More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4691 on replicon NC_012855
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012855  Rpic12D_4691  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 502 aa  1035    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3816  AMP-dependent synthetase and ligase  60.25 
 
 		 518 aa  558  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0163789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  60.04 
 
 		 518 aa  556  1e-157  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3720  AMP-dependent synthetase and ligase  59.2 
 
 		 518 aa  551  1e-155  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.189603  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  55.93 
 
 		 516 aa  540  9.999999999999999e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  56.78 
 
 		 518 aa  539  9.999999999999999e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  55.51 
 
 		 518 aa  522  1e-147  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  56 
 
 		 520 aa  516  1.0000000000000001e-145  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3993  AMP-dependent synthetase and ligase  56.55 
 
 		 524 aa  516  1.0000000000000001e-145  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.968795  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1515  AMP-dependent synthetase and ligase  54.85 
 
 		 515 aa  497  1e-139  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00288915  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1538  AMP-dependent synthetase and ligase  54.85 
 
 		 515 aa  497  1e-139  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0661  AMP-binding enzyme family protein  49.68 
 
 		 520 aa  484  1e-135  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  50.21 
 
 		 515 aa  482  1e-135  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  52.43 
 
 		 514 aa  466  9.999999999999999e-131  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  50.85 
 
 		 520 aa  464  1e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  48.63 
 
 		 518 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  48.1 
 
 		 519 aa  421  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5763  AMP-dependent synthetase and ligase  44.71 
 
 		 500 aa  363  4e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1367  AMP-dependent synthetase and ligase  42.83 
 
 		 502 aa  342  8e-93  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.439129  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  39.08 
 
 		 523 aa  342  1e-92  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.62 
 
 		 525 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.21 
 
 		 519 aa  320  3e-86  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3600  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.89 
 
 		 525 aa  315  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.887287  normal  0.975846 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  40.94 
 
 		 520 aa  315  1.9999999999999998e-84  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1964  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.73 
 
 		 525 aa  313  4.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132088  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  40.81 
 
 		 503 aa  313  5.999999999999999e-84  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  38.1 
 
 		 526 aa  310  5e-83  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.09 
 
 		 530 aa  309  9e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  36.84 
 
 		 509 aa  309  9e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  40.13 
 
 		 520 aa  308  2.0000000000000002e-82  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1868  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.27 
 
 		 525 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.205754 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4181  AMP-dependent synthetase and ligase  38.72 
 
 		 527 aa  306  5.0000000000000004e-82  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.72 
 
 		 526 aa  306  6e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  40.98 
 
 		 509 aa  306  8.000000000000001e-82  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  40.62 
 
 		 511 aa  305  8.000000000000001e-82  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  39.92 
 
 		 525 aa  303  4.0000000000000003e-81  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.79 
 
 		 525 aa  301  1e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.24744  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.21 
 
 		 526 aa  301  2e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1604  AMP-dependent synthetase and ligase  40.13 
 
 		 540 aa  297  3e-79  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2377  AMP-dependent synthetase and ligase  40.34 
 
 		 530 aa  294  3e-78  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.581612  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1676  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.89 
 
 		 526 aa  293  5e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5944  AMP-dependent synthetase and ligase  39.66 
 
 		 532 aa  293  5e-78  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420174  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  37.66 
 
 		 530 aa  293  6e-78  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3819  O-succinylbenzoate-CoA ligase  39.23 
 
 		 529 aa  293  6e-78  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1498  AMP-dependent synthetase and ligase  36.79 
 
 		 531 aa  291  1e-77  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  38.09 
 
 		 499 aa  290  5.0000000000000004e-77  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0843  acyl-CoA synthetase  38.72 
 
 		 513 aa  289  6e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.333452  normal  0.193709 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  37.66 
 
 		 512 aa  289  7e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  37.5 
 
 		 525 aa  288  1e-76  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  34.86 
 
 		 515 aa  287  2e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  37.5 
 
 		 520 aa  286  4e-76  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  37.53 
 
 		 521 aa  286  5e-76  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  36.59 
 
 		 1043 aa  286  5e-76  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  35.54 
 
 		 515 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2038  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  34.86 
 
 		 565 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0970  AMP-dependent synthetase and ligase  37.42 
 
