More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0129 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0129  ADP-ribose diphosphatase NudE  100 
 
 		 181 aa  368  1e-101  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0156  ADP-ribose diphosphatase NudE  85 
 
 		 184 aa  314  5e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00016487  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4346  ADP-ribose diphosphatase NudE  82.32 
 
 		 181 aa  301  2.0000000000000002e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.143313  normal  0.376431 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4718  ADP-ribose diphosphatase NudE  80.11 
 
 		 181 aa  295  2e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0183  ADP-ribose diphosphatase NudE  83.15 
 
 		 183 aa  295  2e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.572666 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0169  ADP-ribose diphosphatase NudE  80.79 
 
 		 183 aa  292  2e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0169  ADP-ribose diphosphatase NudE  80.79 
 
 		 183 aa  292  2e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00239764  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0164  ADP-ribose diphosphatase NudE  80.79 
 
 		 183 aa  291  4e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.445635 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4188  ADP-ribose diphosphatase NudE  78.65 
 
 		 183 aa  288  4e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0171  ADP-ribose diphosphatase NudE  78.65 
 
 		 183 aa  286  8e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0570071 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3549  ADP-ribose diphosphatase NudE  77.53 
 
 		 183 aa  286  1e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0167  ADP-ribose diphosphatase NudE  78.09 
 
 		 193 aa  285  2e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0117  ADP-ribose diphosphatase NudE  76.7 
 
 		 195 aa  280  7.000000000000001e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0224  ADP-ribose diphosphatase NudE  74.01 
 
 		 184 aa  275  2e-73  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0190  ADP-ribose diphosphatase NudE  79.66 
 
 		 183 aa  273  7e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3766  ADP-ribose diphosphatase NudE  63.07 
 
 		 198 aa  226  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3691  ADP-ribose diphosphatase NudE  63.07 
 
 		 198 aa  226  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3800  ADP-ribose diphosphatase NudE  63.07 
 
 		 198 aa  226  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0313059  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3863  ADP-ribose diphosphatase NudE  63.07 
 
 		 198 aa  226  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3693  ADP-ribose diphosphatase NudE  63.07 
 
 		 187 aa  225  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4612  ADP-ribose diphosphatase NudE  60.8 
 
 		 184 aa  222  3e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2913  ADP-ribose diphosphatase NudE  65.14 
 
 		 183 aa  222  3e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2294  ADP-ribose diphosphatase NudE  62.29 
 
 		 204 aa  221  3e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3810  ADP-ribose diphosphatase NudE  60.67 
 
 		 186 aa  221  4e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03249  ADP-ribose diphosphatase  60.8 
 
 		 186 aa  220  9e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0316  NUDIX hydrolase  60.8 
 
 		 186 aa  220  9e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3674  ADP-ribose diphosphatase NudE  60.8 
 
 		 186 aa  220  9e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.251567  normal  0.322169 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03201  hypothetical protein  60.8 
 
 		 186 aa  220  9e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3592  ADP-ribose diphosphatase NudE  60.8 
 
 		 186 aa  220  9e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0316  ADP-ribose diphosphatase NudE  60.8 
 
 		 186 aa  220  9e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.155326 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3868  ADP-ribose diphosphatase NudE  60.8 
 
 		 186 aa  220  9e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3774  ADP-ribose diphosphatase NudE  60.8 
 
 		 186 aa  220  9e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4702  ADP-ribose diphosphatase NudE  60.8 
 
 		 186 aa  220  9.999999999999999e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.631094  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0252  ADP-ribose diphosphatase NudE  61.71 
 
 		 190 aa  219  1.9999999999999999e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0119  ADP-ribose diphosphatase NudE  58.29 
 
 		 185 aa  216  1e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00596251  normal  0.391787 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4068  ADP-ribose diphosphatase NudE  60.23 
 
 		 185 aa  215  2.9999999999999998e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00613  ADP-ribose diphosphatase NudE  60 
 
 		 188 aa  214  5.9999999999999996e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3890  ADP-ribose diphosphatase NudE  60.8 
 
 		 185 aa  213  8e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001880  ADP compounds hydrolase NudE  59.77 
 
 		 189 aa  213  9.999999999999999e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0138  ADP-ribose diphosphatase NudE  58.33 
 
 		 187 aa  212  2.9999999999999995e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03971  ADP-ribose diphosphatase NudE  57.22 
 
 		 187 aa  210  7.999999999999999e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.222226  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0331  ADP-ribose diphosphatase NudE  58.86 
 
 		 184 aa  210  9e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0180  ADP-ribose diphosphatase NudE  58.52 
 
 		 181 aa  210  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0424  ADP-ribose diphosphatase NudE  55.87 
 
 		 183 aa  210  1e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3973  ADP-ribose diphosphatase NudE  58.52 
 
 		 181 aa  210  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3734  ADP-ribose diphosphatase NudE  58.52 
 
 		 181 aa  210  1e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2059  ADP-ribose diphosphatase NudE  57.54 
 
 		 196 aa  207  6e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2931  ADP-ribose diphosphatase NudE  55.93 
 
 		 180 aa  205  3e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0370  ADP-ribose diphosphatase NudE  55.31 
 
 		 199 aa  194  6e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174333 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2275  ADP-ribose diphosphatase NudE  54.8 
 
