More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_35300 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_35300  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  100 
 
 
301 aa  593  1e-169  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.23608  normal  0.449954 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0352  periplasmic solute binding protein  44.67 
 
 
296 aa  223  3e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2641  periplasmic solute binding protein  42.21 
 
 
321 aa  223  3e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4923  periplasmic solute binding protein  42.61 
 
 
316 aa  212  5.999999999999999e-54  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0986  periplasmic solute binding protein  43.6 
 
 
312 aa  191  2e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.566713  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2376  periplasmic solute binding protein  40 
 
 
328 aa  188  1e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000812872 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0239  periplasmic solute binding protein  42.86 
 
 
310 aa  178  9e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.527409  hitchhiker  0.00481833 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5320  periplasmic solute binding protein  38.56 
 
 
343 aa  177  2e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.723333 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0611  periplasmic solute binding protein  38.01 
 
 
298 aa  169  4e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12096  hypothetical protein  42.52 
 
 
511 aa  161  1e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000121377  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1454  periplasmic solute binding protein  35.83 
 
 
339 aa  157  2e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1169  periplasmic solute binding protein  31.1 
 
 
317 aa  145  6e-34  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.693162  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5104  periplasmic solute binding protein  35.52 
 
 
298 aa  143  4e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.861086  normal  0.244188 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4719  periplasmic solute binding protein  34.83 
 
 
298 aa  139  7e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.98693  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4805  periplasmic solute binding protein  34.83 
 
 
298 aa  139  7e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.457429  normal  0.308806 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0754  periplasmic solute binding protein  33.22 
 
 
310 aa  134  9.999999999999999e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.130073 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0602  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein, putative  33.33 
 
 
294 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1188  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  27.92 
 
 
308 aa  135  9.999999999999999e-31  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2613  periplasmic solute binding protein  32.16 
 
 
312 aa  130  3e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.340349  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0216  periplasmic solute binding protein  27.63 
 
 
303 aa  129  4.0000000000000003e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000799126  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1722  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  25.75 
 
 
308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000557387  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0747  Mn2+/Zn2+ ABC transporter periplasmic protein  28.22 
 
 
398 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.209831  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0292  periplasmic solute binding protein  32.14 
 
 
329 aa  127  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3249  periplasmic solute binding protein  33.67 
 
 
322 aa  127  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.284399  normal  0.365665 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0717  ABC Mn2+/Zn2+ transporter, periplasmic ligand binding protein  32.77 
 
 
330 aa  125  7e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0454927  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2086  periplasmic solute binding protein  32.23 
 
 
330 aa  124  3e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2019  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  25.08 
 
 
293 aa  123  4e-27  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.387589  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2624  periplasmic solute binding protein  30.24 
 
 
303 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.522948  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1279  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  25.64 
 
 
297 aa  118  9.999999999999999e-26  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000395362  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0697  periplasmic solute binding protein  30.07 
 
 
313 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.669096 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0883  metal ion ABC transporter periplasmic protein  27.05 
 
 
307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.194298  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0487  periplasmic solute binding protein  31.86 
 
 
309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0440527  hitchhiker  0.00169017 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1990  periplasmic solute binding protein  29.9 
 
 
303 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.738154  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2600  periplasmic solute binding protein  29.9 
 
 
303 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0866  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  30.8 
 
 
320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0870  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  30.45 
 
 
320 aa  114  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.812377  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1029  ABC transporter substrate binding protein  30.45 
 
 
393 aa  113  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421036  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0074  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  30.45 
 
 
312 aa  113  3e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2460  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  30.45 
 
 
320 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0328  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein, putative  30.45 
 
 
291 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.344237  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0626  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  30.45 
 
 
320 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.695512  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2516  periplasmic solute binding protein  29.82 
 
 
304 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.322122 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3195  periplasmic solute binding protein  30.29 
 
 
309 aa  109  4.0000000000000004e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0732077 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1958  periplasmic solute binding protein  29.93 
 
 
297 aa  109  5e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2479  periplasmic solute binding protein  29.37 
 
 
324 aa  109  5e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.958913  normal  0.0425697 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2648  periplasmic solute binding protein  29.64 
 
 
304 aa  109  5e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0599  periplasmic solute binding family protein  24.83 
 
 
350 aa  108  1e-22  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5931  ABC heavy metal transporter, periplasmic ligand binding protein  29.5 
 
 
304 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0803  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  25.42 
 
 
296 aa  107  2e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.000167329  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2369  periplasmic solute binding protein  31.94 
 
 
306 aa  103  3e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00739211  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0690  ABC transporter solute-binding protein  29.24 
 
