177 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0599 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0599  periplasmic solute binding family protein  100 
 
 		 350 aa  723    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0747  Mn2+/Zn2+ ABC transporter periplasmic protein  43.42 
 
 		 398 aa  260  3e-68  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.209831  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0883  metal ion ABC transporter periplasmic protein  33.33 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.194298  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1958  periplasmic solute binding protein  27.8 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0352  periplasmic solute binding protein  26.94 
 
 		 296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1169  periplasmic solute binding protein  25.66 
 
 		 317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.693162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0487  periplasmic solute binding protein  29.32 
 
 		 309 aa  114  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0440527  hitchhiker  0.00169017 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5320  periplasmic solute binding protein  24.32 
 
 		 343 aa  111  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.723333 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12096  hypothetical protein  25 
 
 		 511 aa  108  2e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000121377  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5104  periplasmic solute binding protein  27.5 
 
 		 298 aa  107  3e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.861086  normal  0.244188 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0697  periplasmic solute binding protein  27.72 
 
 		 313 aa  106  5e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.669096 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4719  periplasmic solute binding protein  27.63 
 
 		 298 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.98693  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4805  periplasmic solute binding protein  27.63 
 
 		 298 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.457429  normal  0.308806 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3195  periplasmic solute binding protein  25.9 
 
 		 309 aa  105  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0732077 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3249  periplasmic solute binding protein  27 
 
 		 322 aa  104  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.284399  normal  0.365665 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1990  periplasmic solute binding protein  28.89 
 
 		 303 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.738154  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2600  periplasmic solute binding protein  28.89 
 
 		 303 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0717  ABC Mn2+/Zn2+ transporter, periplasmic ligand binding protein  26.12 
 
 		 330 aa  103  6e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0454927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0216  periplasmic solute binding protein  22.79 
 
 		 303 aa  103  6e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000799126  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2624  periplasmic solute binding protein  28.89 
 
 		 303 aa  103  6e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.522948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1188  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  23.47 
 
 		 308 aa  101  2e-20  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0803  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  25.17 
 
 		 296 aa  100  3e-20  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.000167329  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0328  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein, putative  27.38 
 
 		 291 aa  98.2  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.344237  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1029  ABC transporter substrate binding protein  27.27 
 
 		 393 aa  97.8  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421036  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5931  ABC heavy metal transporter, periplasmic ligand binding protein  28.57 
 
 		 304 aa  97.8  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0626  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  27.38 
 
 		 320 aa  98.2  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.695512  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2460  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  27.38 
 
 		 320 aa  98.2  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0870  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  27.38 
 
 		 320 aa  97.8  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.812377  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0074  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  27.38 
 
 		 312 aa  98.2  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2648  periplasmic solute binding protein  28.02 
 
 		 304 aa  96.7  5e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2516  periplasmic solute binding protein  26.64 
 
 		 304 aa  96.7  6e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.322122 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0866  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  27.27 
 
 		 320 aa  96.7  6e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0690  ABC transporter solute-binding protein  27.38 
 
 		 333 aa  95.5  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2086  periplasmic solute binding protein  26.69 
 
 		 330 aa  94.7  2e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1279  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  24.01 
 
 		 297 aa  94  3e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000395362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0754  periplasmic solute binding protein  23.97 
 
 		 310 aa  94.4  3e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.130073 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1454  periplasmic solute binding protein  23.89 
 
 		 339 aa  94.4  3e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1722  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  24.41 
 
 		 308 aa  93.6  4e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000557387  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4923  periplasmic solute binding protein  24.8 
 
 		 316 aa  93.6  4e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0611  periplasmic solute binding protein  23.34 
 
 		 298 aa  93.6  5e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0602  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein, putative  24.16 
 
 		 294 aa  93.6  5e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2479  periplasmic solute binding protein  26.05 
 
 		 324 aa  90.1  5e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.958913  normal  0.0425697 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2641  periplasmic solute binding protein  22.33 
 
 		 321 aa  90.1  6e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0986  periplasmic solute binding protein  23.18 
 
 		 312 aa  87  5e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.566713  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35300  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  25.37 
 
 		 301 aa  86.7  6e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.23608  normal  0.449954 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2376  periplasmic solute binding protein  24.05 
 
 		 328 aa  85.5  0.000000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000812872 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2613  periplasmic solute binding protein  23.99 
 
 		 312 aa  83.6  0.000000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.340349  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0292  periplasmic solute binding protein  23.13 
 
 		 329 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2019  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  22.75 
 
 		 293 aa  73.9  0.000000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.387589  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2419  zinc ABC transporter substrate-binding protein  29.94 
 
 		 280 aa  70.9  0.00000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0902077  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1215  periplasmic solute binding protein  21.45 
 
 		 309 aa  67.8  0.0000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2369  periplasmic solute binding protein  22.14 
 
 		 306 aa  66.2  0.0000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00739211  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0278  periplasmic solute binding protein  27.61 
 
