More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3154 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3154  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 324 aa  660    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2900  hypothetical protein  91.98 
 
 		 324 aa  616  1e-175  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3565  LysR family transcriptional regulator  46.01 
 
 		 326 aa  319  3.9999999999999996e-86  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3969  LysR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 321 aa  229  4e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0239  LysR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 321 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0238  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 321 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0520  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 321 aa  199  7e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3839  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 322 aa  193  3e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0311  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 322 aa  193  4e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3766  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 322 aa  192  5e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3964  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 322 aa  192  6e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0180  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 322 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4287  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 322 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.128947 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0179  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 322 aa  180  4e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0617  transcriptional regulator, LysR family protein  33.54 
 
 		 319 aa  161  2e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.468918  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4571  LysR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 319 aa  100  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0512  transcriptional regulator-like protein  30.13 
 
 		 314 aa  99.4  7e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3970  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 317 aa  97.1  4e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1474  LysR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 324 aa  92.4  8e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000979777  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1479  LysR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 324 aa  92.4  8e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000211446  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1510  LysR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 324 aa  92  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000904227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2873  transcriptional regulator, LysR family  27.19 
 
 		 324 aa  90.9  3e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000342278  hitchhiker  0.00000105997 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3572  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 325 aa  89.4  8e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0237  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 323 aa  89  9e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3657  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 320 aa  89  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0288  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 320 aa  89  1e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2551  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 320 aa  87.8  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0243  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 321 aa  86.3  6e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1381  LysR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 324 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1661  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 328 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4210  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 335 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2786  LysR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 337 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.989304  hitchhiker  0.00367325 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2899  transcriptional regulator-like protein  24.46 
 
 		 327 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3981  LysR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 320 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2679  LysR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 350 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.245615  hitchhiker  0.000486304 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3153  LysR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 334 aa  79  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2612  LysR family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 350 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13871  hitchhiker  0.00000334013 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0997  LysR family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 321 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3242  LysR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 320 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3589  transcriptional regulator-like protein  25.55 
 
 		 318 aa  77  0.0000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0912  transcriptional regulator, LysR family protein  27.16 
 
 		 318 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000235744  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0917  LysR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 321 aa  76.3  0.0000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0292456  normal  0.707414 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0238  transcriptional regulator-like protein  26.77 
 
 		 332 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3566  LysR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 332 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3590  transcriptional regulator-like protein  23.62 
 
 		 316 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2919  LysR family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 321 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2227  LysR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 330 aa  72  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000157838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3571  LysR family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 316 aa  65.5  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3874  LysR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 323 aa  63.9  0.000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2289  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 311 aa  62.8  0.000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.317043  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4041  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 314 aa  63.2  0.000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 314 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 315 aa  62  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00508  transcriptional regulator  26.99 
 
 		 308 aa  61.6  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 321 aa  60.5  0.00000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 332 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 317 aa  57  0.0000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001963  putative transcriptional regulator LysR family  24.66 
 
 		 311 aa  56.6  0.0000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.974844  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2748  transcription regulator protein  39.73 
 
 		 347 aa  56.2  0.0000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2577  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 347 aa  56.2  0.0000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2987  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 347 aa  56.2  0.0000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.217571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 313 aa  55.8  0.0000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  28.03 
 
 		 321 aa  55.8  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  28.18 
 
 		 313 aa  55.5  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 313 aa  55.5  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 313 aa  55.8  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 313 aa  55.8  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 314 aa  55.1  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2094  transcription regulator protein  25.12 
 
 		 316 aa  53.9  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2977  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 333 aa  53.9  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 309 aa  53.9  0.000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 311 aa  54.3  0.000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4525.1  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 243 aa  53.5  0.000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 329 aa  53.5  0.000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0703  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 306 aa  53.9  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497833  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2838  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.99 
 
 		 328 aa  53.9  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000302  transcriptional regulator LysR family  28.18 
 
 		 301 aa  53.9  0.000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 329 aa  53.5  0.000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0219  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 306 aa  53.9  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 311 aa  53.9  0.000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1447  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 329 aa  53.9  0.000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000494272  normal  0.226871 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  28.64 
 
 		 311 aa  53.9  0.000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3696  transcriptional regulator, LysR family  24.68 
 
 		 325 aa  53.5  0.000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.643345  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.15 
 
 		 300 aa  53.5  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 304 aa  53.1  0.000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  23.88 
 
 		 300 aa  53.1  0.000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1897  LysR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 295 aa  53.1  0.000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0520736  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0670  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 306 aa  53.1  0.000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.155019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 318 aa  52.4  0.000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2570  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 304 aa  52  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3789  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 306 aa  52  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2041  LysR family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 391 aa  52  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000497451  normal  0.0972832 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  27.61 
 
 		 314 aa  52.4  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3496  LysR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 394 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000514249 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 334 aa  52.4  0.00001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 315 aa  52.4  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2605  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 264 aa  51.2  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.182093  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 315 aa  51.6  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  27.33 
 
 		 314 aa  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1755  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 317 aa  51.2  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>