More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_3895 on replicon NC_009429
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007494  RSP_3063  AMP-dependent synthetase and ligase  76.01 
 
 
446 aa  669    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.214783  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3895  hypothetical protein  100 
 
 
446 aa  890    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.859841 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3791  AMP-dependent synthetase and ligase  76.46 
 
 
446 aa  675    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.712407  normal  0.636512 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1127  AMP-dependent synthetase and ligase  43.27 
 
 
447 aa  341  2e-92  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4047  AMP-dependent synthetase and ligase  42.03 
 
 
447 aa  339  5e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0813  AMP-dependent synthetase and ligase  41.85 
 
 
449 aa  332  6e-90  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3967  AMP-dependent synthetase and ligase  42.16 
 
 
447 aa  332  9e-90  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.923272  normal  0.0394514 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1426  AMP-dependent synthetase and ligase  32.05 
 
 
449 aa  246  4.9999999999999997e-64  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.745476  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1373  AMP-dependent synthetase and ligase  32.53 
 
 
383 aa  143  6e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.826102 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3230  AMP-dependent synthetase and ligase  32.87 
 
 
526 aa  135  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2384  long chain acyl-CoA synthetase  30.18 
 
 
522 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.838987  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.43 
 
 
519 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  30.81 
 
 
495 aa  126  8.000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0186  AMP-dependent synthetase and ligase  32.13 
 
 
503 aa  125  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3655  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.8 
 
 
483 aa  125  2e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.334351  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3728  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.8 
 
 
483 aa  125  2e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.38736 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2704  AMP-dependent synthetase and ligase  34.45 
 
 
545 aa  123  7e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4529  AMP-dependent synthetase and ligase  29.73 
 
 
529 aa  123  8e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  30.12 
 
 
662 aa  122  9.999999999999999e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19550  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  32.73 
 
 
533 aa  122  9.999999999999999e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3600  malonyl-CoA synthase  29.23 
 
 
505 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3668  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.21 
 
 
483 aa  122  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.188298  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  32.85 
 
 
511 aa  122  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6445  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 
542 aa  121  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.607182  hitchhiker  3.41608e-16 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  29.5 
 
 
518 aa  120  7e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1998  putative acyl-CoA synthetase, long-chain fatty acid:CoA ligase  29.97 
 
 
508 aa  119  7.999999999999999e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.222529  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2525  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.44 
 
 
478 aa  119  7.999999999999999e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.539052 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1763  AMP-dependent synthetase and ligase  32.38 
 
 
521 aa  119  9.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.494407 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3072  hypothetical protein  28.86 
 
 
448 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2032  AMP-dependent synthetase and ligase  32.56 
 
 
551 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.367958 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1765  AMP-dependent synthetase and ligase  31.4 
 
 
514 aa  118  1.9999999999999998e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.459624  normal  0.518074 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8762  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.9 
 
 
510 aa  117  3e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.225168 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2861  AMP-dependent synthetase and ligase  34.88 
 
 
508 aa  117  3e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.213595 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  27.9 
 
 
516 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4336  AMP-dependent synthetase and ligase  28.66 
 
 
515 aa  117  5e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0623029  hitchhiker  0.00463044 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1028  putative AMP-dependent synthetase and ligase  30.55 
 
 
530 aa  117  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0219794  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0576  AMP-dependent synthetase and ligase  29.31 
 
 
441 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  28.51 
 
 
520 aa  116  6.9999999999999995e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4379  AMP-dependent synthetase and ligase  29.31 
 
 
506 aa  116  6.9999999999999995e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.177409 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  30.75 
 
 
525 aa  116  7.999999999999999e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  29.48 
 
 
523 aa  116  7.999999999999999e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13106  fatty-acid-CoA ligase fadD13  29.34 
 
 
503 aa  116  8.999999999999998e-25  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8226  AMP-dependent synthetase and ligase  30.5 
 
 
515 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.198543  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4311  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.02 
 
 
477 aa  115  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.569405 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  32.62 
 
 
509 aa  116  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4133  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.34 
 
 
490 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.731956  normal  0.7945 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1211  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.6 
 
 
527 aa  115  2.0000000000000002e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2797  malonyl-CoA synthase  29.4 
 
