More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2070 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2070  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 327 aa  664    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.83599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2847  LysR family transcriptional regulator  51.76 
 
 		 323 aa  338  9.999999999999999e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.109493  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3898  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 311 aa  236  3e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.522944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4670  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 317 aa  233  4.0000000000000004e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.632106  hitchhiker  0.00186288 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2032  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 302 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1130  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 318 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1142  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 318 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.26532 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2065  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 318 aa  225  8e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1251  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 318 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.392675  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0770  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 318 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.973031  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3902  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 319 aa  224  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4389  LysR family transcriptional regulator  36.83 
 
 		 318 aa  223  4e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1223  LysR family transcriptional regulator  36.83 
 
 		 318 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1305  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 320 aa  220  3e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.764905  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0254  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 323 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1683  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 323 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0193555  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1772  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 323 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.6565  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1144  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 320 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2081  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 320 aa  217  2e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.11964  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1161  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 323 aa  218  2e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0467249  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2533  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 320 aa  217  2e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.732036  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7812  transcriptional regulator, LysR family  41.38 
 
 		 317 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1152  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 320 aa  216  5e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0699  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 320 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1101  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 277 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0765049  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0325  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 277 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0099  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 277 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1244  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 316 aa  154  2e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0599  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 312 aa  130  2.0000000000000002e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  29.18 
 
 		 303 aa  105  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 297 aa  102  7e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  28.42 
 
 		 316 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 297 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 293 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3810  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 372 aa  97.8  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 311 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02614  transcriptional regulator LysR family  29.76 
 
 		 296 aa  97.1  4e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1630  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 296 aa  95.9  9e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.48911 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1547  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 292 aa  95.9  9e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.240499 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5348  LysR family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 320 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041705 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5257  LysR family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 320 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1247  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 298 aa  95.1  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.329564  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  28.98 
 
 		 294 aa  95.1  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4480  LysR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 320 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.678379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5397  LysR family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 320 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.547943  normal  0.012277 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1757  LysR family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 292 aa  93.6  4e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 297 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5905  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 317 aa  93.6  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.572512  normal  0.559463 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1888  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 306 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0674933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1982  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.76 
 
 		 290 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0403422 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1424  transcriptional regulator, LysR family  28.24 
 
 		 303 aa  92.4  8e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.442699 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1360  transcriptional regulator, LysR family  28.63 
 
 		 303 aa  92.4  9e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325341  normal  0.0430016 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 297 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2172  transcriptional regulator, LysR family  28.16 
 
 		 290 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.25457  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 297 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 299 aa  92  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1945  LysR family transcriptional regulator  23.31 
 
 		 300 aa  92.4  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.551445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 304 aa  90.5  3e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 300 aa  90.5  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2421  LysR substrate-binding  22.76 
 
 		 300 aa  90.9  3e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 305 aa  90.5  4e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 292 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 292 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3437  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 304 aa  90.1  5e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.395284  normal  0.657554 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4367  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 300 aa  89.7  5e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0212  LysR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 306 aa  89.7  6e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 304 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 292 aa  89.7  7e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  25.44 
 
 		 289 aa  89.7  7e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  24.92 
 
 		 316 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0380  transcriptional regulator  27.86 
 
 		 316 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2454  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 321 aa  89.4  8e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.332878  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2090  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 293 aa  89  9e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.115384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0367  LysR family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 305 aa  89  9e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.968869  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  28.32 
 
 		 306 aa  89  9e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  25.77 
 
 		 297 aa  89  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5706  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 298 aa  88.6  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0443967  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 310 aa  87.8  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5126  LysR family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 320 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.470567 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4866  transcriptional regulator, LysR family  24.32 
 
 		 304 aa  88.2  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3126  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 296 aa  88.2  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.211157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 307 aa  88.2  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.07 
 
 		 292 aa  87.8  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 302 aa  88.2  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02040  transcriptional regulator, LysR family  27.36 
 
 		 315 aa  87.8  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.65232  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1566  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 295 aa  87  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.939992  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1911  transcriptional regulator, LysR family  33.91 
 
 		 310 aa  87.4  3e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3560  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 322 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0436094  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0785  LysR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 304 aa  87.4  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.352567  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1040  transcriptional regulator, LysR family  23.66 
 
 		 306 aa  87.4  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0665507  normal  0.490523 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1461  transcriptional regulator, LysR family  31.02 
 
 		 301 aa  87  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  23.63 
 
 		 293 aa  87.4  3e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 320 aa  87.4  3e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 307 aa  87  4e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.65 
 
 		 298 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1507  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.64 
 
 		 304 aa  87  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0237757  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5494  LysR family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 312 aa  87  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5283  LysR family transcriptional regulator  23.76 
 
 		 305 aa  86.7  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.770818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02390  putative transcriptional regulator  28.19 
 
 		 305 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.125777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3084  LysR family transcriptional regulator  23.76 
 
 		 305 aa  86.7  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>