More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1264 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1264  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 678 aa  1400    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.145211 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1708  UvrD/REP helicase  30.15 
 
 		 695 aa  251  4e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1611  UvrD/REP helicase  31.25 
 
 		 729 aa  246  8e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.780541  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2436  UvrD/REP helicase  31.25 
 
 		 759 aa  226  1e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000724075  normal  0.154121 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3655  UvrD/REP helicase  30.35 
 
 		 774 aa  214  3.9999999999999995e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2179  UvrD/REP helicase  30.08 
 
 		 809 aa  158  3e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.577747  normal  0.847748 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3788  UvrD/REP helicase  27.13 
 
 		 755 aa  154  4e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2254  UvrD/REP helicase  26.11 
 
 		 685 aa  153  1e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.816502  normal  0.58095 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2335  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25.77 
 
 		 745 aa  152  2e-35  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000479464  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  26.11 
 
 		 736 aa  152  2e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3574  UvrD/REP helicase  26.95 
 
 		 646 aa  151  3e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10008  putative helicase  26.78 
 
 		 773 aa  150  1.0000000000000001e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2542  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25 
 
 		 751 aa  149  1.0000000000000001e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4111  UvrD/REP helicase  27.18 
 
 		 827 aa  149  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.329059 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  26.42 
 
 		 749 aa  149  2.0000000000000003e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4158  UvrD/REP helicase  27.16 
 
 		 668 aa  147  4.0000000000000006e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140406 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0348  DNA helicase  27.33 
 
 		 698 aa  147  6e-34  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00900686  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2246  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.31 
 
 		 751 aa  147  6e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.453558  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1038  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA/Rep family  25.58 
 
 		 765 aa  146  1e-33  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000499777 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1416  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.69 
 
 		 664 aa  146  1e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.56 
 
 		 718 aa  145  2e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  26.4 
 
 		 768 aa  145  2e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0356  UvrD/Rep family helicase  25.45 
 
 		 630 aa  145  3e-33  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.190335  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1226  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  24.38 
 
 		 664 aa  145  3e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.305357  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  28.48 
 
 		 706 aa  144  4e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0849  UvrD/REP helicase  26.02 
 
 		 845 aa  144  6e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.462782  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3374  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.99 
 
 		 671 aa  144  6e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.654782  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  25.15 
 
 		 735 aa  144  6e-33  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  27.02 
 
 		 707 aa  143  8e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2822  UvrD/REP helicase  26.27 
 
 		 826 aa  143  9e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.467404 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1437  UvrD/REP helicase  25.15 
 
 		 769 aa  143  9.999999999999999e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.618729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2563  UvrD/REP helicase  25.98 
 
 		 825 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.309285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0142  UvrD/REP helicase  26.65 
 
 		 751 aa  142  3e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.750575  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0104  UvrD/REP helicase  27.4 
 
 		 797 aa  141  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2965  UvrD/REP helicase  25.24 
 
 		 682 aa  140  6e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.460273  normal  0.889017 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1824  UvrD/REP helicase  26.58 
 
 		 679 aa  140  8.999999999999999e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000550793  unclonable  0.00000000134855 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0128  putative ATP-dependent DNA helicase rep protein  25.67 
 
 		 693 aa  140  1e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.570689  normal  0.018111 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0583  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.25 
 
 		 677 aa  140  1e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.1 
 
 		 785 aa  139  2e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0530  superfamily I DNA/RNA helicase  27.27 
 
 		 712 aa  139  2e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0572  UvrD/REP helicase  26.25 
 
 		 677 aa  139  2e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0222  UvrD/REP helicase  23.68 
 
 		 666 aa  138  3.0000000000000003e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000045018  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.39 
 
 		 742 aa  138  3.0000000000000003e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0674  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.34 
 
 		 734 aa  138  3.0000000000000003e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2070  UvrD/REP helicase  23.95 
 
 		 789 aa  138  4e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.535098  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3991  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.62 
 
 		 695 aa  138  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.282307  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3201  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.54 
 
 		 682 aa  138  4e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3919  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.62 
 
 		 695 aa  138  4e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0828794  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0122  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.62 
 
 		 733 aa  137  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0146  UvrD/REP helicase  26.38 
 
 		 721 aa  137  6.0000000000000005e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.728084  normal  0.499392 
 
 
-
 
NC_002978  WD0963  helicase II - UvrD/PcrA  24.52 
 
 		 638 aa  137  6.0000000000000005e-31  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0719  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.12 
 
