More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1317 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1317  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  619  1e-176  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00079533 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2206  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000518708  hitchhiker  0.000125224 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0198  putative transcriptional regulator  36.52 
 
 		 296 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01500  putative transcriptional regulator  35.35 
 
 		 302 aa  192  7e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.621412 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0810  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 295 aa  191  1e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1406  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 299 aa  179  4e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.475015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1056  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 299 aa  179  4.999999999999999e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000324577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3502  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 342 aa  176  4e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000578298  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3670  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.03 
 
 		 314 aa  171  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03103  predicted DNA-binding transcriptional regulator, efflux system  33.67 
 
 		 309 aa  169  8e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0463  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 309 aa  169  8e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4560  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.67 
 
 		 309 aa  169  8e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.550103  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0463  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.67 
 
 		 309 aa  169  8e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3539  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.67 
 
 		 309 aa  169  8e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03054  hypothetical protein  33.67 
 
 		 309 aa  169  8e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3726  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.67 
 
 		 309 aa  169  8e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3432  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.67 
 
 		 309 aa  169  8e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1453  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000245506  normal  0.0938109 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2198  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 311 aa  167  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.599935 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 313 aa  167  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3558  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.9 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3727  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.9 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.107486 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3559  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.9 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3630  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.9 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.75458  normal  0.0429881 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3665  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.9 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.99326 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3930  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 320 aa  166  5e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0309903  normal  0.96448 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4524  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 325 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0702  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 307 aa  165  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0727527 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3275  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.33 
 
 		 309 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4242  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 333 aa  163  3e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000271565  hitchhiker  0.00200651 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0216  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 337 aa  163  3e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000393101  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4121  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 337 aa  163  3e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000919638  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3680  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.79 
 
 		 308 aa  163  4.0000000000000004e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4393  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.31 
 
 		 303 aa  162  7e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0218  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 337 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000934146  normal  0.114496 
 
 
-
 
NC_003296  RS00906  transcription regulator protein  32.41 
 
 		 292 aa  160  3e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.440828 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0270  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.54 
 
 		 314 aa  160  3e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4580  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 315 aa  159  4e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.490701 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 300 aa  159  8e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3828  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.11 
 
 		 314 aa  158  8e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0261  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.86 
 
 		 311 aa  158  8e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3391  transcriptional regulator, LysR family  29.59 
 
 		 297 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 335 aa  157  3e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3572  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 312 aa  156  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.439946  hitchhiker  0.00313021 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5416  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 312 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.454667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  31.4 
 
 		 302 aa  155  6e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1178  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.61 
 
 		 303 aa  155  7e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.237766  hitchhiker  0.000914509 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0482  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.61 
 
 		 303 aa  155  8e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2440  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 313 aa  155  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.407075  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 303 aa  154  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3690  transcriptional regulator, LysR family  29.25 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.316859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2119  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 325 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3059  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 310 aa  154  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0406  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2027  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 321 aa  154  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.4312  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5078  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0909939  hitchhiker  0.00473765 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5041  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 317 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.401985 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3808  transcriptional regulator LysR family  29.63 
 
 		 309 aa  154  2.9999999999999998e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0418  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.27 
 
 		 303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2240  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 325 aa  153  4e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1264  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 301 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0104  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 301 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1072  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 301 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.165542  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2671  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 301 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.638028  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1541  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 301 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2532  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 330 aa  152  5e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0122  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 301 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2818  transcriptional regulator  32.18 
 
 		 301 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5530  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 324 aa  152  7e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 290 aa  151  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 313 aa  151  1e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2226  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 324 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 301 aa  151  1e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 322 aa  151  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16470  transcriptional regulator, LysR family  31.71 
 
 		 291 aa  151  1e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5876  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 324 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2201  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 324 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.253143  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 296 aa  151  2e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3680  transcriptional regulator, LysR family  32.48 
 
 		 302 aa  150  2e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0518  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 330 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1929  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 323 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.965755  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06237  transcriptional regulator  32.52 
 
 		 337 aa  150  3e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.926001  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0616  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 330 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01082  transcriptional regulator  32.52 
 
 		 337 aa  150  3e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000539431  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1918  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 312 aa  149  4e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0235  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 454 aa  149  5e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.920099  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2195  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 320 aa  149  5e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 300 aa  149  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.03 
 
 		 299 aa  149  6e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3143  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 336 aa  149  6e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.937784  normal  0.0533201 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 299 aa  149  6e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 299 aa  149  6e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 309 aa  149  7e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1508  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 323 aa  149  7e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3669  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 313 aa  149  7e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2097  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 323 aa  149  7e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>