More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1393 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1393  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 308 aa  632  1e-180  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.182741 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0873  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3165  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 294 aa  149  8e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.165989  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3917  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.47 
 
 		 305 aa  136  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.217683 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1476  transcriptional regulator MetR, substrate-binding, LysR family protein  29.6 
 
 		 313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.669398 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0860  transcriptional activator MetR  29.59 
 
 		 303 aa  133  5e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4180  transcriptional activator MetR  31.37 
 
 		 305 aa  132  6e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.439628  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3390  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 308 aa  132  7.999999999999999e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.15793  normal  0.26126 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1093  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 305 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0248158  normal  0.836665 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1063  transcriptional activator MetR  31.37 
 
 		 305 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1104  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 305 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.471047  normal  0.331452 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4349  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 305 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.322044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02856  Transcriptional regulator  29.37 
 
 		 295 aa  127  3e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1555  transcriptional regulator MetR  30.63 
 
 		 306 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.99555  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17900  transcriptional regulator MetR  30.63 
 
 		 306 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4546  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.616108  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0810  LysR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 304 aa  123  4e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.174247  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4359  LysR family substrate binding transcriptional regulator  29.62 
 
 		 317 aa  122  7e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3385  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  27.14 
 
 		 294 aa  122  8e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0671  LysR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 304 aa  122  9e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.649912  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0306  transcriptional regulator, LysR family  28.94 
 
 		 310 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0196114  decreased coverage  0.0000263412 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0135  transcriptional regulator, LysR family  28.94 
 
 		 310 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0188343  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1631  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 309 aa  119  7e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.132041  normal  0.262008 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1682  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.860091 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2261  transcriptional regulator MetR  28.21 
 
 		 313 aa  116  5e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2083  transcriptional regulator, LysR family  30.24 
 
 		 309 aa  116  6e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.100684  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2696  transcriptional activator MetR  26.67 
 
 		 309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.394486 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1309  transcriptional activator MetR  27.72 
 
 		 305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00130868  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0468  transcriptional regulator MetR  27.88 
 
 		 310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.753861  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2986  transcriptional activator MetR  27.88 
 
 		 353 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.315996  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2617  transcriptional activator MetR  27.88 
 
 		 310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.17858  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0158  transcriptional activator MetR  27.88 
 
 		 310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3030  transcriptional activator protein  27.88 
 
 		 353 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2924  transcriptional activator MetR  27.88 
 
 		 353 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0989  transcriptional activator MetR  27.88 
 
 		 310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13970  transcriptional regulatory protein, MetR (LysR family)  28.78 
 
 		 332 aa  113  5e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1605  transcriptional regulator MetR  28.15 
 
 		 353 aa  113  5e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.827323  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1837  LysR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 316 aa  112  6e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3056  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 309 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.750518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4448  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 311 aa  112  8.000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.103912  normal  0.815394 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3732  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 301 aa  112  9e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3092  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 309 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02773  transcriptional regulator  25.84 
 
 		 303 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0677  putative transcriptional activator METR transcription regulator protein  27.7 
 
 		 304 aa  110  3e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0439978  normal  0.107972 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4541  transcriptional regulator, LysR family  26.98 
 
 		 305 aa  109  5e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.191603  normal  0.532762 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3469  transcriptional regulator, LysR family  26.98 
 
 		 305 aa  109  5e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0811329 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2104  LysR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 308 aa  108  8.000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136552 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2322  LysR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3203  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 300 aa  108  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0729456  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5287  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7372  LysR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 296 aa  108  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.732989  normal  0.278583 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3080  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1027  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 302 aa  107  3e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.851404 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0305  transcriptional regulator MetR  27.04 
 
 		 296 aa  106  4e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.879498  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0843  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 301 aa  106  5e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.494273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2171  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 301 aa  106  5e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5363  transcriptional regulator, LysR family  26.86 
 
 		 310 aa  106  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.782809  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3433  LysR family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 322 aa  106  5e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0160695  normal  0.459982 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1251  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 310 aa  105  8e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0346286  normal  0.880588 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4647  LysR family transcriptional regulator  24.53 
 
 		 302 aa  105  8e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.71207 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3249  transcriptional regulator, LysR family  29.04 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.930143  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0361  LysR family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 322 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.353114  normal  0.67829 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2635  LysR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 311 aa  105  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000430494  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4981  LysR family transcriptional regulator  24.53 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5176  LysR family transcriptional regulator  24.53 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55626  normal  0.248949 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2079  HTH-type transcriptional regulator  29.26 
 
 		 318 aa  104  2e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.676959  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0216  LysR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 296 aa  104  2e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.277896  hitchhiker  0.00746879 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0236  LysR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 296 aa  104  2e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.861594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0826  transcriptional regulator, LysR family protein  26.71 
 
 		 300 aa  103  4e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3916  LysR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 297 aa  102  7e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2185  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 299 aa  100  2e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2173  transcriptional regulator, LysR family  26.79 
 
 		 306 aa  100  2e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5471  LysR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 302 aa  100  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.390315  normal  0.0214131 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2987  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 299 aa  100  4e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.120469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0666  LysR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 301 aa  100  5e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3573  transcriptional regulator, LysR family  27.01 
 
 		 301 aa  100  5e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3641  LysR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 301 aa  99.8  5e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3764  LysR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 301 aa  100  5e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0637  metal dependent phosphohydrolase  26.28 
 
 		 293 aa  99.8  5e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.191049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2318  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 305 aa  99.8  5e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.174321  normal  0.376521 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1054  transcriptional regulator  26.37 
 
 		 308 aa  99.8  5e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000193494  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0617  transcriptional regulator, LysR family  24.53 
 
 		 306 aa  98.2  1e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0731  LysR, substrate-binding  26.1 
 
 		 296 aa  98.6  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0767201  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3173  LysR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 301 aa  98.6  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0079235  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2782  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 304 aa  97.8  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03759  transcriptional regulator, LysR family  24.44 
 
 		 304 aa  97.8  2e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2039  transcriptional regulator, LysR family  23.7 
 
 		 304 aa  97.8  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2570  LysR family transcriptional regulator  23.42 
 
 		 295 aa  97.8  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.271517 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3470  LysR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 301 aa  97.8  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1508  LysR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 307 aa  97.4  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000734154  hitchhiker  0.000350474 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5860  LysR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 304 aa  97.8  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.885917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1699  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 301 aa  97.8  2e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.311486  normal  0.750741 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3300  LysR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 301 aa  97.8  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.403823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0653  LysR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 301 aa  97.8  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.114009  normal  0.954509 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  26.34 
 
 		 314 aa  97.1  3e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2087  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 299 aa  97.1  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.589785  normal  0.993199 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 289 aa  97.4  3e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2628  transcriptional activator protein MetR  26.82 
 
 		 299 aa  96.7  4e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00235565  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0817  transcriptional activator protein MetR  26.64 
 
 		 301 aa  96.3  6e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4244  LysR family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 306 aa  95.9  7e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>