More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_0546 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_0546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
269 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2339  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  96.65 
 
 
269 aa  524  1e-148  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.256384 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0684  oxidoreductase  96.65 
 
 
269 aa  524  1e-148  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0672  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.48 
 
 
268 aa  335  3.9999999999999995e-91  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2532  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.74 
 
 
267 aa  329  3e-89  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3883  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.74 
 
 
269 aa  322  6e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0678915 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.68 
 
 
269 aa  296  3e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00112045  normal  0.182102 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 
263 aa  179  4e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 
276 aa  176  4e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.185872  hitchhiker  0.0000125896 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
263 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.101369  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.59 
 
 
260 aa  161  1e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.08 
 
 
274 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.446578 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.41 
 
 
267 aa  156  4e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
269 aa  155  5.0000000000000005e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 
263 aa  155  6e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00404736  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 
263 aa  155  7e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
257 aa  145  7.0000000000000006e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.313012  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2921  dehydrogenase  35.27 
 
 
261 aa  142  7e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.932836 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2723  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.14 
 
 
251 aa  136  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
262 aa  135  9e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0634  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.92 
 
 
253 aa  133  3e-30  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
284 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.361211  hitchhiker  0.00000740353 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2582  short chain dehydrogenase  31.3 
 
 
269 aa  131  9e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3588  hypothetical protein  35.38 
 
 
254 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00208776  normal  0.410255 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.08 
 
 
255 aa  130  3e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.844576  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2992  short chain dehydrogenase  30.92 
 
 
269 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1523  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.21 
 
 
269 aa  129  3e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
275 aa  129  6e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0214725  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2468  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.77 
 
 
254 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.06 
 
 
255 aa  127  1.0000000000000001e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000170009  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0588  short chain dehydrogenase  32.57 
 
 
260 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.194347  normal  0.0391008 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.63 
 
 
254 aa  127  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.708802  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.81 
 
 
286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.984934 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 
262 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
247 aa  127  3e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100219 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0934  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  33.07 
 
 
247 aa  126  4.0000000000000003e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00491532  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.12 
 
 
254 aa  126  4.0000000000000003e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3702  short chain dehydrogenase  32.57 
 
 
260 aa  125  6e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.709318  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4745  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.82 
 
 
254 aa  125  6e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.146753  normal  0.0678899 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.68 
 
 
286 aa  125  7e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0137  short chain dehydrogenase  32.18 
 
 
260 aa  125  7e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0600475  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0620  short chain dehydrogenase  32.18 
 
 
260 aa  125  7e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.822121  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0105  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.28 
 
 
248 aa  125  8.000000000000001e-28  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.42 
 
 
287 aa  125  9e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0236  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.69 
 
 
255 aa  125  9e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00815339 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4948  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.82 
 
 
250 aa  125  9e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.539161  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1940  tropinone reductase  31.25 
 
 
258 aa  124  1e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.803191  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
285 aa  124  1e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.566144  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01763  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_6G09140)  32.43 
 
 
257 aa  124  2e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.134641  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0224  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  31.87 
 
 
255 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.717009 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.83 
 
 
285 aa  124  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136189  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.83 
 
 
285 aa  124  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.27 
 
 
258 aa  123  3e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1875  tropinone reductase  31.25 
 
 
258 aa  123  3e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3485  short chain dehydrogenase  32.08 
 
 
269 aa  123  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2811  short chain dehydrogenase  31.82 
 
 
263 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2639  short chain dehydrogenase  31.82 
 
 
263 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2705  short chain dehydrogenase  31.82 
 
 
263 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.856225  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2681  short chain dehydrogenase  31.82 
 
 
263 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.47 
 
 
287 aa  123  3e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2590  short chain dehydrogenase  31.82 
 
 
263 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04045  tropinone reductase  31.64 
 
 
258 aa  123  3e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.52 
 
 
255 aa  123  4e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.25 
 
 
262 aa  123  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.526951  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.69 
 
 
260 aa  123  4e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2487  short chain dehydrogenase  32.08 
 
 
269 aa  122  5e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4043  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.21 
 
 
254 aa  122  6e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3743  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.98 
 
 
254 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1267  short chain dehydrogenase  32.08 
 
 
259 aa  122  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0407  short chain dehydrogenase  32.08 
 
 
259 aa  122  6e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3298  short chain dehydrogenase  32.08 
 
 
259 aa  122  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.59 
 
 
250 aa  122  7e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3595  tropinone reductase  33.08 
 
 
258 aa  122  8e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.855153  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3449  short chain dehydrogenase  32.08 
 
 
259 aa  122  8e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.93684  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3487  short chain dehydrogenase  32.08 
 
 
259 aa  122  9e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.31 
 
 
256 aa  122  9e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0283651  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.45 
 
 
263 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC05340  d-arabinitol 2-dehydrogenase, putative  31.64 
 
 
355 aa  121  9.999999999999999e-27  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.656485  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.2 
 
 
285 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359984 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1253  short chain dehydrogenase  32.45 
 
 
263 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0560735 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2562  short chain dehydrogenase  32.45 
 
 
263 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2712  short chain dehydrogenase  32.45 
 
 
263 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1255  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.44 
 
 
247 aa  121  9.999999999999999e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2798  short chain dehydrogenase  32.45 
 
 
263 aa  121  9.999999999999999e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.75 
 
 
253 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.476334 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
252 aa  120  3e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1651  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.38 
 
 
254 aa  120  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.44826  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.83 
 
 
246 aa  120  3e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.83 
 
 
246 aa  120  3e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0545  short chain dehydrogenase  31.15 
 
 
258 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.379815  normal  0.424655 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
254 aa  120  3e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1994  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.94 
 
 
245 aa  120  3e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3656  short chain dehydrogenase  32.08 
 
 
263 aa  120  3e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.78 
 
 
254 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4842  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.13 
 
 
249 aa  119  3.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00384997  hitchhiker  0.000208801 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3470  short chain dehydrogenase  34.48 
 
 
262 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.698077  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.08 
 
 
261 aa  119  3.9999999999999996e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.197864  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.57 
 
 
266 aa  119  4.9999999999999996e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1178  short chain dehydrogenase  30.92 
 
 
269 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.08 
 
 
250 aa  119  4.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>