More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0211 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0211  transcriptional regulator, MerR family protein  100 
 
 		 148 aa  310  3.9999999999999997e-84  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3819  MerR family transcriptional regulator  62.76 
 
 		 153 aa  189  9e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0221891 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0271  MerR family transcriptional regulator  62.6 
 
 		 156 aa  179  9.000000000000001e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1934  MerR family transcriptional regulator  51.09 
 
 		 142 aa  149  1e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.210113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00354  putative Zn(II)-responsive transcriptional regulator, regulates Zn export (MerR family) protein  48.48 
 
 		 136 aa  143  7.0000000000000006e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.784451  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2090  MerR family transcriptional regulator  50.37 
 
 		 143 aa  143  9e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00394  putative Zn(II)-responsive transcriptional regulator, regulates Zn export (MerR family) protein  49.62 
 
 		 144 aa  141  4e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3788  MerR family transcriptional regulator  45.86 
 
 		 144 aa  133  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.318416  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3005  MerR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 144 aa  125  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.44472  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2256  MerR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 136 aa  121  3e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.773576 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2675  MerR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 150 aa  101  3e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.995117  normal  0.398735 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1416  MerR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 175 aa  101  4e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.185788  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3620  transcriptional regulator, MerR family  32.62 
 
 		 148 aa  94.4  4e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2494  transcriptional regulator, MerR family  32.62 
 
 		 148 aa  94.4  4e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.453842  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3676  transcriptional regulator, MerR family  37.19 
 
 		 143 aa  88.6  3e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.511555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0396  zinc-responsive transcriptional regulator  32.61 
 
 		 177 aa  87.4  6e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1777  MerR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 145 aa  87  9e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1150  transcriptional regulator, MerR family  36 
 
 		 135 aa  86.7  1e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00496019 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0443  zinc-responsive transcriptional regulator  35.04 
 
 		 163 aa  85.5  2e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1739  MerR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 141 aa  85.1  3e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.784519 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0445  zinc-responsive transcriptional regulator  33.33 
 
 		 159 aa  84.3  5e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.261357 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3583  zinc-responsive transcriptional regulator  34.31 
 
 		 157 aa  84  7e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3400  zinc-responsive transcriptional regulator  33.58 
 
 		 156 aa  83.6  8e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0446  zinc-responsive transcriptional regulator  32.85 
 
 		 157 aa  83.6  9e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0442  zinc-responsive transcriptional regulator  33.58 
 
 		 157 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4536  transcriptional regulator, MerR family  30.99 
 
 		 146 aa  83.2  0.000000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.228678  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4509  transcriptional regulator, MerR family  35.04 
 
 		 129 aa  83.2  0.000000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0125189 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1646  MerR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 133 aa  82.4  0.000000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2008  transcriptional regulator, MerR family  33.85 
 
 		 148 aa  82  0.000000000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.505788  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13367  MerR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 146 aa  82  0.000000000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.272142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3411  zinc-responsive transcriptional regulator  30.99 
 
 		 158 aa  81.6  0.000000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0303  transcriptional regulator, MerR family  27.69 
 
 		 154 aa  81.6  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00540997  normal  0.988288 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3408  zinc-responsive transcriptional regulator  32.33 
 
 		 171 aa  79.3  0.00000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3912  zinc-responsive transcriptional regulator  30.66 
 
 		 171 aa  78.6  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0421  zinc-responsive transcriptional regulator  30.66 
 
 		 176 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3839  zinc-responsive transcriptional regulator  30.66 
 
 		 171 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.231012 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4035  zinc-responsive transcriptional regulator  30.66 
 
 		 176 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2819  transcriptional regulator, MerR family protein  36.96 
 
 		 129 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2059  transcriptional regulator, MerR family  32.03 
 
 		 145 aa  77.8  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.477962 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1129  MerR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 131 aa  77.8  0.00000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.560457  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2152  MerR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 137 aa  77.8  0.00000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.845816  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00208  zinc-responsive transcriptional regulator  37.38 
 
 		 132 aa  77.4  0.00000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3680  transcriptional regulator, MerR family  34.04 
 
 		 133 aa  76.6  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.446637  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0433  zinc-responsive transcriptional regulator  31.11 
 
