More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_0904 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  626  1e-178  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 302 aa  257  2e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  42.81 
 
 		 297 aa  250  2e-65  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  42.81 
 
 		 297 aa  250  2e-65  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  42 
 
 		 300 aa  246  4e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 304 aa  240  2e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2938  transcriptional regulator, LysR family  40.8 
 
 		 293 aa  239  5e-62  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  40.54 
 
 		 296 aa  237  2e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 306 aa  237  2e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  41.67 
 
 		 298 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 298 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 		 298 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  40.53 
 
 		 335 aa  233  3e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  41.24 
 
 		 305 aa  232  5e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  40.4 
 
 		 302 aa  231  9e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 296 aa  231  9e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 307 aa  231  2e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 303 aa  230  2e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  41.64 
 
 		 307 aa  229  3e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  38.26 
 
 		 297 aa  228  7e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0260  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 302 aa  228  7e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.026779 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2711  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 303 aa  228  8e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0517  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 307 aa  227  2e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.419389  normal  0.852765 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 292 aa  226  3e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 322 aa  226  4e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 305 aa  225  6e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5638  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 302 aa  225  8e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  hitchhiker  0.00205655 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 310 aa  225  9e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 292 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 302 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 302 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 302 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  38.72 
 
 		 299 aa  223  2e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 298 aa  223  2e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 300 aa  223  3e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 299 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  40 
 
 		 293 aa  223  4e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 302 aa  222  4.9999999999999996e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 301 aa  221  8e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  40.42 
 
 		 289 aa  221  9e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  35.91 
 
 		 302 aa  221  9.999999999999999e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4923  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.84 
 
 		 300 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 298 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5125  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 304 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 313 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 301 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  40.6 
 
 		 306 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 295 aa  219  3e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 313 aa  219  3e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 325 aa  220  3e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 302 aa  219  5e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 292 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2116  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 305 aa  218  8.999999999999998e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0265238 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 295 aa  218  1e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 301 aa  218  1e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 301 aa  217  1e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  38.46 
 
 		 289 aa  217  2e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 301 aa  216  2.9999999999999998e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 309 aa  216  2.9999999999999998e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 319 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 555 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 296 aa  216  4e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2063  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 295 aa  216  5e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.656887 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 300 aa  216  5e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 292 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4560  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 302 aa  215  8e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.788363  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 		 292 aa  215  9e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  38.51 
 
 		 302 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1670  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 295 aa  214  9.999999999999999e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.969341  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 302 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 305 aa  214  9.999999999999999e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 297 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 304 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 292 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  34.22 
 
 		 307 aa  213  2.9999999999999995e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 292 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  34.22 
 
 		 307 aa  213  2.9999999999999995e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4901  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 303 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.795056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1395  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 301 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.465042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4350  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 311 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  37.34 
 
 		 325 aa  212  4.9999999999999996e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1355  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 301 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  38.05 
 
 		 300 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 300 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 292 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 303 aa  212  5.999999999999999e-54  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  35.86 
 
 		 289 aa  212  5.999999999999999e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  37.29 
 
 		 298 aa  212  7e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 307 aa  212  7e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 334 aa  211  9e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5917  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 305 aa  211  9e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 362 aa  211  9e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5552  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 305 aa  211  9e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 334 aa  211  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6421  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>