 
333 aa  102  8e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1972  periplasmic solute binding protein  24.75 
 
 
303 aa  80.9  0.00000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1578  periplasmic solute binding protein  24.67 
 
 
314 aa  79.7  0.00000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02035  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  25 
 
 
303 aa  77  0.0000000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2025  putative adhesion lipoprotein  28.19 
 
 
316 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2998  periplasmic solute binding protein  25.53 
 
 
328 aa  73.9  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000688581  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3284  putative adhesion lipoprotein  27.87 
 
 
316 aa  73.2  0.000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1526  periplasmic solute binding protein  28.18 
 
 
316 aa  73.2  0.000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2852  putative adhesion protein  26.42 
 
 
314 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33560  putative adhesion protein  29.08 
 
 
317 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000392177  normal  0.054682 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1851  high-affinity zinc uptake system periplasmic-binding protein  21.77 
 
 
316 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.623587  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1841  high-affinity zinc uptake system periplasmic-binding protein  21.77 
 
 
316 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.18542  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1885  periplasmic solute binding protein  26.78 
 
 
316 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0182568  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1889  adhesion lipoprotein  21.77 
 
 
316 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.994637  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2035  adhesion lipoprotein  21.77 
 
 
316 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2103  adhesion lipoprotein  25.81 
 
 
316 aa  70.1  0.00000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4184  periplasmic solute binding protein  22.08 
 
 
307 aa  70.1  0.00000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0757118  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3282  periplasmic solute binding protein  24.5 
 
 
311 aa  70.5  0.00000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2115  periplasmic solute binding protein  27.55 
 
 
300 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.181464  normal  0.0892527 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0059  periplasmic solute binding protein  27.91 
 
 
309 aa  68.9  0.00000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0222  periplasmic solute binding protein  25.36 
 
 
306 aa  68.6  0.0000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2090  periplasmic solute binding protein  28.8 
 
 
300 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.261111  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2043  periplasmic solute binding protein  30.89 
 
 
353 aa  68.2  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000010108  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1724  periplasmic solute binding protein  27.64 
 
 
309 aa  68.2  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.147475  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3927  periplasmic solute binding protein  23.37 
 
 
309 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.51869  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2136  putative adhesion lipoprotein  25.27 
 
 
316 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2025  Mn/Zn ABC transporter, substrate-binding protein  24.09 
 
 
305 aa  66.6  0.0000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31330  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  27.05 
 
 
305 aa  66.6  0.0000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1968  periplasmic solute binding protein  27.23 
 
 
300 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0427869 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3801  periplasmic solute binding protein  27.23 
 
 
300 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142921  normal  0.42718 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13680  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  25.16 
 
 
320 aa  66.2  0.0000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.785587 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2141  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  24.19 
 
 
317 aa  65.9  0.0000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5758  periplasmic solute binding protein  28.26 
 
 
319 aa  65.5  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0625952  normal  0.457372 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1533  manganese ABC transporter, manganese-binding adhesion liprotein  20.31 
 
 
308 aa  64.7  0.000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000021133  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1951  periplasmic solute binding protein  24 
 
 
310 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0524661  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06745  hypothetical protein  27.31 
 
 
311 aa  64.3  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3704  periplasmic solute binding protein  28.08 
 
 
316 aa  64.7  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.474771  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0928  periplasmic solute binding protein  27.78 
 
 
305 aa  64.7  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.664518  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0278  periplasmic solute binding protein  20.66 
 
 
293 aa  64.7  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.664498  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3101  periplasmic solute binding protein  26.98 
 
 
309 aa  64.3  0.000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal  0.191751 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2478  ribulose-phosphate 3-epimerase  19.69 
 
 
515 aa  64.3  0.000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00360703  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2430  ribulose-phosphate 3-epimerase  19.69 
 
 
515 aa  64.3  0.000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000562899  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0350  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.07 
 
 
315 aa  63.9  0.000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0328  periplasmic solute binding protein  27.72 
 
 
323 aa  63.5  0.000000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2149  periplasmic solute binding protein  27.11 
 
 
300 aa  63.5  0.000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2875  periplasmic solute binding protein  28.16 
 
 
309 aa  63.5  0.000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.279263  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1915  periplasmic solute binding protein  26.89 
 
 
365 aa  63.5  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.163703  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2111  high-affinity zinc transporter periplasmic component  27.69 
 
 
339 aa  63.2  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0209857  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2183  periplasmic solute binding protein  27.3 
 
 
311 aa  63.2  0.000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.143573 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0833  periplasmic solute binding protein  26.5 
 
 
345 aa  63.2  0.000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>