More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1893 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1893  triosephosphate isomerase  100 
 
 		 248 aa  494  1e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0274896  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2216  triosephosphate isomerase  96.37 
 
 		 248 aa  481  1e-135  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.596842 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2064  triosephosphate isomerase  89.52 
 
 		 248 aa  447  1e-125  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0168982  normal  0.648241 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0959  triosephosphate isomerase  83.27 
 
 		 245 aa  408  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138148  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0925  triosephosphate isomerase  82.04 
 
 		 245 aa  405  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0737109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5579  triosephosphate isomerase  68.15 
 
 		 251 aa  325  4.0000000000000003e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000123744  normal  0.0751441 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1026  triosephosphate isomerase  67.34 
 
 		 251 aa  324  6e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00133267  normal  0.306303 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1639  triosephosphate isomerase  66.94 
 
 		 251 aa  321  6e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000200734  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2251  triosephosphate isomerase  66.94 
 
 		 251 aa  321  6e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000102764  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2289  triosephosphate isomerase  66.94 
 
 		 251 aa  319  3e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000000785898  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2168  triosephosphate isomerase  66.94 
 
 		 251 aa  319  3e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00524142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2275  triosephosphate isomerase  66.53 
 
 		 251 aa  318  3.9999999999999996e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000308196  normal  0.102184 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1287  triosephosphate isomerase  65.32 
 
 		 266 aa  317  1e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1341  triosephosphate isomerase  67.34 
 
 		 259 aa  315  4e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000463974  normal  0.0307092 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3216  triosephosphate isomerase  67.34 
 
 		 258 aa  315  6e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00012954  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1058  triosephosphate isomerase  65.73 
 
 		 251 aa  306  1.0000000000000001e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00483785  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0740  triosephosphate isomerase  65.73 
 
 		 266 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.211243  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1127  triosephosphate isomerase  65.73 
 
 		 266 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.324732  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1401  triosephosphate isomerase  66.8 
 
 		 251 aa  306  2.0000000000000002e-82  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0615206  normal  0.829458 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1296  triosephosphate isomerase  65.73 
 
 		 266 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.298294  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0410  triosephosphate isomerase  65.73 
 
 		 266 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1832  triosephosphate isomerase  65.73 
 
 		 251 aa  305  3e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1432  triosephosphate isomerase  65.73 
 
 		 251 aa  305  6e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.515426  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1499  Triose-phosphate isomerase  65.73 
 
 		 248 aa  299  3e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0165539 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0984  Triose-phosphate isomerase  63.16 
 
 		 253 aa  299  3e-80  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.356329  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1089  triosephosphate isomerase  61.2 
 
 		 253 aa  296  2e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2011  triosephosphate isomerase  61.63 
 
 		 259 aa  295  6e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000187443  normal  0.448479 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0947  triosephosphate isomerase  65.04 
 
 		 249 aa  293  2e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.144972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2566  triosephosphate isomerase  59.68 
 
 		 250 aa  291  6e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.566971  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1140  triosephosphate isomerase  67.35 
 
 		 248 aa  284  9e-76  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.766646  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0870  triosephosphate isomerase  62.2 
 
 		 250 aa  274  9e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.695096  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0955  triosephosphate isomerase  62.2 
 
 		 250 aa  272  3e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000301152 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1491  triosephosphate isomerase  60.91 
 
 		 247 aa  269  2e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020715  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2815  triosephosphate isomerase  59.04 
 
 		 270 aa  267  1e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.394294  normal  0.274195 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0815  triosephosphate isomerase  52.02 
 
 		 253 aa  266  2e-70  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000244559  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2064  triosephosphate isomerase  53.44 
 
 		 250 aa  265  7e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3512  triosephosphate isomerase  62.65 
 
 		 261 aa  264  1e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1972  triosephosphate isomerase  59.35 
 
 		 250 aa  264  1e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0120273 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49910  triosephosphate isomerase  58.3 
 
 		 246 aa  263  2e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.258147  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1053  triosephosphate isomerase  52.78 
 
 		 252 aa  263  2e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1621  triosephosphate isomerase  54.8 
 
 		 255 aa  260  1e-68  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0703383  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0542  triosephosphate isomerase  54.8 
 
 		 271 aa  259  2e-68  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1767  triosephosphate isomerase  58.2 
 
 		 249 aa  259  4e-68  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.91306  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1261  triosephosphate isomerase  60.16 
 
 		 251 aa  257  1e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168128 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45770  triosephosphate isomerase  57.87 
 
 		 251 aa  255  4e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49960  triosephosphate isomerase  57.87 
 
 		 251 aa  255  4e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0819  triosephosphate isomerase  50.79 
 
 		 252 aa  255  4e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01285  triosephosphate isomerase  54.36 
 
 		 251 aa  252  3e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.300976  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1023  Triose-phosphate isomerase  47.93 
 
