More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_2516 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010551  BamMC406_2516  periplasmic solute binding protein  100 
 
 
304 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.322122 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2648  periplasmic solute binding protein  98.03 
 
 
304 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1990  periplasmic solute binding protein  91.42 
 
 
303 aa  537  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.738154  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2624  periplasmic solute binding protein  91.75 
 
 
303 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.522948  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2600  periplasmic solute binding protein  91.42 
 
 
303 aa  537  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5931  ABC heavy metal transporter, periplasmic ligand binding protein  94.16 
 
 
304 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0697  periplasmic solute binding protein  81.73 
 
 
313 aa  503  1e-141  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.669096 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0866  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  81.51 
 
 
320 aa  437  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1029  ABC transporter substrate binding protein  80.75 
 
 
393 aa  436  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421036  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0870  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  80.75 
 
 
320 aa  435  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.812377  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0074  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  80.38 
 
 
312 aa  432  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2460  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  80.38 
 
 
320 aa  433  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0328  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein, putative  80.38 
 
 
291 aa  431  1e-120  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.344237  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0626  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  80.38 
 
 
320 aa  433  1e-120  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.695512  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3249  periplasmic solute binding protein  70.89 
 
 
322 aa  423  1e-117  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.284399  normal  0.365665 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0690  ABC transporter solute-binding protein  75.52 
 
 
333 aa  421  1e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0717  ABC Mn2+/Zn2+ transporter, periplasmic ligand binding protein  69.73 
 
 
330 aa  419  1e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0454927  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0487  periplasmic solute binding protein  69.79 
 
 
309 aa  404  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0440527  hitchhiker  0.00169017 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0754  periplasmic solute binding protein  44.6 
 
 
310 aa  238  6.999999999999999e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.130073 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0602  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein, putative  46.59 
 
 
294 aa  237  2e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1958  periplasmic solute binding protein  43.87 
 
 
297 aa  224  1e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1169  periplasmic solute binding protein  38.87 
 
 
317 aa  212  4.9999999999999996e-54  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.693162  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1188  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  36.52 
 
 
308 aa  209  6e-53  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0292  periplasmic solute binding protein  41.52 
 
 
329 aa  207  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2479  periplasmic solute binding protein  38.49 
 
 
324 aa  205  6e-52  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.958913  normal  0.0425697 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2613  periplasmic solute binding protein  41.29 
 
 
312 aa  201  1.9999999999999998e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.340349  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3195  periplasmic solute binding protein  39.1 
 
 
309 aa  193  3e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0732077 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0803  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  36.88 
 
 
296 aa  191  2e-47  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.000167329  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0216  periplasmic solute binding protein  34.87 
 
 
303 aa  183  4.0000000000000006e-45  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000799126  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2369  periplasmic solute binding protein  41.01 
 
 
306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00739211  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2019  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  34.24 
 
 
293 aa  176  3e-43  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.387589  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2086  periplasmic solute binding protein  35.31 
 
 
330 aa  176  3e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4923  periplasmic solute binding protein  40.07 
 
 
316 aa  176  4e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0239  periplasmic solute binding protein  38.29 
 
 
310 aa  170  3e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.527409  hitchhiker  0.00481833 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1454  periplasmic solute binding protein  39.02 
 
 
339 aa  169  5e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5320  periplasmic solute binding protein  35.15 
 
 
343 aa  160  3e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.723333 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1722  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  29.93 
 
 
308 aa  152  5.9999999999999996e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000557387  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5104  periplasmic solute binding protein  38.46 
 
 
298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.861086  normal  0.244188 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2376  periplasmic solute binding protein  33.9 
 
 
328 aa  147  3e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000812872 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4719  periplasmic solute binding protein  38.1 
 
 
298 aa  146  5e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.98693  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4805  periplasmic solute binding protein  38.1 
 
 
298 aa  146  5e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.457429  normal  0.308806 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0883  metal ion ABC transporter periplasmic protein  32.2 
 
 
307 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.194298  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2641  periplasmic solute binding protein  32.81 
 
 
321 aa  144  2e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0611  periplasmic solute binding protein  37.5 
 
 
298 aa  144  3e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0986  periplasmic solute binding protein  35.06 
 
 
312 aa  138  1e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.566713  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0352  periplasmic solute binding protein  35.56 
 
 
296 aa  138  1e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1279  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  27.99 
 
 
297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000395362  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12096  hypothetical protein  34.28 
 
 
511 aa  132  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000121377  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35300  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  31.12 
 
 
301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.23608  normal  0.449954 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0747  Mn2+/Zn2+ ABC transporter periplasmic protein  30.11 
 
 
398 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.209831  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3176  periplasmic solute binding protein  30.94 
 
