More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_21330 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_21330  transcriptional regulator  100 
 
 		 383 aa  751    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0149427  normal  0.181929 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3563  regulatory protein DeoR  50.82 
 
 		 387 aa  345  6e-94  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3811  regulatory protein DeoR  43.26 
 
 		 396 aa  261  2e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.333022  normal  0.698925 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2923  regulatory protein DeoR  48.51 
 
 		 362 aa  257  2e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03440  transcriptional regulator  41.51 
 
 		 373 aa  196  5.000000000000001e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2682  regulatory protein DeoR  37.98 
 
 		 378 aa  193  4e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.191466  normal  0.937043 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4061  transcriptional regulator, GntR family with LacI sensor  38.36 
 
 		 361 aa  189  5.999999999999999e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29000  transcriptional regulator  36.39 
 
 		 377 aa  174  2.9999999999999996e-42  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0623  regulatory protein DeoR  38.12 
 
 		 354 aa  172  7.999999999999999e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.369416 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2252  Transcriptional regulators-like protein  38.18 
 
 		 364 aa  160  4e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.717658 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1699  GntR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 392 aa  138  1e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.173754  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  31.27 
 
 		 357 aa  102  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  31.91 
 
 		 353 aa  99  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6195  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.98 
 
 		 337 aa  99  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.193526  normal  0.910118 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2290  transcriptional regulator, LacI family  36.21 
 
 		 344 aa  99  1e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.950174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  27.69 
 
 		 342 aa  96.7  6e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2751  DNA-binding transcriptional regulator GalS  29.91 
 
 		 340 aa  95.5  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  27.4 
 
 		 333 aa  95.1  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2994  DNA-binding transcriptional regulator GalS  30.09 
 
 		 332 aa  95.1  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  28.22 
 
 		 334 aa  95.1  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1481  transcriptional regulator, LacI family  26.42 
 
 		 342 aa  94.7  3e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.510371  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1062  DNA-binding transcriptional regulator GalS  28.25 
 
 		 346 aa  94.4  3e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0698  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  28.05 
 
 		 330 aa  94.4  3e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  28.52 
 
 		 338 aa  93.2  7e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38350  transcriptional regulator  31.65 
 
 		 343 aa  93.2  7e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  33.05 
 
 		 339 aa  93.2  8e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0081  GntR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 533 aa  92.8  1e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0322745  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  27.14 
 
 		 332 aa  92  1e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2581  LacI family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 331 aa  92  1e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  30.38 
 
 		 333 aa  92  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  23.51 
 
 		 336 aa  91.7  2e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.63 
 
 		 333 aa  91.3  2e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0477  transcriptional regulator, LacI family  28.62 
 
 		 352 aa  91.7  2e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0426  transcriptional regulator, LacI family  33.47 
 
 		 381 aa  90.9  3e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  29.63 
 
 		 333 aa  91.3  3e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  28.45 
 
 		 333 aa  90.9  3e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.33 
 
 		 335 aa  90.5  5e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  31.25 
 
 		 332 aa  90.1  5e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4628  transcriptional regulator, LacI family  28.47 
 
 		 332 aa  90.1  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.656687 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  30 
 
 		 391 aa  89.7  7e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.03 
 
 		 336 aa  89.4  9e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  29.33 
 
 		 340 aa  89.4  9e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3537  transcriptional regulator, LacI family  26.36 
 
 		 354 aa  89.7  9e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.234016 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  28.63 
 
 		 337 aa  89.4  1e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  26.86 
 
 		 336 aa  89  1e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  29.33 
 
 		 340 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0366  transcriptional regulator, LacI family  30.59 
 
 		 344 aa  88.6  2e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.75 
 
 		 339 aa  88.2  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2680  alanine racemase  36.31 
 
 		 338 aa  88.2  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.769144  normal  0.967228 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5012  transcriptional regulator, LacI family  32.3 
 
 		 324 aa  88.2  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28850  transcriptional regulator  33.91 
 
 		 330 aa  87.8  3e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0929063  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  25.44 
 
 		 334 aa  87.4  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  26.51 
 
 		 332 aa  87.8  3e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6927  LacI family transcription regulator  37.77 
 