 		 173 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002186  zinc-responsive transcriptional regulator  36.45 
 
 		 132 aa  76.3  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00879391  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1913  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  35.51 
 
 		 134 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0400556  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2655  zinc-responsive transcriptional regulator  36.45 
 
 		 133 aa  76.3  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0596  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  35.51 
 
 		 134 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0543  transcriptional regulator, MerR family  37.04 
 
 		 158 aa  75.5  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.166066  hitchhiker  0.000000593111 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0373  transcriptional regulator, MerR family  37.04 
 
 		 158 aa  75.5  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1687  MerR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 129 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2453  transcriptional regulator, MerR family  34.23 
 
 		 155 aa  75.1  0.0000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00000100878  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0494  zinc-responsive transcriptional regulator  28.15 
 
 		 153 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0203  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  36.28 
 
 		 135 aa  74.7  0.0000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2041  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  34.58 
 
 		 134 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00900822  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0499  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  34.58 
 
 		 144 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0028  transcriptional regulator, MerR family  31.97 
 
 		 143 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.234521  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0297  zinc-responsive transcriptional regulator  29.63 
 
 		 159 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0442  transcriptional regulator, MerR family  32.43 
 
 		 132 aa  73.6  0.0000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.856657  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4217  MerR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 137 aa  73.6  0.0000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0420  transcriptional regulator, MerR family  33.64 
 
 		 255 aa  73.6  0.0000000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0310  zinc-responsive transcriptional regulator  32.08 
 
 		 141 aa  73.2  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.44406  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0608  zinc-responsive transcriptional regulator  32.08 
 
 		 144 aa  73.2  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000357731  normal  0.723537 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3108  MerR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 154 aa  73.2  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.798682  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3888  zinc-responsive transcriptional regulator  32.08 
 
 		 141 aa  73.2  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00039361  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4528  transcriptional regulator, MerR family  34.29 
 
 		 129 aa  72.8  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.355526 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3941  MerR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 128 aa  72  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.708141  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2173  regulatory protein, MerR  33.7 
 
 		 147 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0993  MerR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 137 aa  72.4  0.000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.335093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2588  MerR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 129 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0158199 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2655  MerR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 129 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2762  MerR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 129 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0179  MerR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 136 aa  72.8  0.000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06140  predicted transcriptional regulator  31.78 
 
 		 129 aa  72.4  0.000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2981  MerR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 134 aa  71.6  0.000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0123  MerR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 143 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.329923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1218  MerR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 134 aa  71.6  0.000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02955  Hg(II)-responsive transcriptional regulator  45.45 
 
 		 128 aa  72  0.000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0202543  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2841  zinc-responsive transcriptional regulator  36.78 
 
 		 139 aa  71.6  0.000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0481985  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1304  zinc-responsive transcriptional regulator  28.15 
 
 		 140 aa  72  0.000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2572  MerR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 141 aa  72  0.000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.957862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2686  MerR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 172 aa  72  0.000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4360  MerR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 134 aa  71.6  0.000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0113  MerR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 143 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4384  MerR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 134 aa  71.6  0.000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3329  zinc-responsive transcriptional regulator  28.15 
 
 		 144 aa  71.2  0.000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.886267 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02950  Hg(II)-responsive transcriptional regulator  39.53 
 
 		 131 aa  71.2  0.000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0289893  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2868  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 129 aa  71.2  0.000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000311414  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2464  transcriptional regulator, MerR family  30.08 
 
 		 137 aa  71.2  0.000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2325  MerR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 147 aa  71.2  0.000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7157  transcriptional regulator, MerR family  34.86 
 
 		 129 aa  71.2  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.267404  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2718  transcriptional regulator, MerR family  30.47 
 
 		 150 aa  70.9  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.654055  hitchhiker  0.0000347436 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2325  MerR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 135 aa  71.2  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4090  putative MerR/CueR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 137 aa  70.9  0.000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.849727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3237  MerR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 137 aa  70.9  0.000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1967  MerR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 141 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.775323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2307  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  38.53 
 
 		 132 aa  70.5  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3303  MerR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 143 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4237  MerR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 136 aa  70.1  0.000000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.428618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3477  MerR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 120 aa  70.1  0.000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.137212  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>