More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0498 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_0498  Fis family transcriptional regulator  100 
 
 
503 aa  1025    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2172  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.7 
 
 
463 aa  409  1e-113  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1911  two component sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.16 
 
 
446 aa  398  1e-109  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2592  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.85 
 
 
441 aa  369  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.592579 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2769  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.94 
 
 
441 aa  365  1e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.3551  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1017  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50 
 
 
482 aa  357  2.9999999999999997e-97  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39360  putative sigma-54 dependent transcriptional regulator  52.17 
 
 
442 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.718088 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3503  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.53 
 
 
441 aa  355  1e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.769801  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2273  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.76 
 
 
441 aa  355  1e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3839  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.45 
 
 
478 aa  353  4e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00683049  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5417  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.12 
 
 
478 aa  353  4e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.938631 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3687  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.45 
 
 
496 aa  353  4e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.390992  normal  0.167887 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4525  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.45 
 
 
496 aa  353  4e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1679  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  44.79 
 
 
461 aa  353  5e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1122  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.22 
 
 
457 aa  352  8e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.149164 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2834  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.02 
 
 
461 aa  352  8e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0732  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.13 
 
 
455 aa  352  8.999999999999999e-96  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2524  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.02 
 
 
461 aa  352  8.999999999999999e-96  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0383  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  45.02 
 
 
461 aa  352  8.999999999999999e-96  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.29436  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2947  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  45.02 
 
 
461 aa  352  8.999999999999999e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.18168  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2896  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.02 
 
 
461 aa  352  8.999999999999999e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.662381  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0250  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.02 
 
 
461 aa  352  8.999999999999999e-96  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0898  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.02 
 
 
461 aa  352  8.999999999999999e-96  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2258  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.32 
 
 
493 aa  352  1e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196111  decreased coverage  0.00780005 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1030  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.2 
 
 
457 aa  351  2e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.255246  normal  0.215891 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3738  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.85 
 
 
490 aa  349  6e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.239334  normal  0.543617 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5314  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.65 
 
 
502 aa  349  8e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.213298  hitchhiker  0.00230622 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5563  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.85 
 
 
490 aa  349  8e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1183  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.22 
 
 
479 aa  348  9e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.167221  normal  0.634355 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0783  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.37 
 
 
495 aa  348  1e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.301138  normal  0.0118042 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2426  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.09 
 
 
441 aa  348  1e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.154425  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4903  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.79 
 
 
493 aa  346  5e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.601565  hitchhiker  0.00038265 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2963  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.39 
 
 
522 aa  345  8e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0352623  normal  0.718149 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1186  putative sigma-54 interacting transcription regulator protein  44.29 
 
 
458 aa  344  2e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.32993 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2955  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.85 
 
 
464 aa  344  2.9999999999999997e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.483673  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0960  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.45 
 
 
465 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4198  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.98 
 
 
465 aa  343  4e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2883  sigma-54 dependent transcriptional regulator  40.5 
 
 
462 aa  343  5e-93  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.71369  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0037  sigma-54 dependent transcriptional regulator  40.5 
 
 
462 aa  343  5e-93  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0812  sigma-54 dependent transcriptional regulator  40.5 
 
 
462 aa  343  5e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.141379  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2505  sigma-54 dependent transcriptional regulator  40.5 
 
 
462 aa  343  5e-93  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.988486  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0964  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.45 
 
 
465 aa  343  5e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0636  sigma-54 dependent transcriptional regulator  40.5 
 
 
462 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1029  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.85 
 
 
464 aa  342  7e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1021  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.39 
 
 
464 aa  342  9e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.100583  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1043  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.98 
 
 
465 aa  341  2e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.332951  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1084  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.98 
 
 
465 aa  341  2e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2202  sigma-54 dependent transcriptional regulator  45.9 
 
 
443 aa  341  2e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0673896  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0605  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.98 
 
 
465 aa  341  2e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.180483  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0650  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.59 
 
 
462 aa  340  4e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.614366  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0787  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.74 
 
 
464 aa  339  5.9999999999999996e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0509974 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4396  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.13 
 
 
463 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0978866  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2219  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.88 
 
 
462 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0526  sigma-54 dependent transcriptional regulator  46.35 
 
 
462 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.888522  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3308  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.86 
 
 
463 aa  335  1e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4209  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.86 
 
 
463 aa  335  1e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0604018  normal  0.226619 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0659  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.5 
 
 
458 aa  335  1e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.470108 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5813  Fis family sigma54 specific transcriptional regulator  45.15 
 
 
500 aa  335  1e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4157  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.86 
 
 
463 aa  335  1e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4207  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.18 
 
 
477 aa  334  2e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4730  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.94 
 
 
457 aa  333  5e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.483899 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1809  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.59 
 
 
463 aa  333  6e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4106  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.06 
 
 
463 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.257345  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3632  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.06 
 
 
463 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0660545  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5342  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.72 
 
 
454 aa  332  8e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5337  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.82 
 
 
473 aa  332  9e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.393989  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0604  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.96 
 
 
459 aa  331  2e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.109606  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1675  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  46.21 
 
 
629 aa  330  4e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3777  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.47 
 
 
473 aa  327  4.0000000000000003e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0128705 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0902  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  44.76 
 
 
607 aa  324  2e-87  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0386  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  44.76 
 
 
597 aa  324  2e-87  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.857446  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2529  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  44.76 
 
 
619 aa  324  3e-87  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0877  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.5 
 
 
473 aa  323  3e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.454149 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0245  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  44.76 
 
 
607 aa  324  3e-87  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2901  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.76 
 
 
624 aa  323  4e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.413973  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2841  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.76 
 
 
486 aa  323  4e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5456  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.05 
 
 
473 aa  323  4e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.373718  normal  0.24303 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2951  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  44.76 
 
 
486 aa  323  5e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.21551  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1940  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  44.69 
 
 
455 aa  322  9.999999999999999e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.525901  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2632  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.86 
 
 
457 aa  322  9.999999999999999e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3540  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.05 
 
 
465 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.4661  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4827  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.05 
 
 
465 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.115384  normal  0.224381 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1645  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.03 
 
 
456 aa  317  4e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2087  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50.49 
 
 
451 aa  316  6e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.812028  normal  0.0926911 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2498  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.74 
 
 
445 aa  313  4.999999999999999e-84  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3295  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44 
 
 
452 aa  313  4.999999999999999e-84  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0157  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.02 
 
 
448 aa  311  1e-83  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0936  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  41.65 
 
 
476 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.266088  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2349  response regulator receiver protein  46.59 
 
 
453 aa  310  2.9999999999999997e-83  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2195  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.38 
 
 
456 aa  306  6e-82  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1533  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.18 
 
 
449 aa  306  7e-82  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.104993  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0670  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.81 
 
 
453 aa  305  9.000000000000001e-82  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03284  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator, Fis family protein  45.38 
 
 
453 aa  305  2.0000000000000002e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1992  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.45 
 
 
455 aa  303  7.000000000000001e-81  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.139659  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1619  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.17 
 
 
456 aa  301  2e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0424  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  42.45 
 
 
451 aa  301  2e-80  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0197322 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0850  two component Fis family transcriptional regulator  44.57 
 
 
462 aa  300  3e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2324  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.82 
 
 
466 aa  300  4e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0534699  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1807  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.22 
 
 
454 aa  299  7e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2443  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.3 
 
 
454 aa  299  1e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>