More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3635 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1025  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  63.04 
 
 		 605 aa  739    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3635  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  100 
 
 		 603 aa  1244    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0171  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  70.83 
 
 		 599 aa  880    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1376  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  65.62 
 
 		 610 aa  810    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0688  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  49.66 
 
 		 586 aa  591  1e-167  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03866  thiamine pyrophosphate-binding domain protein  48.15 
 
 		 600 aa  566  1e-160  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4114  thiamine pyrophosphate enzyme  26.49 
 
 		 541 aa  142  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.178401 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0887  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  26 
 
 		 557 aa  140  4.999999999999999e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2218  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  26.76 
 
 		 552 aa  137  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.209747 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2156  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  26.56 
 
 		 552 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2858  pyruvate decarboxylase  26.17 
 
 		 547 aa  125  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2434  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  22.76 
 
 		 572 aa  124  4e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.118986  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0101  indolepyruvate/phenylpyruvate decarboxylase  26.26 
 
 		 542 aa  124  6e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.438272  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4879  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  26 
 
 		 546 aa  123  9e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0518  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding protein  25.54 
 
 		 540 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1571  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  25.61 
 
 		 545 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2719  phenylpyruvate decarboxylase  26.39 
 
 		 553 aa  117  6e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.572163  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0512  indole-3-pyruvate decarboxylase  25.76 
 
 		 545 aa  117  7.999999999999999e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.396725  normal  0.198842 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3526  indolepyruvate/phenylpyruvate decarboxylase  26.86 
 
 		 543 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0476584  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0173  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  21.56 
 
 		 546 aa  112  1.0000000000000001e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0178  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  21.56 
 
 		 546 aa  112  1.0000000000000001e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5992  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  25.85 
 
 		 551 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0792937 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2581  putative indolepyruvate decarboxylase  23.6 
 
 		 558 aa  110  6e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000225581  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0838  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  26.87 
 
 		 576 aa  110  8.000000000000001e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00172744  normal  0.208315 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0996  thiamine pyrophosphate enzyme family decarboxylase  25.37 
 
 		 549 aa  108  3e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.604603  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04888  Pyruvate decarboxylase (EC 4.1.1.1) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:P87208]  23.77 
 
 		 568 aa  107  7e-22  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0997848  normal  0.116699 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2425  indole-3-pyruvate decarboxylase  25.96 
 
 		 543 aa  106  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0467064 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3027  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  26.61 
 
 		 543 aa  106  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.306897  normal  0.499119 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2331  putative phenylpyruvate decarboxylase  25.23 
 
 		 555 aa  104  5e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00138899  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2242  indole-3-pyruvate decarboxylase  21.68 
 
 		 549 aa  103  1e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2232  indolepyruvate decarboxylase  23.65 
 
 		 561 aa  102  2e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.224159  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2390  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  27.15 
 
 		 550 aa  102  3e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.517187  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0182  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  27.33 
 
 		 561 aa  98.6  3e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.217855 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2311  indolepyruvate decarboxylase  22.65 
 
 		 561 aa  97.4  6e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.252232  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2486  indolepyruvate decarboxylase  22.65 
 
 		 561 aa  97.4  6e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00246816  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2507  putative indolepyruvate decarboxylase  22.85 
 
 		 558 aa  97.4  7e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2279  indolepyruvate decarboxylase  22.44 
 
 		 561 aa  97.1  9e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000128489  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10870  pyruvate or indole-3-pyruvate decarboxylase pdc  29.11 
 
 		 560 aa  97.1  9e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0234089 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0109  putative pyruvate decarboxylase  24.19 
 
 		 580 aa  94.4  5e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.731177  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2517  indolepyruvate decarboxylase, putative  22.4 
 
 		 561 aa  94  8e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000921209  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1794  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  23.43 
 
 		 547 aa  94  8e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.163596  normal  0.90828 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2440  putative indolepyruvate decarboxylase  22.05 
 
 		 558 aa  93.6  9e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00745629  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3850  acetolactate synthase  22.56 
 
 		 546 aa  93.6  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.780618  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0497  acetolactate synthase  23.09 
 
 		 546 aa  92.4  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09820  acetolactate synthase  21.89 
 
 		 547 aa  92.4  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.537219  normal  1 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08396  pyruvate decarboxylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G00750)  23.7 
 
 		 575 aa  91.3  5e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3298  acetolactate synthase  21.75 
 
 		 550 aa  91.3  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0757379  normal  0.853044 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0913  acetolactate synthase  21.44 
 
 		 547 aa  91.3  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0101  acetolactate synthase  22.16 
 
 		 547 aa  90.9  6e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.636834  normal  0.539081 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4950  acetolactate synthase  21.37 
 
 		 546 aa  89.4  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3412  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  24.95 
 
