More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0811 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0811  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  608  1e-173  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001561  transcriptional regulator LysR family  64.91 
 
 		 296 aa  387  1e-106  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05499  transcriptional regulator  64.21 
 
 		 298 aa  382  1e-105  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2130  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  63.51 
 
 		 296 aa  380  1e-104  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.809904  hitchhiker  0.00950877 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0879  transcriptional regulator, LysR-family  61.75 
 
 		 292 aa  372  1e-102  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1817  LysR family transcriptional regulator  55.9 
 
 		 296 aa  334  1e-90  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1242  LysR family transcriptional regulator  52.56 
 
 		 293 aa  324  1e-87  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.231339  normal  0.120176 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3057  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 295 aa  235  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2695  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 298 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.698088  normal  0.563748 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4285  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 295 aa  207  2e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3863  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 307 aa  199  3.9999999999999996e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4244  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 298 aa  199  7e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.291884 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 307 aa  145  8.000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 306 aa  142  8e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 298 aa  139  4.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  30.2 
 
 		 297 aa  139  6e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 313 aa  139  7e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 316 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  30.9 
 
 		 322 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 307 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 297 aa  135  9e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 305 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 305 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 305 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 307 aa  133  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 297 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.86 
 
 		 304 aa  132  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3380  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 301 aa  133  5e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.53239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 307 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 307 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 305 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  29.9 
 
 		 305 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 312 aa  129  6e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 304 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4412  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.481295  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 300 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  28.18 
 
 		 317 aa  126  5e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 317 aa  126  5e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  28.18 
 
 		 317 aa  125  7e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 317 aa  125  7e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  28.18 
 
 		 317 aa  125  7e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 317 aa  125  7e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 301 aa  125  7e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 317 aa  125  7e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 300 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1252  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 308 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 300 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 300 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  32.76 
 
 		 300 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 300 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 300 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 300 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 300 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2509  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 314 aa  123  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.123879  normal  0.290889 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 300 aa  122  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5102  transcriptional regulator, LysR family  30.98 
 
 		 302 aa  122  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  30.38 
 
 		 300 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 313 aa  120  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1039  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 321 aa  120  3e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.204243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1556  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 309 aa  119  6e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00011369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  27.8 
 
 		 300 aa  119  6e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4814  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 299 aa  119  7e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3737  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 299 aa  119  7e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3346  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 328 aa  119  7.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 322 aa  118  9e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.89 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  29.86 
 
 		 299 aa  118  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  27.85 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  31.45 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4128  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 315 aa  117  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3664  transcriptional regulator, LysR family  30.27 
 
 		 308 aa  117  3e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1013  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 300 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1494  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 300 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 305 aa  115  6e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 300 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 300 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 300 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  28.82 
 
 		 299 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3393  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1361  transcriptional regulator, LysR family  31.07 
 
 		 309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.370021  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 295 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3338  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 295 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714315  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4635  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.646338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0162  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 302 aa  113  4.0000000000000004e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 300 aa  113  5e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 305 aa  112  8.000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 298 aa  112  8.000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0665  putative transcriptional regulator OxyR  32.67 
 
 		 301 aa  112  1.0000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 295 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0589  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 297 aa  110  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3833  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 301 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2547  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 310 aa  110  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.372947 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0709  transcriptional regulator OxyR, putative  32.27 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0576  transcriptional regulator  29.22 
 
 		 289 aa  110  3e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>