221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_0663 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_0663  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  100 
 
 
464 aa  937    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3129  DNA photolyase, FAD-binding  58.73 
 
 
468 aa  514  1e-144  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3762  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  52.7 
 
 
462 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12101  normal  0.44256 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2754  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  50.97 
 
 
467 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.853539 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04990  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.07 
 
 
466 aa  446  1.0000000000000001e-124  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2459  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  52.56 
 
 
467 aa  444  1e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.343521 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2531  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  51.19 
 
 
467 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.695435  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0155  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  51.21 
 
 
476 aa  421  1e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3221  deoxyribodipyrimidine photolyase  47.7 
 
 
448 aa  414  1e-114  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.147791  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6363  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  51.52 
 
 
465 aa  414  1e-114  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.111638 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0725  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.78 
 
 
455 aa  400  9.999999999999999e-111  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2139  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.67 
 
 
456 aa  398  1e-109  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3500  DNA photolyase FAD-binding protein  41.59 
 
 
453 aa  385  1e-106  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0767  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.21 
 
 
451 aa  365  1e-99  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.268516 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1961  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  44.22 
 
 
468 aa  360  3e-98  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.351083  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4497  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  43.81 
 
 
446 aa  360  4e-98  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.112755  normal  0.578419 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0876  DNA photolyase, class 2  41 
 
 
459 aa  341  1e-92  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0522  DNA photolyase, class 2  41.09 
 
 
495 aa  330  4e-89  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.372488 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0527  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  40.04 
 
 
462 aa  328  2.0000000000000001e-88  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_45715  predicted protein  43.68 
 
 
467 aa  327  4.0000000000000003e-88  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.380145  normal  0.059566 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1321  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.6 
 
 
469 aa  325  9e-88  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.533615  normal  0.0703748 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1775  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.21 
 
 
447 aa  324  2e-87  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00154316  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2012  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.19 
 
 
450 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2829  deoxyribodipyrimidine photolyase, putative  41.48 
 
 
461 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.242896  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0179  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  43.18 
 
 
487 aa  305  1.0000000000000001e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0415  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.91 
 
 
452 aa  300  5e-80  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2851  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.39 
 
 
473 aa  298  1e-79  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1936  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.12 
 
 
494 aa  295  8e-79  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2693  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.92 
 
 
449 aa  268  1e-70  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1430  DNA photolyase FAD-binding protein  34.76 
 
 
493 aa  265  2e-69  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3226  DNA photolyase FAD-binding  38.03 
 
 
486 aa  258  2e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.575372  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4973  DNA photolyase FAD-binding protein  37.35 
 
 
496 aa  258  2e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.179925 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30886  predicted protein  35.31 
 
 
506 aa  257  4e-67  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.25268 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2716  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.64 
 
 
490 aa  250  4e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3007  DNA photolyase FAD-binding  38.25 
 
 
493 aa  249  8e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.742505 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_51952  class II CPD photolyase  37.24 
 
 
511 aa  248  1e-64  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3125  DNA photolyase FAD-binding  36.97 
 
 
486 aa  249  1e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.848481  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3028  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  36.16 
 
 
490 aa  242  9e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41733  predicted protein  36.21 
 
 
477 aa  234  3e-60  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.908244  normal  0.188048 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_36787  predicted protein  36.21 
 
 
477 aa  234  3e-60  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00684152  hitchhiker  0.00249943 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0288  DNA photolyase FAD-binding protein  34.82 
 
 
843 aa  228  1e-58  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_49165  predicted protein  34.45 
 
 
495 aa  79.7  0.0000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.69324  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.68 
 
 
477 aa  74.3  0.000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1907  DNA photolyase, class 2  41.24 
 
 
104 aa  72.4  0.00000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.55 
 
 
469 aa  71.6  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  25.41 
 
 
471 aa  70.9  0.00000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  21.57 
 
 
452 aa  70.5  0.00000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5903  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.94 
 
 
436 aa  70.5  0.00000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.696635 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  25.59 
 
 
471 aa  70.1  0.00000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.67 
 
 
483 aa  68.6  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04795  photolyase  23.79 
 
 
472 aa  68.2  0.0000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.722935  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2179  deoxyribodipyrimidine photolyase  23.81 
 
 
481 aa  66.6  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.15 
 
 
479 aa  65.1  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4086  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.77 
 
 
449 aa  64.7  0.000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.703366  normal  0.759953 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.68 
 
 
475 aa  64.7  0.000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1759  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.18 
 
 
454 aa  64.3  0.000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0257219  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.16 
 
 
511 aa  63.9  0.000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.26 
 
 
487 aa  63.5  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.39 
 
 
473 aa  63.5  0.000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.09 
 
 
483 aa  63.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1224  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.95 
 
 
497 aa  62.8  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3184  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  21.43 
 
 
476 aa  62  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262936  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  23.14 
 
 
470 aa  62  0.00000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.37 
 
 
474 aa  62  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  31.17 
 
 
481 aa  62  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.41 
 
 
487 aa  61.6  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  24.86 
 
 
476 aa  61.6  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  22.89 
 
 
492 aa  61.2  0.00000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1613  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.04 
 
 
425 aa  60.8  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1112  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.27 
 
 
487 aa  60.8  0.00000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.196695  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1441  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.05 
 
 
474 aa  60.8  0.00000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511514  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.17 
 
 
479 aa  60.1  0.00000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4676  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.57 
 
 
500 aa  59.7  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.499221 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.68 
 
 
468 aa  59.7  0.0000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.27 
 
 
487 aa  59.3  0.0000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  21.61 
 
 
476 aa  59.7  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2935  deoxyribodipyrimidine photolyase  22.51 
 
 
476 aa  58.5  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.43 
 
 
483 aa  59.3  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4658  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.59 
 
 
476 aa  58.9  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0553081  normal  0.710404 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.86 
 
 
471 aa  58.9  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1212  deoxyribodipyrimidine photolyase  23.64 
 
 
470 aa  58.5  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.821476  normal  0.0350184 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  22.51 
 
 
476 aa  58.2  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3180  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  22.26 
 
 
469 aa  58.2  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.72 
 
 
501 aa  58.5  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1562  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.65 
 
 
471 aa  58.2  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.51951  normal  0.490223 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3187  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  22.51 
 
 
476 aa  58.2  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  27.16 
 
 
474 aa  57.8  0.0000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1163  deoxyribodipyrimidine photolyase  25 
 
 
487 aa  58.2  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0151  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.51 
 
 
497 aa  57.8  0.0000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0953516  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.43 
 
 
476 aa  57.4  0.0000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1262  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.46 
 
 
463 aa  57.4  0.0000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103305  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2469  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.02 
 
 
475 aa  57.4  0.0000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000205711 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.23 
 
 
478 aa  57.4  0.0000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  21.86 
 
 
476 aa  57  0.0000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1815  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.05 
 
 
486 aa  57  0.0000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.496869  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1272  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.57 
 
 
434 aa  56.6  0.0000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.05 
 
 
493 aa  57  0.0000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.32 
 
 
486 aa  56.6  0.0000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.49 
 
 
477 aa  55.8  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.73 
 
 
488 aa  56.2  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>