446 aa  279  9e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1679  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  38.48 
 
 
461 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0964  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.67 
 
 
465 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5314  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.51 
 
 
502 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.213298  hitchhiker  0.00230622 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5417  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.82 
 
 
478 aa  274  3e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.938631 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0960  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.44 
 
 
465 aa  271  1e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0898  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.51 
 
 
461 aa  271  2e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0383  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  36.51 
 
 
461 aa  271  2e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.29436  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5337  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.32 
 
 
473 aa  271  2e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.393989  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2524  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.51 
 
 
461 aa  271  2e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2947  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  36.51 
 
 
461 aa  271  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.18168  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1017  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.54 
 
 
482 aa  271  2e-71  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0250  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.51 
 
 
461 aa  271  2e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2963  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.98 
 
 
522 aa  271  2e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0352623  normal  0.718149 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2834  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.51 
 
 
461 aa  271  2e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2896  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.51 
 
 
461 aa  271  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.662381  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5813  Fis family sigma54 specific transcriptional regulator  36.93 
 
 
500 aa  270  5e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2258  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.81 
 
 
493 aa  268  2e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196111  decreased coverage  0.00780005 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2219  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.65 
 
 
462 aa  268  2e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0650  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.27 
 
 
462 aa  267  2e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.614366  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2505  sigma-54 dependent transcriptional regulator  35.27 
 
 
462 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.988486  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0636  sigma-54 dependent transcriptional regulator  35.27 
 
 
462 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2202  sigma-54 dependent transcriptional regulator  35.27 
 
 
443 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0673896  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0037  sigma-54 dependent transcriptional regulator  35.27 
 
 
462 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0812  sigma-54 dependent transcriptional regulator  35.27 
 
 
462 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.141379  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2883  sigma-54 dependent transcriptional regulator  35.27 
 
 
462 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.71369  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1183  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.62 
 
 
479 aa  266  8e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.167221  normal  0.634355 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2955  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.63 
 
 
464 aa  265  2e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.483673  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1029  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.63 
 
 
464 aa  265  2e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0783  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.28 
 
 
495 aa  264  2e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.301138  normal  0.0118042 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4903  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.58 
 
 
493 aa  263  3e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.601565  hitchhiker  0.00038265 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0526  sigma-54 dependent transcriptional regulator  37.47 
 
 
462 aa  264  3e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.888522  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3839  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.27 
 
 
478 aa  263  4e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00683049  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3687  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.65 
 
 
496 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.390992  normal  0.167887 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4525  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.65 
 
 
496 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1021  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.28 
 
 
464 aa  263  6e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.100583  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2970  sigma-54 factor, interaction region  37.97 
 
 
445 aa  262  8.999999999999999e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3503  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.24 
 
 
441 aa  260  3e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.769801  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5342  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.14 
 
 
454 aa  260  4e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2273  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.24 
 
 
441 aa  260  4e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2426  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.28 
 
 
441 aa  260  4e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.154425  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0787  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.89 
 
 
464 aa  258  1e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0509974 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3738  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.49 
 
 
490 aa  258  1e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.239334  normal  0.543617 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5563  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.49 
 
 
490 aa  258  2e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3011  helix-turn-helix, Fis-type  34.8 
 
 
441 aa  257  3e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.845433  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2769  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.85 
 
 
441 aa  257  3e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.3551  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4106  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.22 
 
 
463 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.257345  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2172  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.92 
 
 
463 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3632  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.22 
 
 
463 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0660545  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3308  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.39 
 
 
463 aa  253  3e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4157  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.39 
 
 
463 aa  253  3e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39360  putative sigma-54 dependent transcriptional regulator  38.61 
 
 
442 aa  254  3e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.718088 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4209  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.39 
 
 
463 aa  253  3e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0604018  normal  0.226619 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1809  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.73 
 
 
463 aa  253  6e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1030  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.12 
 
 
457 aa  252  8.000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.255246  normal  0.215891 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2592  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.42 
 
 
441 aa  251  1e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.592579 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1122  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.12 
 
 
457 aa  251  2e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.149164 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4396  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.27 
 
 
463 aa  250  3e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0978866  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3144  sigma-54 dependent transcriptional regulator  36 
 
 
434 aa  249  7e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00844398  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0936  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  36.68 
 
 
476 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.266088  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0877  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.22 
 
 
473 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.454149 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0498  Fis family transcriptional regulator  34.69 
 
 
503 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4730  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.07 
 
 
457 aa  243  3e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.483899 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1186  putative sigma-54 interacting transcription regulator protein  33.73 
 
 
458 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.32993 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4130  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.57 
 
 
446 aa  243  5e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00171809 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3777  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.62 
 
 
473 aa  243  5e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0128705 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0659  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.83 
 
 
458 aa  243  7e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.470108 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5456  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.74 
 
 
473 aa  240  4e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.373718  normal  0.24303 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2841  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.38 
 
 
486 aa  240  4e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4207  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.55 
 
 
477 aa  240  4e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2951  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  34.38 
 
 
486 aa  240  5e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.21551  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2901  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.38 
 
 
624 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.413973  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0386  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  34.38 
 
 
597 aa  239  8e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.857446  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0902  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  34.38 
 
 
607 aa  239  8e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0245  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  34.38 
 
 
607 aa  239  1e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2529  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  34.38 
 
 
619 aa  239  1e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3540  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.51 
 
 
465 aa  237  4e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.4661  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4827  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.51 
 
 
465 aa  236  6e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.115384  normal  0.224381 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1645  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.63 
 
 
456 aa  236  8e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1675  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  34.62 
 
 
629 aa  236  8e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2438  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.33 
 
 
467 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2632  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.86 
 
 
457 aa  234  3e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0424  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  37.72 
 
 
451 aa  230  4e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0197322 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2087  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.22 
 
 
451 aa  230  4e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.812028  normal  0.0926911 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0604  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.15 
 
 
459 aa  229  8e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.109606  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5030  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.02 
 
 
449 aa  226  9e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2349  response regulator receiver protein  39.02 
 
 
453 aa  224  3e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1619  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.8 
 
 
456 aa  224  3e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0732  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.62 
 
 
455 aa  223  6e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2047  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.76 
 
 
458 aa  223  6e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2324  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.26 
 
 
466 aa  222  9.999999999999999e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0534699  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2195  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.48 
 
 
456 aa  220  3e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>