 		 520 aa  281  1e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  39.79 
 
 		 518 aa  281  2e-74  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  35.98 
 
 		 515 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08640  acyl-CoA synthetase  38.89 
 
 		 516 aa  280  3e-74  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.310549  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1763  AMP-dependent synthetase and ligase  39.71 
 
 		 521 aa  280  4e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.494407 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2032  AMP-dependent synthetase and ligase  38.17 
 
 		 551 aa  278  2e-73  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.367958 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0737  AMP-dependent synthetase and ligase  38.33 
 
 		 522 aa  277  3e-73  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.188702  normal  0.517642 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1666  AMP-dependent synthetase and ligase  36.08 
 
 		 518 aa  277  3e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.144653  normal  0.373713 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1837  AMP-dependent synthetase and ligase  36.83 
 
 		 518 aa  276  9e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.61 
 
 		 556 aa  275  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.356608  normal  0.265858 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0115  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.61 
 
 		 556 aa  275  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.61 
 
 		 556 aa  275  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.514213  normal  0.109541 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5271  AMP-dependent synthetase and ligase  36.95 
 
 		 541 aa  273  4.0000000000000004e-72  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.675059 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1211  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.65 
 
 		 527 aa  272  1e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0558  AMP-dependent synthetase and ligase  36.42 
 
 		 584 aa  271  2e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0642  acyl-CoA synthetase  37.92 
 
 		 529 aa  271  2e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.95301  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0411  acyl-CoA synthetase  36.52 
 
 		 522 aa  271  2.9999999999999997e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3215  O-succinylbenzoate-CoA ligase  40.64 
 
 		 517 aa  269  8e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0554015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3204  O-succinylbenzoate-CoA ligase  40.64 
 
 		 517 aa  269  8e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716175  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3266  O-succinylbenzoate-CoA ligase  40.64 
 
 		 517 aa  269  8e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.10141  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1614  AMP-dependent synthetase and ligase  38.54 
 
 		 509 aa  268  1e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2406  AMP-dependent synthetase and ligase  37.53 
 
 		 509 aa  268  1e-70  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0466191 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  35.85 
 
 		 517 aa  268  2e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0667  putative O-succinylbenzoate--CoA ligase  37.5 
 
 		 516 aa  267  2.9999999999999995e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.604577  normal  0.0579833 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4181  acyl-CoA synthetase  35.88 
 
 		 522 aa  267  2.9999999999999995e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.273498 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0972  acyl-CoA synthetase  36.91 
 
 		 502 aa  267  4e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.534904 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.21 
 
 		 519 aa  267  4e-70  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4472  AMP-dependent synthetase and ligase  36.19 
 
 		 517 aa  266  7e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2522  AMP-dependent synthetase and ligase  35.56 
 
 		 534 aa  265  1e-69  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4178  acyl-CoA synthetase  36.55 
 
 		 520 aa  265  1e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4891  AMP-dependent synthetase and ligase  36.13 
 
 		 520 aa  265  1e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.862065  normal  0.74496 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.74 
 
 		 513 aa  265  2e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  37.07 
 
 		 506 aa  265  2e-69  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0606  AMP-dependent synthetase and ligase  34.55 
 
 		 560 aa  264  3e-69  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0135962 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4202  acyl-CoA synthetase  39.62 
 
 		 534 aa  264  3e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.269622  hitchhiker  0.00584314 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4902  AMP-dependent synthetase and ligase  37.9 
 
 		 501 aa  263  4e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2625  acyl-CoA synthetase  42.22 
 
 		 521 aa  263  4e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.425719  normal  0.937702 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0131  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.77 
 
 		 570 aa  263  4e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5034  AMP-dependent synthetase and ligase  37.81 
 
 		 517 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5826  AMP-dependent synthetase and ligase  37.81 
 
 		 517 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0177  putative ligase  37.11 
 
 		 514 aa  263  6e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.709782 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6394  AMP-dependent synthetase and ligase  35.8 
 
 		 517 aa  263  6.999999999999999e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178832  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0743  AMP-dependent synthetase and ligase  38.54 
 
 		 522 aa  263  6.999999999999999e-69  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.83543  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0757  AMP-dependent synthetase and ligase  38.54 
 
 		 522 aa  263  6.999999999999999e-69  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.147131  normal  0.360345 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.81 
 
 		 514 aa  262  8.999999999999999e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>