76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0229 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0229  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 269 aa  558  1e-158  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.343329 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4222  extracellular solute-binding protein  46.74 
 
 		 267 aa  249  5e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0872953 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1910  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.99 
 
 		 256 aa  125  7e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0380327 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0241  extracellular solute-binding protein  27.66 
 
 		 275 aa  87.4  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1101  extracellular solute-binding protein family 3  28.69 
 
 		 295 aa  87.8  2e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0196876 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16838  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.66 
 
 		 307 aa  65.1  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0877106  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1466  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein/permease protein  21.54 
 
 		 727 aa  57.4  0.0000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3308  extracellular solute-binding protein  23.72 
 
 		 248 aa  57.8  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.944301  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0534  extracellular solute-binding protein  28.77 
 
 		 261 aa  51.2  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1923  amino acid ABC transporter permease/periplasmic protein  25.42 
 
 		 714 aa  50.4  0.00003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.132292  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2115  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25 
 
 		 604 aa  50.1  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00123104  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  24.58 
 
 		 264 aa  50.1  0.00004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2923  histidine kinase  23.66 
 
 		 598 aa  49.7  0.00005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  23.9 
 
 		 264 aa  49.3  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0700  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein  26.21 
 
 		 243 aa  49.3  0.00007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.347684  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5081  extracellular solute-binding protein  24.09 
 
 		 265 aa  49.3  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.72224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1594  arginine-binding protein  27.83 
 
 		 269 aa  48.9  0.00009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.621127  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2669  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.6 
 
 		 1047 aa  48.9  0.00009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1461  ABC-type amino acid transport system, periplasmic and permease components  20.16 
 
 		 736 aa  48.5  0.0001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1566  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.55 
 
 		 1047 aa  48.5  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3412  extracellular solute-binding protein  25.89 
 
 		 296 aa  48.5  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0969  extracellular solute-binding protein  24.69 
 
 		 255 aa  48.5  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.12 
 
 		 1055 aa  48.1  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  23.9 
 
 		 264 aa  47.8  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1761  histidine kinase  21.68 
 
 		 578 aa  47.8  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1118  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.07 
 
 		 277 aa  48.1  0.0002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0733835  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3164  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  24.51 
 
 		 493 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.296252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0499  extracellular solute-binding protein  23.39 
 
 		 457 aa  47.4  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  27.17 
 
 		 252 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0489  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  23.11 
 
 		 490 aa  46.6  0.0004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1774  histidine kinase  22.27 
 
 		 578 aa  46.2  0.0005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0208  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  22.98 
 
 		 257 aa  46.2  0.0005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0031  extracellular solute-binding protein  24.12 
 
 		 272 aa  46.6  0.0005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.246666  normal  1 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0259  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  22.98 
 
 		 257 aa  46.2  0.0005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000559258 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  25.48 
 
 		 262 aa  45.8  0.0007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3638  extracellular solute-binding protein  23.35 
 
 		 265 aa  45.4  0.0008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.055561  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0591  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein  26.96 
 
 		 269 aa  45.1  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0748117  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3761  extracellular solute-binding protein  22.96 
 
 		 265 aa  45.4  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2102  histidine kinase  23.91 
 
 		 575 aa  45.4  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0308  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.36 
 
 		 280 aa  44.3  0.002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  23.76 
 
 		 262 aa  44.7  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5539  extracellular solute-binding protein  20.69 
 
 		 268 aa  44.7  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.959026 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1759  histidine kinase  24.58 
 
 		 596 aa  44.7  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.37697  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2551  extracellular solute-binding protein  23.64 
 
 		 272 aa  44.3  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.36291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05529  ABC amino acid transporter periplasmic ligand binding protein  22.27 
 
 		 247 aa  44.3  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0342  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.58 
 
 		 247 aa  44.3  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.649622  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1142  extracellular solute-binding protein  25.42 
 
 		 292 aa  44.7  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0378  extracellular solute-binding protein  26.81 
 
 		 282 aa  44.7  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0360  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.87 
 
 		 263 aa  44.3  0.002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000000870142  hitchhiker  0.00010092 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2277  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  22.4 
 
 		 243 aa  44.7  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1070  extracellular solute-binding protein  23.11 
 
 		 281 aa  44.3  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.703712 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1579  metal dependent phosphohydrolase  20.45 
 
 		 618 aa  44.7  0.002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0772  extracellular solute-binding protein  23.5 
 
 		 238 aa  43.9  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.025527 
 
 
-
 
NC_004310  BR0295  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.36 
 
 		 280 aa  43.9  0.003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1750  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  26.89 
 
 		 896 aa  43.5  0.004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.42554 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2353  extracellular solute-binding protein family 3  21.33 
 
 		 286 aa  43.5  0.004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  1.09811e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2990  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 263 aa  43.5  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.604366  normal  0.133749 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0015  extracellular solute-binding protein  26.05 
 
 		 279 aa  43.1  0.004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0746  extracellular solute-binding protein  24.1 
 
 		 275 aa  43.1  0.004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0305191 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1645  metal dependent phosphohydrolase  21.82 
 
 		 615 aa  43.1  0.005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1967  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  20.63 
 
 		 243 aa  43.1  0.005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.471515  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2969  extracellular solute-binding protein  27.03 
 
 		 262 aa  43.1  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87246  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1854  histidine kinase  23.58 
 
 		 578 aa  42.7  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1635  extracellular solute-binding protein family 3  22.52 
 
 		 290 aa  42.7  0.006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7508  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  23.81 
 
 		 272 aa  42.7  0.006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2456  extracellular solute-binding protein  27.36 
 
 		 265 aa  42.7  0.006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.68791  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3746  extracellular solute-binding protein  25.82 
 
 		 266 aa  42.7  0.006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3328  extracellular solute-binding protein family 3  25.89 
 
 		 260 aa  42.4  0.007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1213  extracellular solute-binding protein  25.42 
 
 		 292 aa  42.7  0.007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.354605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0135  extracellular solute-binding protein  23.25 
 
 		 283 aa  42.4  0.007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.798842  normal  0.332804 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1124  hypothetical protein  20.32 
 
 		 253 aa  42.7  0.007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  26.13 
 
 		 241 aa  42.4  0.008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0215  extracellular solute-binding protein family 3  20.92 
 
 		 291 aa  42.4  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.195827  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3163  extracellular solute-binding protein  22.32 
 
 		 295 aa  42.4  0.008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.180854  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2352  extracellular solute-binding protein family 3  20 
 
 		 275 aa  42  0.009  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.9341599999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 270 aa  42  0.01  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>