More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2532 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2532  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
267 aa  538  9.999999999999999e-153  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0672  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.91 
 
 
268 aa  371  1e-102  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3883  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.37 
 
 
269 aa  335  5e-91  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0678915 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2339  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.48 
 
 
269 aa  333  1e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.256384 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0684  oxidoreductase  61.48 
 
 
269 aa  333  1e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.74 
 
 
269 aa  329  3e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.25 
 
 
269 aa  278  5e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00112045  normal  0.182102 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
276 aa  167  2e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.185872  hitchhiker  0.0000125896 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.64 
 
 
263 aa  165  5.9999999999999996e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
263 aa  159  4e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.101369  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.62 
 
 
267 aa  148  8e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.09 
 
 
260 aa  142  6e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.33 
 
 
274 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.446578 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
257 aa  138  7.999999999999999e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4745  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.74 
 
 
254 aa  137  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.146753  normal  0.0678899 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4043  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
254 aa  136  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.2 
 
 
263 aa  135  9e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00404736  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2921  dehydrogenase  32.58 
 
 
261 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.932836 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.2 
 
 
263 aa  134  9.999999999999999e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.03 
 
 
269 aa  132  6e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.52 
 
 
255 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1523  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.83 
 
 
269 aa  130  3e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0489  sorbitol dehydrogenase  34.81 
 
 
260 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.0000937678  hitchhiker  0.00159634 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2695  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.82 
 
 
285 aa  126  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00727931 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2723  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.65 
 
 
251 aa  126  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
250 aa  126  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
257 aa  125  7e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.8 
 
 
258 aa  124  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
286 aa  124  1e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4477  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
257 aa  124  2e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.211006  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
286 aa  124  2e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.984934 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.95 
 
 
283 aa  123  3e-27  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.419965  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3588  hypothetical protein  33.2 
 
 
254 aa  123  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00208776  normal  0.410255 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11090  Short-chain dehydrogenase/reductase  32.16 
 
 
286 aa  122  4e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.08 
 
 
256 aa  122  4e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0283651  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1429  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.11 
 
 
256 aa  122  6e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.865814 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2735  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.92 
 
 
253 aa  122  7e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.534255 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  34.72 
 
 
260 aa  122  8e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0719  sorbitol dehydrogenase  33.08 
 
 
260 aa  122  8e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000035805  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.21 
 
 
285 aa  122  8e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.566144  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3127  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.53 
 
 
253 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.984455  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3247  sorbitol dehydrogenase  33.08 
 
 
260 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0320221  normal  0.626785 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.47 
 
 
254 aa  120  1.9999999999999998e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0224  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  30.86 
 
 
255 aa  120  3e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.717009 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4842  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.71 
 
 
249 aa  119  3.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00384997  hitchhiker  0.000208801 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1178  short chain dehydrogenase  31.42 
 
 
269 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
257 aa  119  3.9999999999999996e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.313012  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.42 
 
 
249 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5929  sorbitol dehydrogenase  35.09 
 
 
258 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0236  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.21 
 
 
255 aa  119  6e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00815339 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.18 
 
 
284 aa  119  6e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.361211  hitchhiker  0.00000740353 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.95 
 
 
272 aa  119  6e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.101922  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2992  short chain dehydrogenase  31.97 
 
 
269 aa  119  6e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.64 
 
 
262 aa  119  7e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
297 aa  119  7e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0994  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.13 
 
 
248 aa  119  7e-26  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.931337 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3485  short chain dehydrogenase  31.3 
 
 
269 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2333  gluconate 5-dehydrogenase  32.7 
 
 
259 aa  118  7.999999999999999e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.885017  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.43 
 
 
266 aa  118  7.999999999999999e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00111461  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2681  short chain dehydrogenase  32.96 
 
 
263 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2487  short chain dehydrogenase  31.3 
 
 
269 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2811  short chain dehydrogenase  32.96 
 
 
263 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.06 
 
 
275 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0214725  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.23 
 
 
251 aa  118  9.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.400321  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6105  short-chain dehydrogenase/reductase  30.27 
 
 
265 aa  117  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.542291  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2639  short chain dehydrogenase  32.96 
 
 
263 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2590  short chain dehydrogenase  32.96 
 
 
263 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1255  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.46 
 
 
247 aa  118  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2705  short chain dehydrogenase  32.96 
 
 
263 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.856225  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2147  sorbitol dehydrogenase  34.72 
 
 
256 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000207425  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0669  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  30.04 
 
 
259 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0399726  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1267  short chain dehydrogenase  31.3 
 
 
259 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3298  short chain dehydrogenase  31.3 
 
 
259 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0407  short chain dehydrogenase  31.3 
 
 
259 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3487  short chain dehydrogenase  31.3 
 
 
259 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1863  glucose 1-dehydrogenase  27.47 
 
 
269 aa  116  3e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2622  sorbitol dehydrogenase  34.34 
 
 
258 aa  116  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.726937  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0392  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  31.76 
 
 
258 aa  116  3e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.87 
 
 
248 aa  116  3e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.348466  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.8 
 
 
260 aa  116  3.9999999999999997e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3449  short chain dehydrogenase  31.3 
 
 
259 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.93684  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.59 
 
 
255 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245481  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4761  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.05 
 
 
256 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.735777  normal  0.247355 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0948  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.5 
 
 
249 aa  116  3.9999999999999997e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000118605  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.95 
 
 
255 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.844576  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2582  short chain dehydrogenase  31.18 
 
 
269 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2667  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.42 
 
 
249 aa  116  3.9999999999999997e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000680764  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 
259 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1837  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.89 
 
 
258 aa  116  3.9999999999999997e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00311801  normal  0.334735 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.95 
 
 
248 aa  116  5e-25  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.253805  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2662  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.58 
 
 
266 aa  116  5e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.783199  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4376  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.91 
 
 
285 aa  115  5e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896027  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0699  sorbitol dehydrogenase  33.96 
 
 
258 aa  115  5e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.504553 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0955  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.63 
 
 
252 aa  116  5e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0684  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.53 
 
 
245 aa  116  5e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.015461  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1988  sorbitol dehydrogenase  34.34 
 
 
276 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.921173  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2598  sorbitol dehydrogenase  34.34 
 
 
276 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1212  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.16 
 
 
238 aa  116  5e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.305044  normal  0.539797 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.2 
 
 
264 aa  116  5e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.296993 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
259 aa  115  6e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.732421  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>