187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4172 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_4172  periplasmic sugar-binding protein, putative  100 
 
 
348 aa  722    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0349  periplasmic sugar-binding protein, putative  48.2 
 
 
348 aa  329  5.0000000000000004e-89  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.748308  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0355  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  47.6 
 
 
341 aa  326  3e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4134  periplasmic sugar-binding protein, putative  47.43 
 
 
342 aa  324  1e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3671  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  47.31 
 
 
341 aa  323  3e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.669909  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4037  periplasmic sugar-binding protein, putative  48.24 
 
 
342 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4015  periplasmic sugar-binding protein, putative  47.13 
 
 
342 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3939  periplasmic sugar-binding protein, putative  48.24 
 
 
342 aa  318  6e-86  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3287  periplasmic sugar-binding protein  45.09 
 
 
337 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3323  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.4 
 
 
358 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.796587 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2149  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.11 
 
 
366 aa  150  4e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00186046  normal  0.396691 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2372  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.94 
 
 
358 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3110  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.07 
 
 
357 aa  149  6e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4053  periplasmic sugar-binding protein, putative  28.52 
 
 
387 aa  149  7e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.299221  normal  0.087362 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1979  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.1 
 
 
358 aa  143  5e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.744859  normal  0.0549278 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1885  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.03 
 
 
358 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2463  sugar-binding domain-containing protein  26.64 
 
 
366 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.155285  hitchhiker  0.00853045 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2881  periplasmic sugar-binding protein, putative  27.67 
 
 
367 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.333959  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2731  periplasmic sugar-binding domain protein  25.38 
 
 
357 aa  109  6e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.223231  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3835  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.55 
 
 
388 aa  80.5  0.00000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0841  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  20 
 
 
399 aa  66.2  0.0000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5265  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  30 
 
 
322 aa  62  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.108745  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03960  D-allose transporter subunit  31.78 
 
 
311 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3938  D-allose transporter subunit  31.78 
 
 
311 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03920  hypothetical protein  31.78 
 
 
311 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3903  Monosaccharide-transporting ATPase  31.78 
 
 
311 aa  61.2  0.00000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4554  D-allose transporter subunit  31.78 
 
 
313 aa  61.2  0.00000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3087  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 
343 aa  58.2  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.154884  normal  0.401469 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2825  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  21.81 
 
 
316 aa  57.8  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.223477  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3269  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.84 
 
 
330 aa  57.4  0.0000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.605596  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1336  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  31.03 
 
 
312 aa  57.4  0.0000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.454554 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0508  LacI family transcription regulator  42.86 
 
 
351 aa  56.6  0.0000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000735974 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1110  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  31.82 
 
 
334 aa  56.6  0.0000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.963711  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3044  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.98 
 
 
330 aa  56.2  0.0000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0713  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.37 
 
 
333 aa  55.8  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0832389  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3673  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  24.31 
 
 
320 aa  54.7  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.475948  normal  0.0840076 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4864  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  27.53 
 
 
321 aa  55.1  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  44.64 
 
 
333 aa  54.3  0.000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0964  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  24.31 
 
 
320 aa  53.9  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4334  Monosaccharide-transporting ATPase  30.48 
 
 
327 aa  53.5  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.731249 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2242  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  23.76 
 
 
321 aa  53.1  0.000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.853779  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2204  monosaccharide-transporting ATPase  31.78 
 
 
335 aa  52.8  0.000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00482964  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2856  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 
339 aa  52  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.669064  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2807  monosaccharide-transporting ATPase  30.48 
 
 
326 aa  52.8  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4597  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.48 
 
 
328 aa  52.4  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0491755 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10520  monosaccharide-binding protein  24.35 
 
 
366 aa  51.6  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0266  putative sugar ABC transporter periplasmic sugar-binding protein ABC transporter  29.46 
 
 
341 aa  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0767  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  29.36 
 
 
312 aa  51.6  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000173406  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2399  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.03 
 
 
351 aa  51.2  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2456  LacI family transcription regulator  33.63 
 
 
352 aa  51.2  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2026  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.31 
 