 
292 aa  114  1.0000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0599  periplasmic solute binding family protein  27.09 
 
 
350 aa  108  1e-22  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0030  periplasmic solute binding protein  27.41 
 
 
313 aa  107  2e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1062  ABC transporter substrate binding protein  30.17 
 
 
298 aa  105  8e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5661  periplasmic solute binding protein  29.61 
 
 
291 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2784  periplasmic solute binding protein  28.43 
 
 
301 aa  103  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199172  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2635  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  26.95 
 
 
298 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0828517  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0653  periplasmic solute binding protein  28.52 
 
 
292 aa  100  3e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2051  periplasmic solute binding protein  27.18 
 
 
303 aa  100  3e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0478383  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0180  periplasmic solute binding protein  30.1 
 
 
301 aa  100  4e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.946938  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0703  periplasmic solute binding protein  27.56 
 
 
292 aa  99.4  6e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.326839  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2368  periplasmic solute binding protein  26.6 
 
 
298 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000358992  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3532  periplasmic solute binding protein  27.21 
 
 
292 aa  97.8  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2227  periplasmic solute binding protein  28.28 
 
 
327 aa  97.1  3e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.82387 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3681  periplasmic solute binding protein  26.37 
 
 
292 aa  94.4  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0678  periplasmic solute binding protein  30.13 
 
 
299 aa  94.4  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0630556 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4557  periplasmic solute binding protein  28.09 
 
 
304 aa  93.2  5e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.667309  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5737  periplasmic solute binding protein  28.46 
 
 
302 aa  92.8  7e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2656  periplasmic solute binding protein  28.92 
 
 
301 aa  92  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.149358 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0623  periplasmic solute binding protein  29.93 
 
 
299 aa  90.9  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.917925 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2898  periplasmic solute binding protein  28.12 
 
 
301 aa  90.1  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.910422  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1123  periplasmic solute binding protein  27.41 
 
 
292 aa  89.7  5e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000244311  unclonable  0.0000000116493 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1341  ABC transporter substrate-binding protein  32.77 
 
 
291 aa  89.4  7e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.328207 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2149  periplasmic solute binding protein  26.61 
 
 
300 aa  89.4  7e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3426  periplasmic solute binding protein  28.9 
 
 
313 aa  88.6  1e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.525736  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3704  periplasmic solute binding protein  26.44 
 
 
316 aa  88.2  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.474771  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3560  periplasmic solute binding protein  28.3 
 
 
307 aa  87  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.24573 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2645  periplasmic solute binding protein  27.78 
 
 
317 aa  87  3e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2043  periplasmic solute binding protein  24.49 
 
 
353 aa  87  3e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000010108  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4030  periplasmic solute binding protein  28.99 
 
 
305 aa  86.3  5e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0298524  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1681  periplasmic solute binding protein  29.41 
 
 
277 aa  86.3  5e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1142  periplasmic solute binding protein  28.57 
 
 
307 aa  86.3  6e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.987303  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3101  periplasmic solute binding protein  29.23 
 
 
309 aa  85.9  7e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal  0.191751 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0328  periplasmic solute binding protein  25.65 
 
 
323 aa  85.9  9e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0370  periplasmic solute binding protein  29.71 
 
 
309 aa  85.1  0.000000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1278  periplasmic solute binding protein  31.22 
 
 
315 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2875  periplasmic solute binding protein  29.28 
 
 
309 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.279263  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2553  periplasmic solute binding protein  28.51 
 
 
319 aa  84.3  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3392  periplasmic solute binding protein  27.92 
 
 
320 aa  84.7  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00563427  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0547  periplasmic solute binding protein  24.57 
 
 
318 aa  84.3  0.000000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.624279  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1316  Mn transporter MntC  25.6 
 
 
345 aa  84  0.000000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.832277  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1533  manganese ABC transporter, manganese-binding adhesion liprotein  23.97 
 
 
308 aa  83.2  0.000000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000021133  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0916  periplasmic solute binding protein  28.72 
 
 
307 aa  83.2  0.000000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.357489  normal  0.451592 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1972  periplasmic solute binding protein  24.47 
 
 
303 aa  82.8  0.000000000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0053  periplasmic solute binding protein  27.99 
 
 
313 aa  82  0.00000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0166309  normal  0.103773 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4830  periplasmic solute binding protein  25.09 
 
 
294 aa  82  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5758  periplasmic solute binding protein  35.82 
 
 
319 aa  82  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0625952  normal  0.457372 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1397  periplasmic solute binding protein  25.1 
 
 
299 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.682117  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1312  periplasmic solute binding protein  27.08 
 
 
306 aa  81.3  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3553  periplasmic solute binding protein  30.81 
 
 
306 aa  81.3  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00157548  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>