More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3730 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_3407  NAD-dependent epimerase/dehydratase  99.08 
 
 
327 aa  644    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3730  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
327 aa  650    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2168  hypothetical protein  56.21 
 
 
326 aa  363  2e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.243354 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.42 
 
 
326 aa  363  2e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.91 
 
 
323 aa  362  7.0000000000000005e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58049  normal  0.22893 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.02 
 
 
323 aa  361  9e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0267273  normal  0.116781 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.42 
 
 
323 aa  353  1e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3207  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.42 
 
 
323 aa  354  1e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.42 
 
 
323 aa  353  1e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.173565  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0473  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.73 
 
 
323 aa  353  2e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.784653  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1422  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  58.15 
 
 
324 aa  352  5.9999999999999994e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.144827  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.6 
 
 
329 aa  350  1e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.552547  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.59 
 
 
326 aa  350  2e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.8 
 
 
323 aa  348  5e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.67812  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.11 
 
 
323 aa  348  5e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.321153  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1637  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.22 
 
 
326 aa  345  7e-94  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.115399  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0972  hypothetical protein  53.07 
 
 
323 aa  343  2e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1925  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  52.45 
 
 
323 aa  338  7e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.281448  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0572  hypothetical protein  52.45 
 
 
323 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0444  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  52.45 
 
 
323 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0895  hypothetical protein  52.15 
 
 
323 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2018  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  52.45 
 
 
323 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.381925  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1862  hypothetical protein  52.15 
 
 
323 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2014  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.38 
 
 
332 aa  322  4e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0242724  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0145  hypothetical protein  52.47 
 
 
321 aa  322  5e-87  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.252079  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0130  hypothetical protein  52.47 
 
 
321 aa  322  5e-87  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1902  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  48.76 
 
 
332 aa  322  7e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000745281  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2246  hypothetical protein  49.07 
 
 
332 aa  321  9.000000000000001e-87  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000358577  normal  0.308003 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.74 
 
 
342 aa  312  5.999999999999999e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.765579  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3035  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  48.91 
 
 
316 aa  293  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3064  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.91 
 
 
316 aa  293  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.516818 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3223  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  48.6 
 
 
316 aa  293  4e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3103  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  48.6 
 
 
316 aa  293  4e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3119  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.6 
 
 
316 aa  291  8e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0293341 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.69 
 
 
319 aa  291  8e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3138  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.91 
 
 
356 aa  291  9e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.49188  normal  0.231894 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0016  hypothetical protein  44.79 
 
 
315 aa  290  2e-77  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4879  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.39 
 
 
339 aa  290  3e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.492677  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1872  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.55 
 
 
341 aa  285  1.0000000000000001e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.364905 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6012  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.56 
 
 
326 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00564749 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7275  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.53 
 
 
327 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.279609  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.71 
 
 
329 aa  282  6.000000000000001e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0451  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.04 
 
 
351 aa  282  7.000000000000001e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.08 
 
 
325 aa  281  1e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.81 
 
 
327 aa  276  4e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1131  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.04 
 
 
325 aa  275  6e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652094  normal  0.317394 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2553  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  41.46 
 
 
315 aa  274  2.0000000000000002e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.020426  hitchhiker  0.00495986 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2486  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.2 
 
 
327 aa  271  8.000000000000001e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3294  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.29 
 
 
348 aa  270  2.9999999999999997e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.238348  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2080  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.5 
 
 
328 aa  268  1e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.58 
 
 
328 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.423023  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4325  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.72 
 
 
327 aa  265  1e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0866778 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2100  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.28 
 
 
328 aa  263  3e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.415706  decreased coverage  0.000106106 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3643  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.73 
 
 
328 aa  260  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.611335  normal  0.301343 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3192  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.85 
 
 
325 aa  260  2e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03119  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G12770)  44.44 
 
 
316 aa  259  4e-68  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00746  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G14210)  43.94 
 
 
321 aa  256  3e-67  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.761224  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3557  putative UDP-glucose 4-epimerase  42.02 
 
 
327 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.76 
 
 
328 aa  249  3e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.459249  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5339  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.46 
 
 
328 aa  245  8e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.506221  normal  0.0682728 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5711  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.69 
 
 
330 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.272869 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3049  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.27 
 
 
314 aa  236  4e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2404  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.67 
 
 
339 aa  219  5e-56  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000498566  decreased coverage  0.0000954183 
 
 
-
 
NC_006670  CNA08100  conserved hypothetical protein  39.25 
 
 
347 aa  211  1e-53  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0451749  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.19 
 
 
311 aa  201  1.9999999999999998e-50  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.134819  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA00850  conserved expressed protein  36.66 
 
 
359 aa  200  3e-50  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.108784  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3206  hypothetical protein  36.22 
 
 
328 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0904  hypothetical protein  35.94 
 
 
318 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.344615  normal  0.211687 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3137  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.42 
 
 
325 aa  181  2e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.62 
 
 
316 aa  169  8e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35637  predicted protein  31.5 
 
 
635 aa  168  1e-40  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2397  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.62 
 
 
306 aa  166  6.9999999999999995e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1940  hypothetical protein  33.33 
 
 
308 aa  146  5e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.97 
 
 
305 aa  144  2e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5494  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  32.36 
 
 
306 aa  125  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0732  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.09 
 
 
315 aa  113  3e-24  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0341517  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4367  L-threonine 3-dehydrogenase  28.71 
 
 
324 aa  103  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000119526  normal  0.174429 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2958  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.34 
 
 
325 aa  100  4e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.28 
 
 
319 aa  99  1e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.792015  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.13 
 
 
320 aa  97.4  3e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.04011 
 
 
-
 
NC_003296  RS02291  putative oxidoreductase protein  30.34 
 
 
318 aa  90.9  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.180711 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.82 
 
 
316 aa  87.8  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4802  L-threonine 3-dehydrogenase  24.55 
 
 
315 aa  86.3  7e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.595386  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4846  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.17 
 
 
331 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3769  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.17 
 
 
331 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2021  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.01 
 
 
314 aa  85.1  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0196948 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1200  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.3 
 
 
312 aa  84.3  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2516  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.46 
 
 
357 aa  84  0.000000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.968442 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4804  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.91 
 
 
333 aa  84  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0311388  normal  0.870429 
 
 
-
 
NC_002950  PG1235  epimerase/reductase, putative  23.85 
 
 
318 aa  84  0.000000000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2401  hypothetical protein  24.12 
 
 
378 aa  84  0.000000000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.278357  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04730  putative oxidoreductase protein  28.63 
 
 
348 aa  82  0.00000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0531  NAD-dependent epimerase/dehydratase; L-threonine dehydrogenase  25.72 
 
 
321 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1653  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.6 
 
 
316 aa  80.5  0.00000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0534  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.1 
 
 
321 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4679  hypothetical protein  26.09 
 
 
321 aa  80.1  0.00000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  2.52987e-21 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0749  hypothetical protein  26.09 
 
 
321 aa  79.7  0.00000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.293192  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0658  hypothetical protein  26.09 
 
 
321 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.186471  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0621  hypothetical protein  25.93 
 
 
317 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0535  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.72 
 
 
321 aa  79  0.0000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>