 
518 aa  114  3e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.676577 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3492  AMP-dependent synthetase and ligase  32.76 
 
 
555 aa  114  3e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.117017  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5054  AMP-dependent synthetase and ligase  33.66 
 
 
453 aa  114  3e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.606706 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1255  AMP-dependent synthetase and ligase  28.51 
 
 
506 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4593  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 
453 aa  114  5e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.158973 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6726  AMP-dependent synthetase and ligase  30.67 
 
 
473 aa  113  7.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.149024  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3475  AMP-dependent synthetase and ligase  33.04 
 
 
524 aa  113  7.000000000000001e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.440115  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5763  AMP-dependent synthetase and ligase  31 
 
 
500 aa  113  7.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2250  AMP-dependent synthetase and ligase  30.73 
 
 
538 aa  113  7.000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.36 
 
 
514 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0861  AMP-dependent synthetase and ligase  31.14 
 
 
514 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6078  AMP-dependent synthetase and ligase  31.25 
 
 
553 aa  111  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.225727  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0840  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.36 
 
 
510 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.15 
 
 
510 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3836  AMP-dependent synthetase and ligase  31.1 
 
 
510 aa  110  4.0000000000000004e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3917  AMP-dependent synthetase and ligase  28.16 
 
 
521 aa  110  4.0000000000000004e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.287192  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1153  AMP-dependent synthetase and ligase  28.7 
 
 
535 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.332215 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3351  AMP-dependent synthetase and ligase  30.27 
 
 
472 aa  110  4.0000000000000004e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.156488 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6525  AMP-dependent synthetase and ligase  30.75 
 
 
487 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2939  AMP-dependent synthetase and ligase  27.97 
 
 
502 aa  110  5e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.572456  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0116  AMP-dependent synthetase and ligase  27.97 
 
 
502 aa  110  5e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.95 
 
 
510 aa  110  6e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3772  putative O-succinylbenzoate--CoA ligase  29.15 
 
 
531 aa  110  6e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.910601 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.95 
 
 
510 aa  110  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.95 
 
 
510 aa  110  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1246  AMP-dependent synthetase and ligase  27.93 
 
 
5154 aa  110  7.000000000000001e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.262553 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  28.06 
 
 
520 aa  110  7.000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.95 
 
 
510 aa  109  8.000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.95 
 
 
510 aa  109  8.000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.95 
 
 
510 aa  109  1e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  29.45 
 
 
515 aa  109  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.95 
 
 
510 aa  108  2e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4871  AMP-dependent synthetase and ligase  26.82 
 
 
506 aa  108  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.324146  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.23 
 
 
525 aa  108  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.75 
 
 
510 aa  108  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.75 
 
 
510 aa  108  2e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1553  AMP-dependent synthetase and ligase  26.54 
 
 
495 aa  108  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.215812  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2474  AMP-dependent synthetase and ligase  25.5 
 
 
522 aa  108  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0130  AMP-dependent synthetase and ligase  27.75 
 
 
502 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.963028  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0226  malonyl-CoA synthase  27.36 
 
 
508 aa  108  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0526846  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2287  AMP-dependent synthetase and ligase  28.24 
 
 
517 aa  107  3e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2660  AMP-dependent synthetase and ligase  32.82 
 
 
510 aa  108  3e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.846562  normal  0.161262 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1367  AMP-dependent synthetase and ligase  27.35 
 
 
502 aa  107  3e-22  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.439129  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4133  AMP-dependent synthetase and ligase  30.65 
 
 
497 aa  107  4e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.902426 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1936  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.27 
 
 
572 aa  107  4e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.451048  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4160  AMP-dependent synthetase and ligase  30.75 
 
 
499 aa  107  4e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.365856  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4351  AMP-dependent synthetase and ligase  28.78 
 
 
578 aa  107  4e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2014  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.96 
 
 
562 aa  107  5e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277435  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2125  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.96 
 
 
562 aa  107  5e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3296  AMP-dependent synthetase and ligase  27.33 
 
 
502 aa  107  5e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0486472  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.96 
 
 
577 aa  107  5e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000565226  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0851  acyl-CoA synthetase  28.6 
 
 
504 aa  107  6e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0227528 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  30.77 
 
 
518 aa  107  6e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>