 		 553 aa  89.4  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2127  acetolactate synthase  22.03 
 
 		 547 aa  89  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.240788  decreased coverage  0.000000336537 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1157  acetolactate synthase  22.14 
 
 		 547 aa  89  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0170983 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3674  acetolactate synthase  21.39 
 
 		 546 aa  88.6  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.839187 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3365  acetolactate synthase  22.14 
 
 		 547 aa  89  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.248135  normal  0.345219 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1191  acetolactate synthase  22.65 
 
 		 547 aa  88.6  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.817809 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5509  acetolactate synthase  21.53 
 
 		 546 aa  88.6  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2393  acetolactate synthase  22.14 
 
 		 547 aa  89  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.459354  normal  1 
 
 
-
 
NC_006679  CNJ00950  pyruvate decarboxylase, putative  22.24 
 
 		 713 aa  87.8  5e-16  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2312  acetolactate synthase  21.59 
 
 		 546 aa  87.8  5e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.798449 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0992  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  26.23 
 
 		 558 aa  87.8  5e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3426  indolepyruvate decarboxylase  24.55 
 
 		 555 aa  87.4  6e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.310622  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0974  acetolactate synthase  22.76 
 
 		 546 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2550  acetolactate synthase  22.76 
 
 		 546 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3741  acetolactate synthase  21.5 
 
 		 546 aa  86.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.489898  normal  0.875754 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2696  acetolactate synthase  22.76 
 
 		 546 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4581  acetolactate synthase  21.5 
 
 		 546 aa  86.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29409  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3782  acetolactate synthase  21.5 
 
 		 546 aa  86.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.393352  normal  0.291819 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1587  acetolactate synthase  22.5 
 
 		 546 aa  85.9  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0212  acetolactate synthase  22.5 
 
 		 546 aa  85.9  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0246  acetolactate synthase  22.5 
 
 		 546 aa  85.9  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1390  acetolactate synthase  22.5 
 
 		 546 aa  85.9  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2362  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  22.04 
 
 		 553 aa  85.9  0.000000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1174  acetolactate synthase  21.99 
 
 		 547 aa  85.1  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.75325  normal  0.0167286 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1248  acetolactate synthase  21.75 
 
 		 550 aa  85.1  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.888375 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2585  acetolactate synthase  22.47 
 
 		 547 aa  85.5  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.78585  normal  0.153261 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4257  acetolactate synthase  22.47 
 
 		 547 aa  85.5  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1157  hypothetical protein  22.71 
 
 		 559 aa  84.7  0.000000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1429  indolepyruvate decarboxylase  23.92 
 
 		 542 aa  84.7  0.000000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0493266 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1162  hypothetical protein  22.71 
 
 		 559 aa  84.7  0.000000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4795  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  29.73 
 
 		 554 aa  84.3  0.000000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.781269 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3317  acetolactate synthase  22.91 
 
 		 559 aa  82.4  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00656  acetolactate synthase  22.61 
 
 		 546 aa  82  0.00000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8307  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  21.7 
 
 		 552 aa  80.9  0.00000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2597  indole-3-pyruvate decarboxylase  23.21 
 
 		 550 aa  80.9  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.380997  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2639  indole-3-pyruvate decarboxylase  22.82 
 
 		 550 aa  80.9  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2548  indole-3-pyruvate decarboxylase  23.21 
 
 		 550 aa  80.5  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.581828  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2663  indole-3-pyruvate decarboxylase  23.21 
 
 		 550 aa  79.7  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.603651 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3360  acetolactate synthase  22.51 
 
 		 552 aa  79.3  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5394  acetolactate synthase  21.55 
 
 		 548 aa  78.6  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752966  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3389  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  24.17 
 
 		 562 aa  77.8  0.0000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.887563  normal  0.228354 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1826  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  23.17 
 
 		 546 aa  77.4  0.0000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.339659  normal  0.631348 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4034  thiamine pyrophosphate protein central region  25.44 
 
 		 541 aa  76.6  0.000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.350713  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0639  acetolactate synthase  21.16 
 
 		 548 aa  75.1  0.000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.237163  normal  0.183738 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0858  putative pyruvate decarboxylase  21.76 
 
 		 556 aa  74.7  0.000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.434282  normal  0.563377 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0964  pyruvate decarboxylase  21.9 
 
 		 556 aa  74.3  0.000000000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.719154  unclonable  0.0000449891 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13507  acetolactate synthase large subunit ilvB2  32.45 
 
 		 552 aa  73.9  0.000000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2084  acetolactate synthase  21.85 
 
 		 550 aa  73.9  0.000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.167502  normal  0.0947077 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_86443  pyruvate decarboxylase  21.57 
 
 		 570 aa  73.6  0.00000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0778  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  20.74 
 
 		 554 aa  73.2  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>