 
320 aa  51.2  0.00003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22080  periplasmic sugar-binding protein  25.93 
 
 
333 aa  50.8  0.00004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3491  transcriptional regulator, LacI family  36.26 
 
 
349 aa  50.4  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.201292  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2263  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.86 
 
 
320 aa  50.1  0.00005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1860  transcriptional regulator, LacI family  36.84 
 
 
338 aa  50.1  0.00006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01070  monosaccharide-binding protein  23.5 
 
 
319 aa  50.1  0.00006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3659  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.21 
 
 
353 aa  49.7  0.00007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2367  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  28.93 
 
 
319 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.107926  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3428  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.76 
 
 
377 aa  48.5  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00746761  hitchhiker  0.000105285 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4364  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.2 
 
 
371 aa  49.3  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0398536  normal  0.0596861 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2454  monosaccharide-transporting ATPase  28.07 
 
 
319 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1997  ABC ribose transporter, periplasmic ligand binding protein  30.97 
 
 
320 aa  48.5  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.192656  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1401  ribose ABC transporter, substrate binding protein  28.45 
 
 
315 aa  48.5  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1857  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.44 
 
 
322 aa  48.1  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.566225  hitchhiker  0.00271003 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2151  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.08 
 
 
319 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.144836  normal  0.707296 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1956  monosaccharide-transporting ATPase  28.18 
 
 
318 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0141518 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7364  ABC transporter substrate binding protein  25.2 
 
 
316 aa  47.8  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.180283  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2781  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.39 
 
 
349 aa  47.8  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.21 
 
 
311 aa  47.8  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3267  transcriptional regulator, LacI family  28.46 
 
 
361 aa  47.8  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2825  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.39 
 
 
349 aa  47.8  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.582042  normal  0.0535027 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2808  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.39 
 
 
349 aa  47.8  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.122332  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3236  monosaccharide-transporting ATPase  28.07 
 
 
319 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.271334  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1237  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.09 
 
 
318 aa  47.8  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0190495  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1812  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  24.11 
 
 
297 aa  47  0.0004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4745  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  28.18 
 
 
316 aa  47.4  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.193376  normal  0.645584 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1126  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.18 
 
 
316 aa  47.4  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.217978  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2185  LacI family transcription regulator  35.11 
 
 
339 aa  47.4  0.0004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1606  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.18 
 
 
316 aa  47.4  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.099451  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1583  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.18 
 
 
316 aa  47.4  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0401008  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0810  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  24.11 
 
 
297 aa  47  0.0004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1101  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  24.11 
 
 
297 aa  47  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  32.93 
 
 
339 aa  47.4  0.0004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2074  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  24.11 
 
 
297 aa  47  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2666  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  29.63 
 
 
372 aa  47.4  0.0004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.157111  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2999  transcriptional regulator AscG  29.7 
 
 
337 aa  47.4  0.0004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1631  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.18 
 
 
316 aa  47.4  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.817449  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3492  monosaccharide-transporting ATPase  28.07 
 
 
319 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.324039 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1922  solute-binding protein  26.77 
 
 
372 aa  47  0.0005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1793  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  24.11 
 
 
342 aa  47  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.155472  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2109  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.74 
 
 
332 aa  47  0.0005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0292423  normal  0.0717969 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  20.29 
 
 
321 aa  47  0.0005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0870  LacI family transcription regulator  37.5 
 
 
328 aa  47  0.0005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0362  carbohydrate ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  24.11 
 
 
342 aa  47  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2379  hypothetical protein  25.29 
 
 
370 aa  46.6  0.0006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.625512  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0419  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  21.94 
 
 
333 aa  46.6  0.0006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3058  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  29.63 
 
 
370 aa  46.6  0.0007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0062327 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000600  sucrose operon repressor ScrR LacI family  25.19 
 
 
328 aa  46.6  0.0007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0144892  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02564  DNA-binding transcriptional repressor  28.71 
 
 
337 aa  46.2  0.0008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02529  hypothetical protein  28.71 
 
 
337 aa  46.2  0.0008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>