 		 293 aa  63.5  0.000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.664498  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0239  periplasmic solute binding protein  21.95 
 
 		 310 aa  63.2  0.000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.527409  hitchhiker  0.00481833 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0547  periplasmic solute binding protein  23.39 
 
 		 318 aa  62.8  0.000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.624279  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13190  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  22.62 
 
 		 320 aa  62.4  0.00000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0992578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18350  periplasmic solute binding protein  22.06 
 
 		 308 aa  61.6  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000303257  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2190  periplasmic solute binding protein  22.89 
 
 		 287 aa  60.1  0.00000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000321353  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2656  periplasmic solute binding protein  25.64 
 
 		 301 aa  60.1  0.00000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.149358 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0930  periplasmic solute binding protein  27.06 
 
 		 292 aa  58.9  0.0000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.933909  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2784  periplasmic solute binding protein  26.17 
 
 		 301 aa  58.5  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199172  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2043  periplasmic solute binding protein  21.76 
 
 		 353 aa  57.8  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000010108  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0084  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  22.3 
 
 		 304 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.224306  hitchhiker  0.0000000789185 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1681  periplasmic solute binding protein  24.53 
 
 		 277 aa  56.6  0.0000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0282  periplasmic solute binding protein  22.31 
 
 		 346 aa  56.6  0.0000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000440667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3392  periplasmic solute binding protein  33.33 
 
 		 320 aa  56.6  0.0000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00563427  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10491  ABC transporter substrate-binding protein  22.22 
 
 		 320 aa  56.6  0.0000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.232212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2413  ABC transporter, substrate-binding protein  23.72 
 
 		 298 aa  56.6  0.0000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.423087  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3171  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  21.15 
 
 		 305 aa  55.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.866924 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3066  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  21.15 
 
 		 305 aa  55.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.354258  normal  0.0719754 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0297  periplasmic solute binding protein  23.53 
 
 		 316 aa  55.5  0.000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0234277  normal  0.0497295 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3014  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  21.15 
 
 		 305 aa  55.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0700149 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3050  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  20.83 
 
 		 305 aa  54.7  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0195762 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2983  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  20.83 
 
 		 305 aa  54.7  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1041  periplasmic solute binding protein  23.91 
 
 		 303 aa  55.1  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203742 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1102  periplasmic solute binding protein  21.39 
 
 		 282 aa  54.7  0.000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2125  ABC transporter, substrate-binding protein  23.26 
 
 		 298 aa  54.7  0.000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.570615  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3500  periplasmic solute binding protein  31.03 
 
 		 312 aa  54.3  0.000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.639001  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2227  periplasmic solute binding protein  33.62 
 
 		 327 aa  53.9  0.000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.82387 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1123  periplasmic solute binding protein  26.35 
 
 		 292 aa  54.3  0.000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000244311  unclonable  0.0000000116493 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2430  ribulose-phosphate 3-epimerase  32.65 
 
 		 515 aa  53.5  0.000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000562899  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2478  ribulose-phosphate 3-epimerase  32.65 
 
 		 515 aa  53.5  0.000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00360703  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0184  laminin-binding surface protein  22.55 
 
 		 317 aa  53.5  0.000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.570136  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0703  periplasmic solute binding protein  25.17 
 
 		 292 aa  53.5  0.000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.326839  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0278  laminin-binding surface protein  22.55 
 
 		 317 aa  53.5  0.000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2051  periplasmic solute binding protein  33.72 
 
 		 303 aa  53.1  0.000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0478383  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1111  periplasmic solute binding protein  20.35 
 
 		 303 aa  53.1  0.000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1612  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  21.74 
 
 		 294 aa  52.8  0.000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0432091  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0653  periplasmic solute binding protein  25.93 
 
 		 292 aa  52.8  0.000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0833  periplasmic solute binding protein  31.31 
 
 		 345 aa  52.8  0.000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2081  adhesion lipoprotein, putative  27.55 
 
 		 315 aa  52.4  0.00001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.24614  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1601  periplasmic solute binding protein  23.16 
 
 		 325 aa  52.4  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1388  periplasmic solute binding protein  19.5 
 
 		 312 aa  52.8  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.156852  normal  0.503002 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0370  periplasmic solute binding protein  24.86 
 
 		 309 aa  52.4  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1142  periplasmic solute binding protein  33.33 
 
 		 307 aa  51.2  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.987303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3176  periplasmic solute binding protein  35.21 
 
 		 292 aa  51.6  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1705  chelated iron ABC transporter, periplasmic iron binding protein YfeA  23.02 
 
 		 311 aa  51.2  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2630  periplasmic-binding protein  23.02 
 
 		 322 aa  51.6  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00574815  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1815  periplasmic solute binding protein  23.02 
 
 		 322 aa  51.6  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.566125  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3170  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  21.85 
 
 		 304 aa  51.2  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.857236  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>