 		 345 aa  87.4  4e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.13747 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  29.64 
 
 		 353 aa  87.4  4e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  28.17 
 
 		 338 aa  87  5e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2426  DNA-binding transcriptional regulator GalS  28.39 
 
 		 340 aa  87  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.656004  normal  0.991172 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2540  DNA-binding transcriptional regulator GalS  28.39 
 
 		 340 aa  87  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.182428  normal  0.113132 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3040  transcriptional regulator, LacI family  34.32 
 
 		 339 aa  87  5e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0802  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.38 
 
 		 333 aa  86.7  6e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.889959 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  24.91 
 
 		 338 aa  86.7  6e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  25.26 
 
 		 340 aa  86.7  7e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0892  transcriptional regulator, LacI family  31.91 
 
 		 348 aa  86.7  7e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.774645  normal  0.081922 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2733  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  26.69 
 
 		 331 aa  86.7  7e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0309  transcriptional regulator, LacI family  35.17 
 
 		 346 aa  86.3  8e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2430  DNA-binding transcriptional regulator GalS  28.39 
 
 		 340 aa  86.3  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.688486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2382  DNA-binding transcriptional regulator GalS  28.39 
 
 		 340 aa  86.3  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.824252 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7027  LacI family transcription regulator  29.27 
 
 		 353 aa  85.9  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.777473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1243  LacI family transcription regulator  35.2 
 
 		 339 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3131  transcriptional regulator, LacI family  28.42 
 
 		 334 aa  85.9  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.159166  hitchhiker  0.005841 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  24.46 
 
 		 339 aa  85.9  0.000000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0146  LacI family transcription regulator  26.51 
 
 		 335 aa  85.9  0.000000000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  26.06 
 
 		 334 aa  85.9  0.000000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8463  transcriptional regulator, LacI family  28.69 
 
 		 350 aa  85.9  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0746205 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  27.22 
 
 		 334 aa  85.5  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1943  transcriptional regulator, LacI family  35.71 
 
 		 347 aa  85.5  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.102269 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1220  transcriptional regulator, LacI family  25.58 
 
 		 376 aa  84.7  0.000000000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.485348 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3285  DNA-binding transcriptional regulator GalS  28.32 
 
 		 346 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.912253  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2511  transcriptional regulator, LacI family  29.46 
 
 		 334 aa  85.1  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.155489  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33130  transcriptional regulator, LacI family  34.5 
 
 		 361 aa  85.1  0.000000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.260263  normal  0.79569 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  31.29 
 
 		 349 aa  84.7  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2298  DNA-binding transcriptional regulator GalS  28.32 
 
 		 346 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00335365 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  25.09 
 
 		 342 aa  85.1  0.000000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2751  transcriptional regulator, LacI family  33.68 
 
 		 335 aa  85.1  0.000000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.360192  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1497  DNA-binding transcriptional regulator GalS  28.32 
 
 		 346 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1550  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.37 
 
 		 328 aa  85.1  0.000000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000390905  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  28.98 
 
 		 340 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2285  DNA-binding transcriptional regulator GalS  28.32 
 
 		 346 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2337  DNA-binding transcriptional regulator GalS  28.08 
 
 		 340 aa  85.5  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0061  transcriptional regulator, LacI family  28.81 
 
 		 341 aa  84.7  0.000000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.408611  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  25.35 
 
 		 341 aa  84.3  0.000000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  25.35 
 
 		 341 aa  84.3  0.000000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  26.2 
 
 		 332 aa  84.3  0.000000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  25.35 
 
 		 343 aa  84.3  0.000000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1598  LacI family transcription regulator  25.53 
 
 		 333 aa  84.3  0.000000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0971431  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  26.2 
 
 		 332 aa  84.7  0.000000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1880  LacI family transcription regulator  30.57 
 
 		 335 aa  84.3  0.000000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.615524 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  25.35 
 
 		 341 aa  84.3  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  25.35 
 
 		 341 aa  84.3  0.000000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  25.35 
 
 		 343 aa  84.3  0.000000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>