 		 249 aa  252  4.0000000000000004e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00613564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1740  triosephosphate isomerase  57.5 
 
 		 245 aa  252  4.0000000000000004e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2833  triosephosphate isomerase  54.77 
 
 		 251 aa  252  4.0000000000000004e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.091999  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0674  triosephosphate isomerase  52.67 
 
 		 250 aa  250  1e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.260735  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1923  triosephosphate isomerase  54.66 
 
 		 250 aa  251  1e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1966  triosephosphate isomerase  52.23 
 
 		 256 aa  248  7e-65  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000820066  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2060  triosephosphate isomerase  52.05 
 
 		 250 aa  248  8e-65  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.183985  normal  0.399765 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0706  triosephosphate isomerase  56.54 
 
 		 255 aa  248  8e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.423457  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5182  triosephosphate isomerase  58.61 
 
 		 248 aa  248  8e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.735069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2199  triosephosphate isomerase  51.64 
 
 		 250 aa  248  9e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.468925  normal  0.243836 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1520  triosephosphate isomerase  54.29 
 
 		 272 aa  247  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0128427  decreased coverage  0.0000834169 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0103  triosephosphate isomerase  51.01 
 
 		 256 aa  246  3e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2280  triosephosphate isomerase  54.88 
 
 		 253 aa  245  4e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815023  normal  0.394565 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1520  triosephosphate isomerase  51.64 
 
 		 248 aa  242  3.9999999999999997e-63  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.436921 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1885  triosephosphate isomerase  53.23 
 
 		 255 aa  241  7.999999999999999e-63  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000744734  normal  0.534473 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4805  triosephosphate isomerase  50.41 
 
 		 255 aa  239  2e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000667098 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3808  triosephosphate isomerase  51.42 
 
 		 255 aa  239  2e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.102844  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1591  triosephosphate isomerase  48.57 
 
 		 255 aa  239  2.9999999999999997e-62  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0134  Triose-phosphate isomerase  50.82 
 
 		 250 aa  239  4e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0169  triosephosphate isomerase  50.61 
 
 		 255 aa  239  4e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.543601  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0154  triosephosphate isomerase  50.2 
 
 		 255 aa  238  5e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3825  Triose-phosphate isomerase  52.21 
 
 		 256 aa  238  5e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0712505  normal  0.267182 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1574  triosephosphate isomerase  49.4 
 
 		 249 aa  238  5.999999999999999e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0183532  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1568  triosephosphate isomerase  49.39 
 
 		 254 aa  238  6.999999999999999e-62  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.384591  normal  0.243152 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0267  triosephosphate isomerase  50.81 
 
 		 249 aa  236  3e-61  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4052  triosephosphate isomerase  48.99 
 
 		 255 aa  235  4e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2989  Triose-phosphate isomerase  50.82 
 
 		 250 aa  236  4e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.292891  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2717  triosephosphate isomerase  49.8 
 
 		 246 aa  235  6e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0490631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1422  triosephosphate isomerase  66.2 
 
 		 242 aa  234  7e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.192091  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4118  triosephosphate isomerase  50 
 
 		 255 aa  234  9e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0095  triosephosphate isomerase  50 
 
 		 255 aa  234  9e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0096  triosephosphate isomerase  50 
 
 		 255 aa  234  9e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03804  triosephosphate isomerase  48.58 
 
 		 255 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4066  Triose-phosphate isomerase  48.58 
 
 		 255 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4480  triosephosphate isomerase  48.99 
 
 		 255 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.975487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4099  triosephosphate isomerase  48.58 
 
 		 255 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5374  triosephosphate isomerase  48.58 
 
 		 255 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4359  triosephosphate isomerase  48.58 
 
 		 255 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.626096 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4150  triosephosphate isomerase  48.58 
 
 		 255 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4453  triosephosphate isomerase  48.58 
 
 		 255 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4399  triosephosphate isomerase  48.58 
 
 		 255 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03753  hypothetical protein  48.58 
 
 		 255 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1476  triosephosphate isomerase  51.02 
 
 		 249 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3277  triosephosphate isomerase  48.8 
 
 		 251 aa  233  2.0000000000000002e-60  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0238  triosephosphate isomerase  50.41 
 
 		 249 aa  233  2.0000000000000002e-60  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4327  triosephosphate isomerase  48.58 
 
 		 255 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4410  triosephosphate isomerase  48.58 
 
 		 255 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.909919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4412  triosephosphate isomerase  48.58 
 
 		 255 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0292909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01687  triosephosphate isomerase  51.91 
 
 		 232 aa  233  3e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000150844  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4297  triosephosphate isomerase  48.58 
 
 		 255 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5468  triosephosphate isomerase  52.63 
 
 		 251 aa  231  7.000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.50496  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0908  triosephosphate isomerase  50.4 
 
 		 250 aa  231  9e-60  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.842553  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>