 		 670 aa  137  6.0000000000000005e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0462  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.55 
 
 		 672 aa  137  6.0000000000000005e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2924  UvrD/REP helicase  25.51 
 
 		 778 aa  137  7.000000000000001e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2797  UvrD/REP helicase  25.08 
 
 		 783 aa  137  8e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265943  normal  0.311866 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1108  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.03 
 
 		 686 aa  137  9e-31  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3329  UvrD/REP helicase  25.87 
 
 		 695 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.544954  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.72 
 
 		 741 aa  136  9.999999999999999e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0437  UvrD/REP helicase  26.18 
 
 		 682 aa  136  9.999999999999999e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0096  UvrD/REP helicase  26.18 
 
 		 735 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.60003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4951  UvrD/REP helicase  26.59 
 
 		 797 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.120082  decreased coverage  0.0000000995546 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0163  UvrD/REP helicase  25.91 
 
 		 695 aa  136  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5644  DNA-dependent helicase II  27.33 
 
 		 727 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0038  UvrD/REP helicase  24.85 
 
 		 757 aa  135  1.9999999999999998e-30  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0868  UvrD/REP helicase  25.93 
 
 		 741 aa  135  1.9999999999999998e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0794  UvrD/REP helicase  25.07 
 
 		 735 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1916  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.6 
 
 		 818 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.28639  hitchhiker  0.00561083 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0547  UvrD/REP helicase  24.85 
 
 		 741 aa  135  3e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0212  UvrD/REP helicase  26.19 
 
 		 677 aa  135  3e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2905  UvrD/REP helicase  26.04 
 
 		 695 aa  135  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.306179  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0150  UvrD/REP helicase  26.04 
 
 		 695 aa  135  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.275527  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  25.63 
 
 		 739 aa  134  3.9999999999999996e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0368  superfamily I DNA/RNA helicase  24.18 
 
 		 696 aa  134  3.9999999999999996e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0149  UvrD/REP helicase  25.73 
 
 		 695 aa  134  5e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  25.83 
 
 		 724 aa  134  5e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2961  ATP-dependent DNA helicase  26.32 
 
 		 678 aa  134  6e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.26035  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1142  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25.78 
 
 		 788 aa  134  6.999999999999999e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.140222 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0577  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.5 
 
 		 743 aa  134  6.999999999999999e-30  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.893036  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1337  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25.08 
 
 		 783 aa  134  7.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4326  UvrD/REP helicase  25.32 
 
 		 744 aa  133  1.0000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0144266  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4232  UvrD/REP helicase  25.36 
 
 		 674 aa  133  1.0000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0990  UvrD/REP helicase  25.14 
 
 		 674 aa  133  1.0000000000000001e-29  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.771752  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0716  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.03 
 
 		 685 aa  133  1.0000000000000001e-29  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0064  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  25.99 
 
 		 689 aa  132  2.0000000000000002e-29  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0461  UvrD/REP helicase  25.29 
 
 		 726 aa  132  2.0000000000000002e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1682  UvrD/REP helicase  26.16 
 
 		 743 aa  132  2.0000000000000002e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3456  UvrD/REP helicase  26.13 
 
 		 671 aa  132  3e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00076  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.69 
 
 		 671 aa  131  4.0000000000000003e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0689  UvrD/REP helicase  25.41 
 
 		 816 aa  131  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.723035  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1590  UvrD/REP helicase  25.75 
 
 		 790 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3807  UvrD/REP helicase  25.67 
 
 		 708 aa  131  4.0000000000000003e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0365  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.59 
 
 		 1023 aa  131  4.0000000000000003e-29  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3520  UvrD/REP helicase  26.13 
 
 		 671 aa  131  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0595  UvrD/REP helicase  27.44 
 
 		 790 aa  131  5.0000000000000004e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.77908 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3327  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.49 
 
 		 802 aa  130  5.0000000000000004e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1235  UvrD/REP helicase  25.54 
 
 		 680 aa  131  5.0000000000000004e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0932  putative DNA helicase II  25.14 
 
 		 816 aa  130  6e-29  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.156274  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4015  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.09 
 
 		 675 aa  130  6e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1337  UvrD/REP helicase  25.57 
 
 		 678 aa  130  6e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0971  UvrD/REP helicase  25.47 
 
 		 668 aa  130  8.000000000000001e-29  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0211694  normal  0.301959 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>