More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1825 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1825  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 315 aa  648    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.401328  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0421  LysR family transcriptional regulator  67.97 
 
 		 291 aa  411  1e-114  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3183  LysR family transcriptional regulator  63.7 
 
 		 295 aa  388  1e-107  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1185  transcriptional regulator, LysR family  63.7 
 
 		 295 aa  390  1e-107  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3327  LysR family transcriptional regulator  63.7 
 
 		 295 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3184  LysR family transcriptional regulator  63.01 
 
 		 295 aa  386  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003833  putative transcriptional regulator  50.86 
 
 		 292 aa  316  3e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01849  transcriptional regulator  50.52 
 
 		 290 aa  307  1.0000000000000001e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1136  LysR family transcriptional regulator  52.05 
 
 		 292 aa  301  9e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1242  LysR family transcriptional regulator  50.55 
 
 		 292 aa  291  1e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.310475 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1342  LysR family transcriptional regulator  48.89 
 
 		 292 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00332672  hitchhiker  0.00012242 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1149  LysR family transcriptional regulator  47.72 
 
 		 291 aa  276  3e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.229306  normal  0.0812943 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 311 aa  189  4e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 326 aa  189  5.999999999999999e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3742  putative transcriptional regulator  32.65 
 
 		 292 aa  182  6e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5095  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 302 aa  182  7e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 297 aa  181  2e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0141  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1037  LysR substrate-binding  32.16 
 
 		 302 aa  175  8e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170285 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3337  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  31.8 
 
 		 302 aa  172  6.999999999999999e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2976  LysR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 313 aa  169  8e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288954 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4433  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 297 aa  168  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  36.08 
 
 		 297 aa  167  1e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4052  LysR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 292 aa  167  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3141  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 296 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 294 aa  156  4e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4390  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 293 aa  155  1e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.262876 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3257  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 288 aa  153  5e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000024832  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4929  LysR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 301 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377271  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0788  transcriptional regulator, LysR family  37.28 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.232962  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 296 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4801  LysR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 296 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0716178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1024  transcriptional regulator, LysR family  36.92 
 
 		 292 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3353  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 287 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.686915 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3172  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 287 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3189  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 287 aa  145  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3238  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 287 aa  146  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00156229 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3252  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 287 aa  146  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993156 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3588  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2306  transcriptional regulator, LysR family  34.39 
 
 		 283 aa  143  3e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.16135  normal  0.168565 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0716  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 294 aa  142  7e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3576  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.322821  normal  0.0297722 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3300  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 288 aa  140  3e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0612  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.341398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  30.26 
 
 		 294 aa  136  4e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  30.63 
 
 		 294 aa  136  5e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0355  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 		 298 aa  135  6.0000000000000005e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26860  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 296 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3411  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 296 aa  135  9.999999999999999e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0169  transcriptional regulator, LysR family  31.87 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2275  regulatory protein LysR  31.71 
 
 		 301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.288787  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0922  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 294 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.534573  normal  0.0707168 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2730  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  32.22 
 
 		 292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4338  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1442  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1330  LysR family substrate binding transcriptional regulator  32.22 
 
 		 292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2262  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1232  HTH-type transcription regulator, LysR family  30.86 
 
 		 287 aa  128  2.0000000000000002e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2378  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 294 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5696  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 294 aa  126  5e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.542935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2393  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 294 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0216  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.89 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.434273  normal  0.433607 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4323  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 284 aa  124  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1745  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2357  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2415  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 284 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.535786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0195  LysR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 323 aa  123  4e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3586  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 294 aa  122  8e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2275  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 294 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3489  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 291 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3513  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 284 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2710  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 299 aa  120  3e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0557153  normal  0.0592619 
 
 
-
 
NC_003296  RS04791  putative transcription regulator protein  31.95 
 
 		 294 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.781761  normal  0.0562945 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0155  transcriptional regulator, LysR family  29.21 
 
 		 307 aa  119  6e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3798  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 290 aa  117  3e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0137  LysR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 307 aa  116  5e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1150  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 294 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.529975  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1303  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 294 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1142  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 294 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4116  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 294 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4003  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 294 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.684934  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2212  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05259  transcriptional regulator  30.74 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2531  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0943  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.167297  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0697  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2083  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.163485  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 302 aa  114  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 306 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1422  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 295 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.295916  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>