More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2549 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_2549  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
292 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1684  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.06 
 
 
307 aa  265  1e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.298373  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.64 
 
 
289 aa  236  4e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2761  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.81 
 
 
300 aa  231  1e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.015422  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3705  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.24 
 
 
309 aa  226  2e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.146847  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.51 
 
 
303 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289187  hitchhiker  0.00172114 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.33 
 
 
286 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.15 
 
 
298 aa  211  1e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08561  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.26 
 
 
297 aa  209  6e-53  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001769 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2099  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.28 
 
 
289 aa  207  1e-52  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.626697 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00990  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.38 
 
 
288 aa  207  1e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0635  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.97 
 
 
295 aa  204  1e-51  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.711737  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0603  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.64 
 
 
289 aa  204  1e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.398249  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0442  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.64 
 
 
289 aa  204  1e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.121768  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.65 
 
 
296 aa  201  9.999999999999999e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  40 
 
 
296 aa  201  1.9999999999999998e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3236  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.93 
 
 
285 aa  200  1.9999999999999998e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1504  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.74 
 
 
369 aa  200  3e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2594  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.97 
 
 
314 aa  199  6e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.32 
 
 
298 aa  198  7e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.84 
 
 
296 aa  197  3e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1338  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.25 
 
 
284 aa  194  2e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.326275  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1473  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.81 
 
 
381 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.25 
 
 
284 aa  192  4e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.131341  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.25 
 
 
284 aa  192  4e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1118  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.25 
 
 
284 aa  192  5e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000464599  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1376  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.25 
 
 
284 aa  192  5e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.580619  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1299  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.25 
 
 
284 aa  192  6e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000423325 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1112  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.47 
 
 
284 aa  191  1e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0345479  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2034  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.45 
 
 
294 aa  191  1e-47  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.14 
 
 
287 aa  190  2e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1468  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.39 
 
 
381 aa  190  2e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.23 
 
 
285 aa  188  1e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2879  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.53 
 
 
389 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000159645 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.11 
 
 
288 aa  186  3e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.41 
 
 
294 aa  186  4e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1125  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.7 
 
 
284 aa  186  5e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.110653  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.19 
 
 
291 aa  186  5e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.85 
 
 
294 aa  185  9e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3272  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.68 
 
 
276 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.92 
 
 
285 aa  184  2.0000000000000003e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0187  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.84 
 
 
270 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00961  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.56 
 
 
311 aa  184  2.0000000000000003e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.578879 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.69 
 
 
281 aa  183  3e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2124  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.11 
 
 
300 aa  183  3e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.78 
 
 
291 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2097  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.46 
 
 
280 aa  182  6e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.03 
 
 
285 aa  182  8.000000000000001e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1659  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.68 
 
 
277 aa  181  2e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.65 
 
 
278 aa  180  2e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0232  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.17 
 
 
270 aa  178  8e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0488037  normal  0.41258 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.74 
 
 
288 aa  177  1e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.13 
 
 
261 aa  177  1e-43  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.92 
 
 
280 aa  177  2e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.36 
 
 
293 aa  177  2e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.93 
 
 
291 aa  176  3e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0776  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.62 
 
 
295 aa  176  5e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.92 
 
 
301 aa  176  5e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.93 
 
 
307 aa  175  6e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1239  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.01 
 
 
298 aa  175  7e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.181567  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.33 
 
 
291 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.93 
 
 
283 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1580  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.93 
 
 
278 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.92 
 
 
301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.92 
 
 
280 aa  173  3.9999999999999995e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2618  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.33 
 
 
359 aa  171  9e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000414466 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.56 
 
 
297 aa  171  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.45 
 
 
290 aa  171  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1420  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.15 
 
 
279 aa  168  9e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0764  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.61 
 
 
299 aa  167  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1270  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.26 
 
 
246 aa  167  2e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.120317  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0953  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.84 
 
 
281 aa  167  2e-40  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.719428  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0823  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  35.47 
 
 
294 aa  166  2.9999999999999998e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.58 
 
 
287 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.95 
 
 
306 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8192  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.41 
 
 
301 aa  166  4e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1561  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.38 
 
 
285 aa  166  5e-40  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0633  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.37 
 
 
285 aa  166  5e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3036  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.45 
 
 
283 aa  166  5.9999999999999996e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.6 
 
 
292 aa  165  8e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  37.28 
 
 
293 aa  165  8e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1437  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.83 
 
 
363 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0794  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  35.47 
 
 
294 aa  164  1.0000000000000001e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0575  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.23 
 
 
305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3802  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.08 
 
 
305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.813564  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2239  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.59 
 
 
301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.562974 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3345  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.3 
 
 
278 aa  163  3e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2183  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.84 
 
 
294 aa  162  5.0000000000000005e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1444  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  32.75 
 
 
283 aa  162  5.0000000000000005e-39  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.76 
 
 
286 aa  162  6e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.44 
 
 
295 aa  162  6e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.06 
 
 
291 aa  162  6e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2718  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.43 
 
 
292 aa  162  6e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.23 
 
 
286 aa  162  8.000000000000001e-39  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.59 
 
 
300 aa  162  9e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0900  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.23 
 
 
278 aa  161  1e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.34862e-32 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3490  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.92 
 
 
296 aa  161  1e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.507089 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0637  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.35 
 
 
306 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.618272 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1741  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.75 
 
 
320 aa  160  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1396  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.23 
 
 
301 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>