More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_07270 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013165  Shel_07270  transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  620  1e-176  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13810  transcriptional regulator  33.45 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0147  LysR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 296 aa  95.9  8e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 311 aa  81.6  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0091  transcriptional regulator, LysR family  26.17 
 
 		 311 aa  80.9  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0101  transcriptional regulator, LysR family  25.84 
 
 		 311 aa  78.6  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7208  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 293 aa  75.9  0.0000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.319627  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1778  transcriptional regulator, LysR family  27.43 
 
 		 297 aa  75.5  0.0000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3921  transcriptional regulator, LysR family  25.1 
 
 		 305 aa  75.9  0.0000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4035  transcriptional regulator, LysR family  25.1 
 
 		 305 aa  75.9  0.0000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.176512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 308 aa  71.2  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6822  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 299 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1158  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 301 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0835  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 282 aa  70.9  0.00000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3118  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 313 aa  70.1  0.00000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.752623  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1120  LysR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 298 aa  69.7  0.00000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.359729  normal  0.248441 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  26.92 
 
 		 308 aa  69.3  0.00000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2826  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 302 aa  69.3  0.00000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123766 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5122  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 		 298 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  25 
 
 		 294 aa  68.9  0.00000000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.74 
 
 		 298 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0681  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 291 aa  68.2  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000325091  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3491  transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 		 290 aa  67.8  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.295371 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2577  transcriptional regulator, LysR family  26.16 
 
 		 297 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.216536  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0274  hypothetical protein  26.97 
 
 		 294 aa  67  0.0000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2268  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.47 
 
 		 302 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.170931  normal  0.112201 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0014  transcriptional regulator, LysR family  25.91 
 
 		 298 aa  66.6  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 316 aa  66.6  0.0000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  24.41 
 
 		 290 aa  66.6  0.0000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4144  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 307 aa  65.1  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 300 aa  65.1  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 298 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4429  LysR family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 295 aa  65.5  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.353494  normal  0.612684 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0014  transcriptional regulator, LysR family  26.21 
 
 		 298 aa  65.1  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.12063  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2928  transcriptional regulator, LysR family  26.29 
 
 		 309 aa  64.7  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2486  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 296 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 298 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 298 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 297 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0319  putative transcriptional regulator  26.98 
 
 		 313 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 298 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 298 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1053  transcriptional regulator, LysR family  26.77 
 
 		 310 aa  63.5  0.000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262564  normal  0.905939 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 298 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02870  putative transcriptional regulator  25.81 
 
 		 313 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238694 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0050  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 310 aa  62.8  0.000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 310 aa  62.4  0.000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4879  transcriptional regulator, LysR family  28.36 
 
 		 298 aa  62.4  0.000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1264  LysR family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 317 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2202  transcriptional regulator, LysR family  27.05 
 
 		 293 aa  62.4  0.000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  28.51 
 
 		 300 aa  62.4  0.000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1340  LysR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 317 aa  62  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.875316  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3307  transcriptional regulator, LysR family  28.65 
 
 		 300 aa  62  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0140  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 300 aa  62  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.273009  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26640  transcriptional regulator  29.34 
 
 		 294 aa  62  0.00000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.139135  normal  0.755388 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3652  transcriptional regulator, LysR family  27.52 
 
 		 301 aa  61.6  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2120  LysR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 292 aa  62  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.112359  normal  0.184045 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  23.3 
 
 		 299 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  23.3 
 
 		 299 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  25.34 
 
 		 295 aa  61.2  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2118  LysR family transcriptional regulator  21.09 
 
 		 294 aa  61.2  0.00000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3114  transcriptional regulator, LysR family  25.55 
 
 		 304 aa  61.6  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  23.3 
 
 		 299 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  23.79 
 
 		 299 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3236  transcriptional regulator, LysR family  24.75 
 
 		 307 aa  60.8  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19930  transcriptional regulator  28.32 
 
 		 294 aa  61.6  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.169185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  23.79 
 
 		 299 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2416  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  22.47 
 
 		 297 aa  61.2  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000387203  decreased coverage  0.000000509864 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0691  LysR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 294 aa  60.5  0.00000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.780494  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 298 aa  60.5  0.00000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  23.79 
 
 		 299 aa  60.8  0.00000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2527  LysR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 310 aa  60.5  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4611  LysR family transcriptional regulator  23.65 
 
 		 293 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0937251  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 317 aa  60.5  0.00000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  23.79 
 
 		 299 aa  60.1  0.00000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0354  LysR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 310 aa  59.7  0.00000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  21.72 
 
 		 294 aa  60.1  0.00000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4627  LysR family transcriptional regulator  23.71 
 
 		 293 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  23.59 
 
 		 290 aa  59.3  0.00000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  23.67 
 
 		 299 aa  59.3  0.00000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0613  LysR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 304 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.723423  normal  0.0745761 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3891  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 305 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.314742  normal  0.132364 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4570  LysR family transcriptional regulator  23.7 
 
 		 298 aa  58.9  0.00000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3501  transcriptional regulator, LysR family  26.54 
 
 		 310 aa  58.5  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.7374  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 310 aa  58.5  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3624  transcriptional regulator, LysR family  27.01 
 
 		 310 aa  58.5  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  26.84 
 
 		 303 aa  58.5  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2518  LysR family regulatory protein  23.46 
 
 		 311 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1439  transcriptional regulator, LysR family  24.7 
 
 		 301 aa  58.9  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1568  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 317 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.841213  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4662  transcriptional regulator, LysR family  29.56 
 
 		 329 aa  58.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0641  transcriptional regulator, LysR family  24.86 
 
 		 309 aa  58.9  0.0000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 303 aa  58.9  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4335  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 297 aa  58.5  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.385889  normal  0.337801 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 311 aa  58.9  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 311 aa  58.5  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4972  LysR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 306 aa  58.9  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.884957  normal  0.156049 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5121  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.26 
 
 		 306 aa  58.2  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 301 aa  57.8  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0362  LysR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 301 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>