38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3580 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3580  PepSY-associated TM helix  100 
 
 		 234 aa  486  1e-136  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.590786 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0376  PepSY-associated TM helix  87.61 
 
 		 235 aa  429  1e-119  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.778755 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3753  hypothetical protein  85.9 
 
 		 234 aa  427  1e-119  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0289731 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0345  PepSY-associated TM helix  48.88 
 
 		 247 aa  198  5e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.965963  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3463  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  42.08 
 
 		 236 aa  165  5e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.234764 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2276  hypothetical protein  36.4 
 
 		 247 aa  151  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0509869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2335  hypothetical protein  37.5 
 
 		 246 aa  150  1e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0761845  normal  0.418419 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2410  hypothetical protein  34.8 
 
 		 234 aa  145  4.0000000000000006e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0940252  normal  0.107205 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3510  PepSY-associated TM helix  35.16 
 
 		 241 aa  139  3e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0734  hypothetical protein  37.1 
 
 		 235 aa  139  3.9999999999999997e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.611753  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0271  hypothetical protein  31.91 
 
 		 252 aa  135  4e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3439  PepSY-associated TM helix  35.55 
 
 		 221 aa  132  5e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3633  PepSY-associated TM helix  34.74 
 
 		 221 aa  131  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0344  PepSY-associated TM helix  37.69 
 
 		 238 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.305287 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0854  PepSY-associated TM helix  35.55 
 
 		 221 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2356  hypothetical protein  32.88 
 
 		 234 aa  117  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2357  PepSY-associated TM helix  31.98 
 
 		 238 aa  115  6e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.402019  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6865  hypothetical protein  30.8 
 
 		 259 aa  106  3e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.432634  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2460  hypothetical protein  30.24 
 
 		 257 aa  105  5e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11713  hypothetical protein  30.26 
 
 		 235 aa  103  2e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6817  hypothetical protein  28.57 
 
 		 259 aa  102  6e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0204  hypothetical protein  31.17 
 
 		 251 aa  101  9e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0853  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  29.72 
 
 		 258 aa  86.3  4e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3511  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.91 
 
 		 258 aa  85.1  8e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3440  PepSY-associated TM helix domain protein  27.96 
 
 		 258 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3634  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  28.23 
 
 		 260 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0735  hypothetical protein  29.18 
 
 		 256 aa  82.8  0.000000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1052  hypothetical protein  29.39 
 
 		 245 aa  82  0.000000000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0270  hypothetical protein  27.23 
 
 		 241 aa  75.5  0.0000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2277  Na+-transporting NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit NqrF  27.8 
 
 		 639 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.52996  normal  0.712445 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2334  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  25.89 
 
 		 658 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0217317  normal  0.528208 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2409  PepSY-associated TM helix  26.64 
 
 		 244 aa  72.4  0.000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0289711  normal  0.0591759 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0375  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.78 
 
 		 359 aa  63.2  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.798295 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3754  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.22 
 
 		 359 aa  61.6  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0303924 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3581  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.78 
 
 		 359 aa  57.8  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2117  PepSY-associated TM helix domain protein  24.55 
 
 		 519 aa  52  0.000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3464  ferredoxin  22.51 
 
 		 375 aa  50.4  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0908  PepSY-associated TM helix domain protein  23.7 
 
 		 499 aa  45.4  0.0008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.957301  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>