More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3144 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3144  sigma-54 dependent transcriptional regulator  100 
 
 
434 aa  874    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00844398  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3011  helix-turn-helix, Fis-type  78 
 
 
441 aa  682    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.845433  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2592  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  63.36 
 
 
441 aa  559  1e-158  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.592579 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2426  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  63.04 
 
 
441 aa  547  1e-154  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.154425  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3503  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  63.04 
 
 
441 aa  547  1e-154  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.769801  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2273  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  63.04 
 
 
441 aa  546  1e-154  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2769  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  61.85 
 
 
441 aa  544  1e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.3551  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39360  putative sigma-54 dependent transcriptional regulator  57.7 
 
 
442 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.718088 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2172  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.12 
 
 
463 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1183  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.82 
 
 
479 aa  301  1e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.167221  normal  0.634355 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5417  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.82 
 
 
478 aa  301  1e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.938631 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1679  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  44.07 
 
 
461 aa  299  7e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0898  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.34 
 
 
461 aa  298  1e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0383  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  43.34 
 
 
461 aa  298  1e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.29436  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2947  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  43.34 
 
 
461 aa  298  1e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.18168  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2524  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.34 
 
 
461 aa  298  1e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0250  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.34 
 
 
461 aa  298  1e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2834  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.34 
 
 
461 aa  298  1e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2896  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.34 
 
 
461 aa  298  1e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.662381  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0787  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.82 
 
 
464 aa  293  4e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0509974 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1911  two component sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.2 
 
 
446 aa  291  1e-77  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1029  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.04 
 
 
464 aa  290  2e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5314  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.55 
 
 
502 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.213298  hitchhiker  0.00230622 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2955  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.22 
 
 
464 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.483673  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0960  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.3 
 
 
465 aa  285  8e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0964  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.3 
 
 
465 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2219  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.37 
 
 
462 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0498  Fis family transcriptional regulator  40.88 
 
 
503 aa  284  3.0000000000000004e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2963  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.69 
 
 
522 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0352623  normal  0.718149 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1043  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.78 
 
 
465 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.332951  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0605  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.78 
 
 
465 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.180483  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1084  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.78 
 
 
465 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4198  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.51 
 
 
465 aa  282  1e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1017  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.35 
 
 
482 aa  281  2e-74  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1021  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.82 
 
 
464 aa  280  3e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.100583  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5813  Fis family sigma54 specific transcriptional regulator  40.94 
 
 
500 aa  276  7e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1030  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.79 
 
 
457 aa  275  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.255246  normal  0.215891 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0650  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.36 
 
 
462 aa  273  3e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.614366  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1186  putative sigma-54 interacting transcription regulator protein  40.37 
 
 
458 aa  273  4.0000000000000004e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.32993 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0037  sigma-54 dependent transcriptional regulator  43.36 
 
 
462 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0812  sigma-54 dependent transcriptional regulator  43.36 
 
 
462 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.141379  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2202  sigma-54 dependent transcriptional regulator  43.36 
 
 
443 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0673896  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0636  sigma-54 dependent transcriptional regulator  43.36 
 
 
462 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2883  sigma-54 dependent transcriptional regulator  43.36 
 
 
462 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.71369  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2505  sigma-54 dependent transcriptional regulator  43.36 
 
 
462 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.988486  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3104  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.21 
 
 
448 aa  273  6e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5030  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  37.28 
 
 
449 aa  271  1e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2671  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.61 
 
 
449 aa  271  1e-71  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0526  sigma-54 dependent transcriptional regulator  43.09 
 
 
462 aa  271  1e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.888522  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0783  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.3 
 
 
495 aa  271  1e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.301138  normal  0.0118042 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1122  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.52 
 
 
457 aa  272  1e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.149164 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3738  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.3 
 
 
490 aa  270  2e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.239334  normal  0.543617 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5563  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.3 
 
 
490 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2087  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.84 
 
 
451 aa  270  5e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.812028  normal  0.0926911 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2169  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.09 
 
 
411 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00208914  normal  0.0141278 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2258  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.83 
 
 
493 aa  269  8e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196111  decreased coverage  0.00780005 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0197  two component Fis family transcriptional regulator  42.15 
 
 
449 aa  268  2e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.756512 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5342  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.01 
 
 
454 aa  266  5e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3839  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.3 
 
 
478 aa  266  5e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00683049  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3687  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.3 
 
 
496 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.390992  normal  0.167887 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4525  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.3 
 
 
496 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1776  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.36 
 
 
456 aa  266  7e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2349  response regulator receiver protein  40.88 
 
 
453 aa  266  7e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5456  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.62 
 
 
473 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.373718  normal  0.24303 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2951  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  38.26 
 
 
486 aa  264  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.21551  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2841  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.26 
 
 
486 aa  264  2e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2958  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.62 
 
 
472 aa  264  3e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.15472  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0386  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  38.26 
 
 
597 aa  264  3e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.857446  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0902  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  38.03 
 
 
607 aa  263  3e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2529  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  38.26 
 
 
619 aa  263  3e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1599  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.35 
 
 
457 aa  263  4e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2901  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.26 
 
 
624 aa  263  4e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.413973  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4827  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.57 
 
 
465 aa  263  4e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.115384  normal  0.224381 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0245  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  38.03 
 
 
607 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0704  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.55 
 
 
453 aa  262  6.999999999999999e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2498  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.25 
 
 
445 aa  262  1e-68  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4903  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.83 
 
 
493 aa  262  1e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.601565  hitchhiker  0.00038265 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3540  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.57 
 
 
465 aa  262  1e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.4661  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0936  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  38.5 
 
 
476 aa  261  2e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.266088  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0749  response regulator receiver domain-containing protein  37.82 
 
 
455 aa  261  2e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4730  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.28 
 
 
457 aa  260  3e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.483899 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1533  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.2 
 
 
449 aa  260  3e-68  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.104993  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03284  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator, Fis family protein  37.25 
 
 
453 aa  259  5.0000000000000005e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2632  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.93 
 
 
457 aa  259  6e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4207  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.96 
 
 
477 aa  259  6e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0604  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.78 
 
 
459 aa  259  8e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.109606  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4396  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.21 
 
 
463 aa  259  9e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0978866  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5337  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.44 
 
 
473 aa  259  9e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.393989  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0877  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.06 
 
 
473 aa  258  1e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.454149 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1675  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  37.62 
 
 
629 aa  258  1e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3308  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.47 
 
 
463 aa  258  2e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4209  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.47 
 
 
463 aa  258  2e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0604018  normal  0.226619 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4157  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.47 
 
 
463 aa  258  2e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1997  sigma-54 specific Fis family two component transcriptional regulator  37.72 
 
 
452 aa  256  5e-67  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1992  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.4 
 
 
455 aa  256  5e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.139659  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4106  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.87 
 
 
463 aa  256  5e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.257345  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0659  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.05 
 
 
458 aa  256  5e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.470108 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3632  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.87 
 
 
463 aa  256  5e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0660545  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2438  helix-turn-helix, Fis-type  40.7 
 
 
451 aa  256  7e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.213238  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3777  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.73 
 
 
473 aa  256  7e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0128705 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>