 		 186 aa  193  1e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2302  ADP-ribose diphosphatase NudE  54.8 
 
 		 186 aa  192  2e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0260  ADP-ribose diphosphatase NudE  52.25 
 
 		 188 aa  184  4e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0135852 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0275  ADP-ribose diphosphatase NudE  52.25 
 
 		 188 aa  184  4e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0014  ADP-ribose diphosphatase NudE  50.57 
 
 		 181 aa  184  4e-46  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4950  ADP-ribose diphosphatase NudE  52.81 
 
 		 188 aa  184  7e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.247052  hitchhiker  0.0000179344 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3623  ADP-ribose diphosphatase NudE  50.29 
 
 		 182 aa  182  3e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.50121 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0285  ADP-ribose diphosphatase NudE  51.69 
 
 		 188 aa  181  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5916  ADP-ribose diphosphatase NudE  52.25 
 
 		 188 aa  180  9.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68380  ADP-ribose diphosphatase NudE  52.25 
 
 		 188 aa  180  9.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000374463  normal  0.555558 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1467  ADP-ribose diphosphatase NudE  51.43 
 
 		 187 aa  180  9.000000000000001e-45  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.858308  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2420  ADP-ribose diphosphatase NudE  50.54 
 
 		 184 aa  180  1e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0284  ADP-ribose diphosphatase NudE  51.69 
 
 		 188 aa  179  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.304837 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0393  ADP-ribose diphosphatase NudE  51.69 
 
 		 188 aa  177  7e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2418  NUDIX hydrolase  48.04 
 
 		 181 aa  173  9.999999999999999e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05490  ADP-ribose diphosphatase NudE  50.56 
 
 		 188 aa  173  9.999999999999999e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00271926  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4941  ADP-ribose diphosphatase NudE  51.69 
 
 		 188 aa  167  9e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2661  ADP-ribose diphosphatase NudE  50.28 
 
 		 211 aa  166  2e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.283798  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5402  mutT/nudix family protein  51.12 
 
 		 188 aa  165  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0524  ADP-ribose diphosphatase NudE  47.22 
 
 		 192 aa  165  2.9999999999999998e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1756  ADP-ribose diphosphatase NudE  44.89 
 
 		 183 aa  162  3e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3080  ADP-ribose diphosphatase NudE  47.4 
 
 		 187 aa  157  8e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.19694 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01648  ADP-ribose diphosphatase NudE  49.07 
 
 		 182 aa  155  4e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.541498  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0141  ADP-ribose diphosphatase NudE  47.43 
 
 		 182 aa  151  5e-36  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0160  ADP-ribose diphosphatase NudE  47.43 
 
 		 182 aa  150  8e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1638  NUDIX hydrolase  36.51 
 
 		 179 aa  85.5  4e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1124  NUDIX hydrolase  31.25 
 
 		 195 aa  85.1  5e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00244763 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0447  NUDIX hydrolase  30.99 
 
 		 180 aa  82.4  0.000000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3464  NUDIX hydrolase  30.54 
 
 		 190 aa  80.9  0.000000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.36556  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0674  NUDIX hydrolase  29.63 
 
 		 182 aa  79  0.00000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0138639  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2896  NUDIX hydrolase  27.98 
 
 		 166 aa  79  0.00000000000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4700  NUDIX hydrolase  30.11 
 
 		 184 aa  78.6  0.00000000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.478438  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1440  NUDIX hydrolase  29.61 
 
 		 183 aa  77  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1466  NUDIX hydrolase  29.61 
 
 		 183 aa  77.4  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0948  NUDIX hydrolase  30.11 
 
 		 182 aa  77.4  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03101  NUDIX hydrolase  32.34 
 
 		 187 aa  77  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0285  NUDIX hydrolase  32.08 
 
 		 164 aa  77.4  0.0000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.1016 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03091  NUDIX hydrolase  31.74 
 
 		 187 aa  75.9  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0558584  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2271  ADP-ribose pyrophosphatase  31.28 
 
 		 183 aa  75.1  0.0000000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1587  NUDIX hydrolase  29.69 
 
 		 180 aa  74.7  0.0000000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.356936  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1556  NUDIX hydrolase  29.69 
 
 		 180 aa  74.7  0.0000000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0288  NUDIX hydrolase  31.74 
 
 		 187 aa  74.3  0.0000000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.919876  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0076  NUDIX hydrolase  30.23 
 
 		 184 aa  74.3  0.0000000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.655363 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2595  NUDIX hydrolase  31.39 
 
 		 176 aa  74.3  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000152881  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1026  NUDIX hydrolase  29.17 
 
 		 183 aa  73.2  0.000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1829  NUDIX hydrolase  27.11 
 
 		 176 aa  72.8  0.000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0232  hypothetical protein  27.93 
 
 		 185 aa  72  0.000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.714493 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03191  NUDIX hydrolase  30.54 
 
 		 186 aa  71.6  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.798424  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1652  NUDIX hydrolase  26.88 
 
 		 186 aa  70.5  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.568517  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0176  NUDIX hydrolase  27.78 
 
 		 173 aa  70.1  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0982781  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03661  NUDIX hydrolase  30.71 
 
 		 186 aa  69.3  0.00000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>